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zxwasd

金虫 (小有名气)

[交流] 【求助】优化时构型的确定

大家好!我是新手,最近在用gauss优化分子的结构时,得出的结论(主要是电荷和偶极距)与文献中的总是不同,我用的方法和基组与文献的一致,但结果差别很大,比较了一下优化构型,可能是输入的初始结构不同造成的,但我如何才能给出正确或最稳定的分子构象呢,用什么方法可以判断或得到?
        我优化的是氨基酸分子,在gaussview中有一个按钮可以直接给出相应氨基酸的构型,但结果与文献不同,这是为何?请大家不惜赐教,不胜感激!!!
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LuPeng5366

新虫 (著名写手)

牛牛

★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
改变初始结构,重新优化!
自信,坚强,勇敢。
2楼2010-03-14 10:57:24
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zxwasd

金虫 (小有名气)

自己顶起,希望得到高手的帮助!
3楼2010-03-14 11:04:59
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467266420

铁杆木虫 (著名写手)

★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by zxwasd at 2010-03-14 10:49:51:
大家好!我是新手,最近在用gauss优化分子的结构时,得出的结论(主要是电荷和偶极距)与文献中的总是不同,我用的方法和基组与文献的一致,但结果差别很大,比较了一下优化构型,可能是输入的初始结构不同造成的, ...

gview给出的结构几乎可以说没做优化,你肯定得再用高水平的方法做优化。另外做个SCAN可以帮助你找到最稳定的分子构象。
4楼2010-03-14 11:15:49
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zxwasd

金虫 (小有名气)

非常感谢你,我试一下啊!
5楼2010-03-14 13:33:55
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jiewei

专家顾问 (著名写手)

小才

★ ★ ★
yjcmwgk(金币+3): 2010-03-15 14:15
引用回帖:
Originally posted by zxwasd at 2010-03-14 13:33:55:
非常感谢你,我试一下啊!

高斯是个傻瓜程序,它只会在输入结构的附近找寻一个相对稳定的点,作为最优化结构,所以输入构型十分重要。
你可以再CHEM3D里面先对分子进行MM优化,多看几个相对稳定构型,然后根据自己的经验选择相对可能的构型作为输入文件
我想做个科学家,可我又喜欢写诗;我想做一个诗人,可我却读的理工科..
6楼2010-03-14 16:22:00
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zxwasd

金虫 (小有名气)

谢谢!尝试一下啊,楼主!
7楼2010-03-14 18:07:41
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