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【求助】过渡态和反应路径计算
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我刚接触gaussian计算不久，最近尝试着做反应机理相关的计算，对于一个总包反应A+B——C+D，过程中有复数个中间体和过渡态，如何得到它们的结构？ 可以先使用QST2找到一个过渡态，再使用IRC走反应物和生成物吗？ 还有，在创建输入文档时，A和B之间的相对长度和角度如何确定？ 请各位高人不吝赐教！！ |
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小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
yjcmwgk(金币+3): 2010-03-16 13:50
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yjcmwgk(金币+3): 2010-03-16 13:50
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“还有，在创建输入文档时，A和B之间的相对长度和角度如何确定” 这个一般是要查文献的，看看有没有实验数据，要是没有实验数据可以参考数据库里面的结构式，不是盲目确定的。 “过程中有复数个中间体和过渡态，如何得到它们的结构？” 很多反应都是要有多个中间体和过渡态的，你可以通过看文献和书，对反应的过程有一个初始的想法，大体有哪几个步骤，然后分开计算，逐个解决。这个也需要看相关的文献，类似的文献。 “可以先使用QST2找到一个过渡态，再使用IRC走反应物和生成物吗？” 一般的方法都是这样的，先用QST2找到过渡态，然后计算频率和能量，初步确认是过渡态，还必须进行IRC验证，看这个“峰”是不是能够沿着“坡面”走到它所连接的“波谷”。一般发文章的时侯，审稿人都会有IRC要求的。 个人是这么认为的，大家多讨论，呵呵。 |
2楼2010-03-15 18:08:57
3楼2010-03-16 08:44:51