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【求助】过渡态和反应路径计算
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我刚接触gaussian计算不久,最近尝试着做反应机理相关的计算,对于一个总包反应A+B——C+D,过程中有复数个中间体和过渡态,如何得到它们的结构? 可以先使用QST2找到一个过渡态,再使用IRC走反应物和生成物吗? 还有,在创建输入文档时,A和B之间的相对长度和角度如何确定? 请各位高人不吝赐教!! |
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小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
yjcmwgk(金币+3): 2010-03-16 13:50
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yjcmwgk(金币+3): 2010-03-16 13:50
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“还有,在创建输入文档时,A和B之间的相对长度和角度如何确定” 这个一般是要查文献的,看看有没有实验数据,要是没有实验数据可以参考数据库里面的结构式,不是盲目确定的。 “过程中有复数个中间体和过渡态,如何得到它们的结构?” 很多反应都是要有多个中间体和过渡态的,你可以通过看文献和书,对反应的过程有一个初始的想法,大体有哪几个步骤,然后分开计算,逐个解决。这个也需要看相关的文献,类似的文献。 “可以先使用QST2找到一个过渡态,再使用IRC走反应物和生成物吗?” 一般的方法都是这样的,先用QST2找到过渡态,然后计算频率和能量,初步确认是过渡态,还必须进行IRC验证,看这个“峰”是不是能够沿着“坡面”走到它所连接的“波谷”。一般发文章的时侯,审稿人都会有IRC要求的。 个人是这么认为的,大家多讨论,呵呵。 |

2楼2010-03-15 18:08:57
3楼2010-03-16 08:44:51













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