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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » 【求助】DL－POLY周期问题
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xinlan1314

银虫 (正式写手)

[交流] 【求助】DL－POLY周期问题

想请教各位大侠，DL－POLY有没有办法xy方向有周期，z方向没有周期，但是可以把模拟体系固定在盒子的内。
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1楼 2010-03-13 10:55:54
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老虎大王

木虫 (著名写手)
★
ghcacj(金币+1):谢谢 2010-03-15 12:01
xinlan1314(金币+3): 2010-03-16 10:56
好像是不行的吧。这种情况你可以用Lammps。
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2楼2010-03-15 11:51:31
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lingling1039

银虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by 老虎大王 at 2010-03-15 11:51:31:
好像是不行的吧。这种情况你可以用Lammps。

你的意思是不是DL-POLY无法做薄膜的动力学模拟吗？
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3楼2010-03-19 09:06:36
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lingling1039

银虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by xinlan1314 at 2010-03-13 10:55:54:
想请教各位大侠，DL－POLY有没有办法xy方向有周期，z方向没有周期，但是可以把模拟体系固定在盒子的内。

你这样建模是不是要做薄膜模拟？刚开始用，交流交流
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4楼2010-03-19 09:08:32
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老虎大王

木虫 (著名写手)
★ ★
lei0736(金币+2):谢谢 2010-03-19 20:51
引用回帖:
Originally posted by lingling1039 at 2010-03-19 09:06:36:

你的意思是不是DL-POLY无法做薄膜的动力学模拟吗？

对不起，非常抱歉。 DLPOLY确实可以做二维周期，Z方向没有周期。用IMCON=6就可以了。我当时有点走神，误导了你。不好意思。
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5楼2010-03-19 20:24:22
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lingling1039

银虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by 老虎大王 at 2010-03-19 20:24:22:


对不起，非常抱歉。 DLPOLY确实可以做二维周期，Z方向没有周期。用IMCON=6就可以了。我当时有点走神，误导了你。不好意思。

多谢大王了，我刚才仔细看过说明书，是可以做二维周期的，也就是说可以做薄膜了吧？
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6楼2010-03-20 09:51:30
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xinlan1314

银虫 (正式写手)
lei0736:虽然没有边界约束 但是盒子还是在的 跑出的气体会在下一个盒子跑进来 2010-03-23 08:52
[quote]Originally posted by 老虎大王 at 2010-03-19 20:24:22:


对不起，非常抱歉。 DLPOLY确实可以做二维周期，Z方向没有周期。用IMCON=6就可以了。我当时有点走神，误导了你。不好意思。 [/quo

没关系，呵呵。这个我知道（IMCON=6），但是这样的话气体没有约束，会跑很远。我是希望它能到盒子Z时就挡住。大王能明白我的意思不？ 呵呵
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7楼2010-03-23 08:30:34
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zyj8119

木虫 (著名写手)
IMCON=6是放在约束文件里面吗？
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好好学习，天天向上。
8楼2010-03-23 09:02:18
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老虎大王

木虫 (著名写手)
★ ★ ★
lei0736(金币+3):谢谢 2010-03-23 10:40
xinlan1314(金币+7): 2010-03-29 20:55
引用回帖:
Originally posted by xinlan1314 at 2010-03-23 08:30:34:
没关系，呵呵。这个我知道（IMCON=6），但是这样的话气体没有约束，会跑很远。我是希望它能到盒子Z时就挡住。大王能明白我的意思不？ 呵呵

...

这种Slab 我是做过的。我做的是液体的Slab。其实在温度不太高的情况下，由于吸引力的作用，原子跑出来不会太远。当然，如果你的温度比较高（相对于熔点来讲），而且Slab很薄的话，也有可能气化得很厉害，造成原子跑得很远。在原则上，我并不认为这是一个问题，因为气化了，它跑远是很自然的。但是也许你不希望它跑得特别远，这个时候，我建议你这样模拟试试看：
你还是用周期性的边界，但是把Z方向的上下边界都搞得很远（比如你的slab在－10到＋10，你就把边界搞到－100到＋100甚至更远，具体多少合适，可以试一试）。这相当于在你的slab之外搞了一个容纳气体的真空。

当然，如果你想搞一个刚性的壁，把跑远的原子弹回去而不是让它从另外一个方向进来，我觉得DLPOLY好像是做不到的（但愿这回没有说错）。但Lammps可以实现。不过我觉得，在你这种情况下，刚性壁的设置好像不是很妥当。
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9楼2010-03-23 10:07:39
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lingling1039

银虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by xinlan1314 at 2010-03-23 08:30:34:
[quote]Originally posted by 老虎大王 at 2010-03-19 20:24:22:


对不起，非常抱歉。 DLPOLY确实可以做二维周期，Z方向没有周期。用IMCON=6就可以了。我当时有点走神，误导了你。不好意思。 [/quo

...

x,y方向有周期，z方向没有周期，但是有界，该怎样实现呢？多谢大王指点！
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10楼2010-03-23 21:57:11
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