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[交流] 【求助】DS Modeling1.2是什么【已完结】

DS Modeling1.2是什么，有什么用处？

[ Last edited by 余泽成 on 2010-3-28 at 19:12 ]

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科研就是讨论出来的

1楼 2010-03-12 22:00:02

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Roland9083

金虫 (小有名气)

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余泽成(金币+1):谢谢参与应助！ 2010-03-13 12:44

DS Modeling目前有两个版本：
　- DS Modeling 1.1将功能集中于蛋白质的表征、X-ray分析、蛋白质组功能注释，以及同源建模。
　- DS Modeling 1.2 - Structure-Based Design (SBD) 提供基于结构药物设计工具，包括配体-蛋白质相互作用、全新药物设计和分子对接。

DS Modeling1.2 - SBD现有模块：

· DS Modeling Visualizer：是DS Modeling 1.2客户端-服务器结构的可视化界面。提供分子三维结构的表征、显示、分析，对配体-蛋白质相互作用结果用图表显示。图形化的界面便于使用。同时，DS Modeling 1.2中的其他功能模块需要通过DS Modeling Visualizer进行调用。

· DS ProjectKM：基于Oracle的关系数据库工作环境，通过它，不同研究小组之间可以进行项目、数据的交流，获取、管理、分享在计算机上进行的（in silico）实验和计算结果。

· DS CHARMm Lite：基于CHARMm程序、对配体分子进行优化的程序，无法进行分子动力学和Monte Carlo模拟。

· DS Ludi：全新药物设计程序，在研究新型的、具有改良可能性的配体时，可以在实验合成化合物之前进行虚拟筛选，获得先导化合物，节省研究时间。

· DS LigandFit：对接工具，将配体对接到靶点（大分子）的受体结合位点。可以并行计算。

· DS LigandScore：帮助研究人员客观评价配体-蛋白质相互作用，更精确地预测结合自由能。提供了已经得到很好验证和训练的得分函数以及共同得分函数，用这些函数评价从不同方法得到的配体构象。

· DS LigandFit CAP/DS Ludi CAP：在从头药物设计中一个普遍存在的问题是，并不是所有设计出的分子都能很快的合成出来或者有些分子根本无法合成。CAP (Chemicals Available for Purchase) 是可以购买到的已知化合物数据库，可结合Ligand/Ludi使用，在CAP库中寻找到的化合物是能够购买到的配体反应物。

利用DS Modeling 1.2 - SBD可以实现：

· 基于靶点结构的药物设计（SBD）：SBD是指利用靶点的结构信息进行计算机辅助药物设计。利用蛋白质工程和蛋白质分析工具，科研人员能够识别和评估感兴趣的靶点，并利用靶点信息和其他工具筛选、识别全新的药物候选物。虚拟筛选过程包括：靶点识别、靶点表征、候选药物筛选、配体对接、全新化合物设计。