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【分享】实用网络生物信息数据库----摘自《药物生物信息学》
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实用网络生物信息数据库 《药物生物信息学》 郑珩 化学工业出版社 第三章 核酸序列及基因组数据库 核酸序列数据库 **GenBank http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Genbank/ *EMBL http://www.ebi.ac.uk/embl/ 基因组数据库 GDB http://www.gdb.org 人类基因组数据库 UniGene http://www.ncbi.nim.nih.gov/UniGene 人类基因组计划的首要任务是对人类基因组进行全序列测定，整个基因组估计有30亿个碱基对，其中大约3%可以编码蛋白质，其余部分的生物学功能还不清楚。转录图谱可以把基因组中能够编码蛋白质的部分集中起来，因此是一种重要的数据资源。UniGene试图通过计算机程序对GeneBank中的序列数据进行适当处理，剔除冗余部分，将同一基因的序列，包括EST序列片段搜集到一起，以便研究基因的转录图谱。UniGene除了包括人的基因外，也包括小鼠、大鼠等其它模式生物的基因，而下一章将要介绍的HGI数据库只包括人的基因。该数据库的标题行（TITLE）给出基因的名称和简单说明，表达部位行（EXPRESS）指出该基因在什么组织中表达以及在基因图谱中的位置等。此外，列出该基因在核酸序列数据库GenBank或EMBL和蛋白质序列数据库SWISS-PROT中的编号的超文本链接。UniGene中部分条目包括已知基因序列，而有些条目则仅有新测得的EST序列片段。这就意味着，这些EST序列所对应的基因尚未搞清，可以用来发现新基因。在描绘基因图谱及大规模基因表达分析等研究中，UniGene也可以帮助实验设计者选择试剂。UniGene可以通过NCBI或SRS系统访问。 SGD http://genome-www.stanford.edu/saccharomyces/ 酵母基因组数据库 TDB http://www.tigr.org/tdb/tdb.html 综合 模式生物基因组 AceDB http://www.sanger.ac.uk/Software/Acedb 线虫基因组 dbEST http://www.ncbi.nim.nih.gov/dbEST EST数据库 TRANSFAC http://transfac.gdf.de /TRANSFAC/ 转录因子及其综合位点的数据库 TRRD http://www.bionet.nsc.ru/trrd 真核生物基因组转录调控数据库 COMPEL http://www.gene-regulation/ 脊椎动物基因在转录调节区的调节元件信息 CUTG http://www.kszusa.or.jp/codon 密码子使用频度表 第四章 蛋白质序列及结构数据库 蛋白质序列数据库： *SWISS-PROT http://www.ebi.ac.uk/swissprot PIR http://pir.georgetown.edu/ *PROSITE http://www.expasy.ch/prosite PRINTS http://www.bioinf.man.ac.uk/dbbrowser/PRINTS TrEMBL ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/database/trembl （死链） NRL-3D http://nbrfa.georgetown.edu/pir/nr13d.html 蛋白质序列复合数据库 NRDB http://www.ncbi.nim.nih.gov/BlAST OWL http://www.bioinf.man.ac.uk/dbbrowser MIPSX http://www.mips.biochem.mpg.de/ SwissProt+TrEMBL http://srs.ebi.ac.uk 蛋白质结构数据库 *PDB http://www.rcsb.org/pdb/ 结构浏览器： RasMol(http://www.umass.edu/microbio/rasmol)、 MMDB(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/structure/Cn3D.html) 其他Mage、CAD和VRML 蛋白质结构分类数据库 SCOP http://scop.mrclmb.cam.ac.uk/scop/ CATH http://www.biochem.ucl.ac.uk/bsm/cath/ 第五章 生物医药信息检索 集成式数据库检索系统 NCBI-Entrez系统 http://www.ncbi.nim.nih.gov/Entrez/ *联机帮助文件http://www.ncbi.nim.nih.gov/Database---- Entrez Help *PubMed （免费文献检索） nucleotide（核酸序列） *SRS系统 http://srs.ebi.ac.uk 生物医药文献资源 医药搜索引擎 Medical Matrix http://www.medmatrix.org Achoo http://www.achoo.com Medscape http://www.medscape.com CliniWeb International http://www.ohsu.edu/cliniweb Health Web http://www.healthweb.org 专利文献检索系统 Espacenet http://ep.espacenet.com 欧洲专利 USPTO http://www.uspto.gov/patft 美国专利 中文专利检索 http://www.sipo.gov.cn/sipo/zljs/defoult.htm 中文生物医药文献检索 中国生物医药文献数据库（CBMdisc）、中国生物学文献数据库 中国学术期刊数据库—医药卫生辑、中文生物医学期刊数据库、中国药学文献数据库 中国药品专利文献库、中国寻医问药数据库、国内医药信息总览数据库 中国药品检验数据库、全国医药企业及产品库、中医药文献数据库、中医药报刊资料数据库 第六章 序列比对方法和现实性搜索 *FASTA搜索 http://www.ebi.ac.uk/fasta33/ **BLAST搜索 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/ PS:带*的书上有详细的搜索方法 |
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