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zhangwc5020银虫 (小有名气)
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【求助】supporting information中的晶体坐标转化为gaussian view能打开的
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| 我下载的文献中，晶体结构是以pdf格式放在supporting information中，上面的三维坐标的xyz的值都附上一个括号值，请问是什么意思？转换成guassian view能打开的坐标，如何做？我按表头指示，将坐标除去10的4次方，并忽略坐标xyz的值附上的一个括号值，结果得到的结构的键长与键角不符合常识，有转换经验的给点建议吧，谢谢 |
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zhangmt
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zhangwc5020(金币+4):感谢你，但还是有点不太清楚，请给于帮助 2010-03-12 15:17
yjcmwgk(金币+2): 2010-03-12 17:25
zhangwc5020(金币+1):请教 2010-03-13 14:38
zhangwc5020(金币+4): 2010-03-30 21:09
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晶体坐标是分数坐标，而不是xyz坐标。 而且对应的是晶胞参数abc的分数，需要乘上abc各自的值。 括号里面的是误差值，可以直接忽略。 再补充一句，abc和xyz也不是一回事，并不是都重合的——要看是哪种晶胞了。 gview里面可以按照给出的晶胞参数和群去建晶胞，具体操作自己练练，并不复杂。 [ Last edited by zhangmt on 2010-3-12 at 14:35 ] |
2楼2010-03-12 14:33:42
zhangwc5020
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Table 2. Atomic coordinates ( x 104) and equivalent isotropic displacement parameters (Å2x 103)for wb45. U(eq) is defined as one third of the trace of the orthogonalized Uij tensor. ____________________________________________________________ x y z U(eq) ____________________________________________________________ O(1) 4906(9) 1155(2) 5101(9) 25(3) 这里只列出了一个原子的坐标，以这个为例，请问如何将这个坐标变为可以用gaussview打开的坐标。其中（x 104)和(Å2x 103)中的数字都是次方的意思。 |
3楼2010-03-12 15:13:01
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Table 1. Crystal data and structure refinement for wb45. Identification code wb45 Empirical formula C41 H66 Hf2 I N2 O4 Si Formula weight 1162.93 Temperature 173(2) K Wavelength 0.71073 Å Crystal system Monoclinic Space group P2(1)/n Unit cell dimensions a = 10.0614(13) Å a= 90°. b = 39.315(6) Å b= 112.211(6)°. c = 11.8331(17) Å g = 90°. Volume 4333.4(10) Å3 |
4楼2010-03-12 15:19:14
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