应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 【分享】实用网络生物信息数据库----摘自《药物生物信息学》
11/1返回列表
查看: 377  |  回复: 0
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前主题已经存档。

~AWA~

银虫 (小有名气)

[交流] 【分享】实用网络生物信息数据库----摘自《药物生物信息学》

实用网络生物信息数据库
《药物生物信息学》  郑珩 化学工业出版社
第三章 核酸序列及基因组数据库
核酸序列数据库
**GenBank http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Genbank/
*EMBL http://www.ebi.ac.uk/embl/
基因组数据库
GDB http://www.gdb.org     人类基因组数据库
UniGene http://www.ncbi.nim.nih.gov/UniGene
人类基因组计划的首要任务是对人类基因组进行全序列测定，整个基因组估计有30亿个碱基对，其中大约3%可以编码蛋白质，其余部分的生物学功能还不清楚。转录图谱可以把基因组中能够编码蛋白质的部分集中起来，因此是一种重要的数据资源。UniGene试图通过计算机程序对GeneBank中的序列数据进行适当处理，剔除冗余部分，将同一基因的序列，包括EST序列片段搜集到一起，以便研究基因的转录图谱。UniGene除了包括人的基因外，也包括小鼠、大鼠等其它模式生物的基因，而下一章将要介绍的HGI数据库只包括人的基因。该数据库的标题行（TITLE）给出基因的名称和简单说明，表达部位行（EXPRESS）指出该基因在什么组织中表达以及在基因图谱中的位置等。此外，列出该基因在核酸序列数据库GenBank或EMBL和蛋白质序列数据库SWISS-PROT中的编号的超文本链接。UniGene中部分条目包括已知基因序列，而有些条目则仅有新测得的EST序列片段。这就意味着，这些EST序列所对应的基因尚未搞清，可以用来发现新基因。在描绘基因图谱及大规模基因表达分析等研究中，UniGene也可以帮助实验设计者选择试剂。UniGene可以通过NCBI或SRS系统访问。
SGD http://genome-www.stanford.edu/saccharomyces/  酵母基因组数据库
TDB http://www.tigr.org/tdb/tdb.html           综合 模式生物基因组
AceDB http://www.sanger.ac.uk/Software/Acedb  线虫基因组
dbEST http://www.ncbi.nim.nih.gov/dbEST      EST数据库
TRANSFAC http://transfac.gdf.de /TRANSFAC/ 转录因子及其综合位点的数据库
TRRD http://www.bionet.nsc.ru/trrd            真核生物基因组转录调控数据库
COMPEL http://www.gene-regulation/      脊椎动物基因在转录调节区的调节元件信息
CUTG http://www.kszusa.or.jp/codon           密码子使用频度表

第四章 蛋白质序列及结构数据库
蛋白质序列数据库：
*SWISS-PROT http://www.ebi.ac.uk/swissprot
PIR  http://pir.georgetown.edu/
*PROSITE http://www.expasy.ch/prosite
PRINTS  http://www.bioinf.man.ac.uk/dbbrowser/PRINTS
TrEMBL ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/database/trembl （死链）
NRL-3D http://nbrfa.georgetown.edu/pir/nr13d.html
蛋白质序列复合数据库
NRDB http://www.ncbi.nim.nih.gov/BlAST
OWL http://www.bioinf.man.ac.uk/dbbrowser
MIPSX http://www.mips.biochem.mpg.de/
SwissProt+TrEMBL http://srs.ebi.ac.uk
蛋白质结构数据库
*PDB http://www.rcsb.org/pdb/
  结构浏览器： RasMol(http://www.umass.edu/microbio/rasmol)、
              MMDB(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/structure/Cn3D.html)
                        其他Mage、CAD和VRML
蛋白质结构分类数据库
SCOP http://scop.mrclmb.cam.ac.uk/scop/
CATH http://www.biochem.ucl.ac.uk/bsm/cath/

第五章 生物医药信息检索
集成式数据库检索系统
NCBI-Entrez系统 http://www.ncbi.nim.nih.gov/Entrez/  
*联机帮助文件http://www.ncbi.nim.nih.gov/Database---- Entrez Help
     *PubMed （免费文献检索）  nucleotide（核酸序列）
*SRS系统 http://srs.ebi.ac.uk
生物医药文献资源
医药搜索引擎
Medical Matrix http://www.medmatrix.org
Achoo http://www.achoo.com
Medscape http://www.medscape.com
CliniWeb International http://www.ohsu.edu/cliniweb
Health Web http://www.healthweb.org
专利文献检索系统
Espacenet http://ep.espacenet.com 欧洲专利
USPTO http://www.uspto.gov/patft 美国专利
中文专利检索 http://www.sipo.gov.cn/sipo/zljs/defoult.htm
中文生物医药文献检索
中国生物医药文献数据库（CBMdisc）、中国生物学文献数据库
中国学术期刊数据库—医药卫生辑、中文生物医学期刊数据库、中国药学文献数据库
中国药品专利文献库、中国寻医问药数据库、国内医药信息总览数据库
中国药品检验数据库、全国医药企业及产品库、中医药文献数据库、中医药报刊资料数据库

第六章 序列比对方法和现实性搜索
*FASTA搜索 http://www.ebi.ac.uk/fasta33/
**BLAST搜索 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/

PS:带*的书上有详细的搜索方法
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
1楼 2010-03-12 10:55:03
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 ~AWA~ 的主题更新
11/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考博] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 BCdvBAEpt3zm 2026-11-01 4/200 2026-11-02 10:23 by dcc2yOIRGGTT
[找工作] 售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急 +3 YXM1FDCSE8Bn 2026-10-31 5/250 2026-11-02 09:42 by dcc2yOIRGGTT
[论文投稿] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +3 YXM1FDCSE8Bn 2026-10-31 6/300 2026-11-02 09:36 by dcc2yOIRGGTT
[论文投稿] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +4 hKe7U1kad5Sg 2026-10-31 6/300 2026-11-02 09:31 by dcc2yOIRGGTT
[硕博家园] 售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急 +3 hKe7U1kad5Sg 2026-10-31 7/350 2026-11-02 06:29 by xzcv0Tehd8lQ
[考研] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 1uaZt2kAZj2S 2026-10-30 21/1050 2026-11-02 05:41 by xzcv0Tehd8lQ
[论文投稿] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +6 X5bHxOULxFqb 2026-10-30 27/1350 2026-11-02 05:28 by xzcv0Tehd8lQ
[找工作] 售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 hKe7U1kad5Sg 2026-10-31 5/250 2026-11-01 22:27 by xzcv0Tehd8lQ
[博后之家] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +3 hKe7U1kad5Sg 2026-10-31 5/250 2026-11-01 22:24 by xzcv0Tehd8lQ
[考博] 售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +4 xvJS1BYDxvBS 2026-10-31 7/350 2026-11-01 22:01 by xzcv0Tehd8lQ
[找工作] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +4 1uaZt2kAZj2S 2026-10-30 11/550 2026-11-01 21:35 by xzcv0Tehd8lQ
[教师之家] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +6 X5bHxOULxFqb 2026-10-30 16/800 2026-11-01 21:19 by xzcv0Tehd8lQ
[论文投稿] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +3 hKe7U1kad5Sg 2026-10-31 5/250 2026-11-01 20:03 by xzcv0Tehd8lQ
[考研] 售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急 +3 hKe7U1kad5Sg 2026-10-31 6/300 2026-11-01 19:50 by xzcv0Tehd8lQ
[找工作] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +4 1uaZt2kAZj2S 2026-10-31 8/400 2026-11-01 14:48 by BCdvBAEpt3zm
[考博] 售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 1uaZt2kAZj2S 2026-10-30 10/500 2026-11-01 12:27 by BCdvBAEpt3zm
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +4 1uaZt2kAZj2S 2026-10-30 17/850 2026-11-01 12:24 by BCdvBAEpt3zm
[考研] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +3 1uaZt2kAZj2S 2026-10-30 16/800 2026-11-01 12:14 by BCdvBAEpt3zm
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +4 X5bHxOULxFqb 2026-10-30 18/900 2026-11-01 12:11 by BCdvBAEpt3zm
[硕博家园] 申博自荐 2篇一区TOP+1篇EI+2公开发明专利 2027博士申请 +3 小小阿光 2026-10-27 3/150 2026-10-29 23:56 by 起风了的快乐
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭