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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » MS » 【求助】用MS中castep模块计算黄铜矿结构的能带，添加原子时坐标怎么设置？
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dingfengbo

新虫 (小有名气)

[交流] 【求助】用MS中castep模块计算黄铜矿结构的能带，添加原子时坐标怎么设置？

用MS中的castep模块计算四方晶系中黄铜矿结构的晶体的能带结构，态密度，光学性质时，在添加原子时原子的位置应该怎样填？也就是add atom对话框中的x y z怎么填？我在晶体空间群里找到的黄铜矿结构的群号是I-42D（#122）给出的坐标是
Primitive Vectors:
A1  =  a X
A2  =  a Y
A3  =  + ½ a X + ½ a Y + ½ c Z

Basis Vectors:
B1    =  0                                                               (Cu)   (4a)
B2  =  - ¼ A1 + ¼ A2 + ½ A3  =  ½ a Y + ¼ c Z  (Cu)   (4a)
B3  =  + ½ A1 + ½ A2  =  ½ a X + ½ a Y  (Fe)   (4b)
B4  =  + ¼ A1 - ¼ A2 + ½ A3  =  ½ a X + ¼ c Z  (Fe)   (4b)
B5  =  + x A1 + 1/8 A2 + ¼ A3  =  + (1/8+x) a X + ¼ a Y + 1/8 c Z  (S)   (8d)
B6  =  - (¼ + x) A1 - 3/8 A2 + ¼ A3  =  - (1/8+x) a X - ¼ a Y + 1/8 c Z  (S)   (8d)
B7  =  - 1/8 A1 + (¼ + x) A2 - ¼ A3  =  -¼ a X + (1/8+x) a Y - 1/8 c Z  (S)   (8d)
B8  =  + 3/8 A1 - x A2 - ¼ A3  =  + ¼ a X - (1/8+x) a Y - 1/8 c Z  (S)   (8d)
我在添加原子时这些参数怎么办呢？或者谁有别的方法可以计算出这些参数？还请多多指点！谢谢！
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1楼2010-03-16 20:27:50
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zhang668

木虫 (正式写手)
★ ★
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ice_rain(金币+1):xiexie~ 2010-03-18 08:38
A1，A2，A3前系数就是坐标啊，建出来的是初基原胞，可以转换为传统单胞。
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2楼2010-03-16 20:31:43
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qgqgrm

木虫 (小有名气)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ice_rain(金币+1):谢谢指点 2010-03-18 08:38
另一个方法，从ICSD数据库中查找黄铜矿结构的原子坐标，然后在MS中直接输入即可。
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孜孜以求
3楼2010-03-16 21:37:33
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dingfengbo

新虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by zhang668 at 2010-03-16 20:31:43:
A1，A2，A3前系数就是坐标啊，建出来的是初基原胞，可以转换为传统单胞。

您说的很对！但是A1，A2, A3前的系数中有个X，这个X等于多少呢？或者有什么方法可以算出来？还请多多指点，O(∩_∩)O谢谢！
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4楼2010-03-17 08:42:52
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souledge

专家顾问 (著名写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
呃~CASTEP可以算一类结构的能带么？不需要特殊指定成分么？查了一下ICSD，I4-2D结构的物质N多N多的，原子数目和位置也都有差异的，这个在CASTEP里能行得通么？个人刚开始学Materials Studio半个星期，也没有前辈师兄啥的做过这个，自己摸索中，错误猜测之处，请LZ及各位多包涵……
举例来说，两个I4-2D结构的晶体数据：
*data for   ICSD #9087
Coll Code   9087
Rec  Date   1980/01/01
Mod  Date   1987/11/02
Chem Name   Copper Borate *
Structured  Cu B2 O4
Sum         B2 Cu1 O4
ANX         AB2X4
D(calc)     4.01
Title       The Crystal Structure of Copper Metaborate, Cu B2 O4
Author(s)   Martinez-Ripoll, M.;Martinez-Carrera, S.;Garcia-Blanco, S.
Reference   Acta Crystallographica B (24,1968-38,1982)
            (1971), 27, 677-681
Unit Cell   11.484(4) 11.484(4) 5.620(4) 90. 90. 90.
Vol         741.18
Z           12
Space Group I -4 2 d
SG Number   122
Cryst Sys   tetragonal
Pearson     tI84
Wyckoff     e3 d4 b
R Value     .053
Red Cell    I  5.62 8.592 8.592 83.861 70.912 70.912 370.589
Trans Red   0.000 0.000 1.000 / -0.500 -0.500 0.500 / 0.500 -0.500 0.500
Comments    At least one temperature factor is implausible or
            meaningless but agrees with the value given in the paper.
Atom  #   OX   SITE      x           y           z           SOF      H        ITF(B)   
Cu   1  +2    4 b   0           0           0.5            1.         0            0.75
Cu   2  +2    8 d   0.0815(1)   0.25        0.125          1.         0            0.76
O    1  -2    16 e  0.1590(6)   0.0708(6)   0.4981(20)     1.         0             0.2
O    2  -2    8 d   0.2528(11)  0.25        0.625          1.         0             0.2
O    3  -2    8 d   0.25        0.0827(9)   0.875          1.         0            0.88
O    4  -2    16 e  0.0745(6)   0.1890(6)   0.7956(17)     1.         0             0.2
B    1  +3    16 e  0.1838(10)  0.1484(9)   0.6992(28)     1.         0             0.1
B    2  +3    8 d   -.0011(15)  0.25        0.625          1.         0             0.1
*end for    ICSD #9087
以及：
*data for   ICSD #9147
Coll Code   9147
Rec  Date   1980/01/01
Mod  Date   2003/04/01
Chem Name   Dizinc Silicate - Ii
Structured  Zn2 (Si O4)
Sum         O4 Si1 Zn2
ANX         AB2X4
Min Name    Willemite HP
D(calc)     4.66
Title       The crystal structure of Zn2 Si O4-II, a high pressure phase of
            willemite
Author(s)   Marumo, F.;Syono, Y.
Reference   Acta Crystallographica B (24,1968-38,1982)
            (1971), 27, 1868-1870
Unit Cell   7.0069(3) 7.0069(3) 6.4637(4) 90. 90. 90.
Vol         317.35
Z           4
Space Group I -4 2 d
SG Number   122
Cryst Sys   tetragonal
Pearson     tI28
Wyckoff     e d b
R Value     .081
Red Cell    I  5.915 5.915 5.915 107.366 107.366 113.768 158.673
Trans Red   -0.500 0.500 0.500 / 0.500 -0.500 0.500 / 0.500 0.500 -0.500
Comments    Stable between 30 and 80 kbar
            PDF 24-1467, 70-2488
            Compound with mineral name: Willemite HP
            The structure has been assigned a PDF number: 24-1467
Atom  #   OX   SITE      x           y           z           SOF      H
Zn   1  +2    8 d   0.1570(6)   0.25        0.125          1.         0   
Si   1  +4    4 b   0           0           0.5            1.         0   
O    1  -2    16 e  0.3079(23)  0.4890(31)  0.1376(45)     1.         0   
Lbl  Type   Beta11      Beta22      Beta33      Beta12      Beta13      Beta23
Zn1  Zn2+ 0.0003(8)   0.0008(7)   0.0018(15)  0           0           0.0002(8)   
Si1  Si4+ 0.0008(13)  0.0008(13)  0.0018(39)  0           0           0           
O1   O2-  0.0034(27)  0.0049(28)  0.0068(68)  -.0001(22)  -.0001(42)  -.0004(50)  
*end for    ICSD #9147

[ Last edited by souledge on 2010-3-17 at 10:57 ]
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思想重于技巧，内涵重于表象
5楼2010-03-17 10:56:40
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