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gnli

铜虫 (小有名气)

[交流] 【求助】这种计算方法如何做?

“Conformational analysis of molecules 1-23 has been carried out using the following protocol. Monte-Carlo conformational searching was carried out using the MMFF94 molecular mechanics force field via the program SPARTAN 02.”
文献来源 J. Org. Chem, Vol. 69, No. 25, 2004  8709

我想问的是
这种方法好学吗
这个软件好像是付费的
有没有其他免费软件也可以进行上述操作?
请大家推荐个容易学会的
或者能教教我怎么做最好啦
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老虎大王

木虫 (著名写手)

★ ★ ★ ★ ★
gnli(金币+1):谢谢参与
lei0736(金币+4):谢谢 2010-03-17 09:54
这个SPARTAN是个量子化学从头计算软件,也可以进行MC和MD等分子力学计算,它的功能是比较强大的。如果要找替代的免费软件,你如果是用它的从头计算功能,类似的免费软件有Gamess。如果是进行分子力学计算,那类似的免费软件好像有不少。不过要找完全跟它功能一样的软件就不是那么容易。

其实Spartan就是一个比较容易学的软件,因为它的设计初衷就是不光面向专门的计算化学家,而且面向不熟悉计算的人,它的开发目的就是为了让分子力学和量子化学计算能够更方便地使用。

说到免费软件,一般情况下,免费的软件往往都比商业软件难以掌握。你不花钱的代价就是要多花些精力。当然了,相对来说,软件的操作总是比较容易的,只要你愿意学。
难的是你要理解你的计算。你理解不理解你的引文里面的计算?你了解不了解什么是Monte-Carlo Conformational snalysis?
2楼2010-03-16 21:53:11
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gnli

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
Originally posted by 老虎大王 at 2010-03-16 21:53:11:
这个SPARTAN是个量子化学从头计算软件,也可以进行MC和MD等分子力学计算,它的功能是比较强大的。如果要找替代的免费软件,你如果是用它的从头计算功能,类似的免费软件有Gamess。如果是进行分子力学计算,那类似 ...

谢谢!
我现在就是也想做跟文献里一样的
一个有机分子
但是看结构也存在好多构象
我想也用这种方法跑出构象
然后再用DFT算光谱
但是这个MC方法我不知道怎么做
哪里可以搞到SPARTAN的使用版啊
如果好学的话
我很想学学
另外我看到还有用 Tinker 做类似找结构的
说实话我不了解 MC conformational analysis 的具体原理

[ Last edited by gnli on 2010-3-16 at 22:27 ]
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3楼2010-03-16 22:26:03
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