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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » MS » 【求助】ms的建模与其他的软件联用
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zyj8119

木虫 (著名写手)

[交流] 【求助】ms的建模与其他的软件联用

我们在使用LINUX源代码软件的时候，经常会出现构型文件难以得到的问题，MS建立的结构能保存为PDB格式，而这个PDB格式又能用写字板打开，但是比如说建立一个分子筛的结构，想在表面加上氨基，在PDB文件里面操作，VISUAL FORTRAN不是有个功能是操作文件吗？各位有做过的吗、
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好好学习，天天向上。
1楼 2010-03-17 10:31:22
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zyj8119

木虫 (著名写手)
这样的文件开头不是数字，在编程的时候，怎么读呢？
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好好学习，天天向上。
5楼2010-03-18 14:01:54
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saitou

木虫 (正式写手)
★ ★
zyj8119(金币+1):谢谢参与
zyj8119(金币+2):谢谢 2010-03-17 12:01
ice_rain(金币+1):xiexie~ 2010-03-18 08:55
?楼主不是知道的很清楚了么

打开文件找到相应的结构的字符串，然后添加/修改，pdb文件格式的书写规则楼主就自己查查吧
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不抛弃，不放弃
2楼2010-03-17 11:51:04
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zyj8119

木虫 (著名写手)
但是PDB文件的格式是这样的啊：
REMARK   Materials Studio PDB file
REMARK   Created:  Tue Mar 16 19:19:12 Pacific Standard Time 2010
CRYST1   27.011   27.011   18.021  90.00  90.00 120.00 P1
ATOM      1 Zn1  MOL     2      15.619  -6.102   7.438  1.00  0.06          Zn   
ATOM      2  C7A MOL     2      17.378  -4.465   9.134  0.70  0.17           C   
ATOM      3  H7A MOL     2      16.535  -4.272   9.787  0.70  0.20           H   
ATOM      4  N1  MOL     2      17.330  -5.287   8.068  1.00  0.09           N   
ATOM      5  O4  MOL     2      18.588  -7.395   6.695  0.30  0.09           O   
ATOM      6  C1  MOL     2      15.542  -7.958   5.194  1.00  0.16           C   
ATOM      7  H1  MOL     2      15.267  -8.784   5.832  1.00  0.19           H   
ATOM      8  N2  MOL     2      15.750  -6.700   5.633  1.00  0.10           N   
ATOM      9  O1  MOL     2      16.173  -3.896   5.629  1.00  0.11           O   
ATOM     10  O8  MOL     2      10.814  -6.048   6.620  0.44  0.10           O   
ATOM     11  N3  MOL     2      14.120  -4.843   7.632  1.00  0.07           N   
ATOM     12  C6A MOL     2      14.326  -3.568   8.009  0.56  0.09           C   
ATOM     13  H6A MOL     2      15.304  -3.113   8.106  0.56  0.11           H   
ATOM     14  C3  MOL     2      16.163  -8.638   8.674  1.00  0.10           C   
ATOM     15  H3  MOL     2      17.188  -8.586   8.342  1.00  0.12           H   
ATOM     16  N4  MOL     2      15.260  -7.670   8.469  1.00  0.07           N   
而FORTRAN 编译器只能从第一个光标开始读啊。
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3楼2010-03-17 12:01:35
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zyj8119

木虫 (著名写手)
手动删除字符串，但是原子序号不好删除啊，都不同。。。
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6楼2010-03-19 00:48:35
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