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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » 【求助】DL-POLY分子指针出错
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zhangsongquan

木虫 (正式写手)

[交流] 【求助】DL-POLY分子指针出错

DL-POLY  teminated due to error 12
error-unknown molecule directive in FIELD file
FIELD file文件里的原子和CONFIG文件中的对应了，而且是MINIDREI文件里有的原子，检查过好几遍，实在不清楚问题出在哪里？请高手指点！
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1楼 2010-03-08 16:17:41
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老虎大王

木虫 (著名写手)
★
lei0736(金币+1):谢谢 2010-03-08 17:07
贴出来才能看。不贴出来看不出来问题。Feild, Config， OUtput
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2楼2010-03-08 16:44:54
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shaozheng

新虫 (初入文坛)
config 文件：Lattice file generated by FILE_MAKER utility
         0         3
  25.638000000000000  0.0000000000000000  0.0000000000000000
  0.0000000000000000  192.28500000000003  0.0000000000000000
  0.0000000000000000  0.0000000000000000  384.57000000000005
C_1              1         6
-7.8804802500000010 -96.142500000000010 -192.28500000000003
C_1              2         6
-17.757519750000004 -96.142500000000010 -192.28500000000003
C_1              3         6
-3.2701269000000000 -88.157134692000000 -192.28500000000003
C_1              4         6
-22.367873100000000 -88.157134692000000 -192.28500000000003
N_1              5         7
  0.4457807250000000 -81.720992964300010 -192.28500000000003
N_1              6         7
-26.083780725000000 -81.720992964300010 -192.28500000000003
C_1              7         6
-1.4709802500000004 -96.142500000000010 -192.28500000000003
C_1              8         6
-11.348019750000000 -96.142500000000010 -192.28500000000003
C_1              9         6
  3.1393730999999990 -88.157134692000000 -192.28500000000003
C_1             10         6
-15.958373100000000 -88.157134692000000 -192.28500000000003
N_1             11         7
  6.8552807250000000 -81.720992964300010 -192.28500000000003
N_1             12         7
-19.674280725000003 -81.720992964300010 -192.28500000000003
C_1             13         6
  4.9385197500000010 -96.142500000000010 -192.28500000000003
C_1             14         6
-4.9385197500000000 -96.142500000000010 -192.28500000000003
C_1             15         6
  9.5488731000000000 -88.157134692000000 -192.28500000000003
C_1             16         6
-9.5488731000000020 -88.157134692000000 -192.28500000000003
N_1             17         7
  13.264780724999998 -81.720992964300010 -192.28500000000003
N_1             18         7
-13.264780725000001 -81.720992964300010 -192.28500000000003
C_1             19         6
  11.348019750000002 -96.142500000000010 -192.28500000000003
C_1             20         6
  1.4709802499999989 -96.142500000000010 -192.28500000000003
C_1             21         6
  15.958373100000000 -88.157134692000000 -192.28500000000003
C_1             22         6
-3.1393731000000002 -88.157134692000000 -192.28500000000003
N_1             23         7
  19.674280725000000 -81.720992964300010 -192.28500000000003
N_1             24         7
-6.8552807250000000 -81.720992964300010 -192.28500000000003
C_1             25         6
-7.8804802500000010 -89.733000000000000 -192.28500000000003
C_1             26         6
-17.757519750000004 -89.733000000000000 -192.28500000000003
C_1             27         6
-3.2701269000000000 -81.747634692000000 -192.28500000000003
C_1             28         6
-22.367873100000000 -81.747634692000000 -192.28500000000003
N_1             29         7
  0.4457807250000000 -75.311492964300020 -192.28500000000003
N_1             30         7
-26.083780725000000 -75.311492964300020 -192.28500000000003
C_1             31         6
-1.4709802500000004 -89.733000000000000 -192.28500000000003
C_1             32         6
-11.348019750000000 -89.733000000000000 -192.28500000000003
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周化光
3楼2010-03-08 22:21:44
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shaozheng

新虫 (初入文坛)
field文件：
FIELD file generated by FILE_MAKER utility

UNITS kcal
MOLECULES 1
SUCCINONITRILE
NUMMOLS 7200
ATOMS 6
C_1          12.01100000        0.00000000
C_1          12.01100000        0.00000000
C_1          12.01100000        0.00000000
C_1          12.01100000        0.00000000
N_1          14.00670000        0.00000000
N_1          14.00670000        0.00000000

BOND  5

12-6     1      2        22955306     6625
12-6     1      3       10657539      5174
12-6     2      4       10657539      5174
12-6     3      5       1671177        2659
12-6     4      6       1671177        2659

CONSTRAINTS  5
1    2       1.5415
1    3       1.4386
2    4       1.4386
3    5       1.1595
4    6       1.1595

ANGLES  4
harm  1   2   4   831.393    0
harm  2   1   3   831.393    0
harm  1   3   5   669.888    0
harm  2   4   6   669.888    0

DIHEDRALS  1
ryck  3   1   2   4   12.4718

FINISH

VDW   3
C_1      C_1     LJ    0.628  3.576
N_1      N_1     LJ    0.711  3.127
C_1      N_1     LJ    0.478  3.890

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周化光
4楼2010-03-08 22:22:38
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shaozheng

新虫 (初入文坛)
output文件：
                    DL_POLY Version 2.20

                              Running on    1 nodes


************************************************************************************************************************
************************************************************************************************************************
************************************************************************************************************************
***************     CONTROL file generated by DL_POLY/java utility                                       ***************
************************************************************************************************************************
************************************************************************************************************************
************************************************************************************************************************


SIMULATION CONTROL PARAMETERS


simulation temperature           3.3200E+02

simulation pressure (katm)       0.0000E+00

microcanonical ensemble

selected number of timesteps         1000

equilibration period                  100

multiple timestep interval              1

temperature scaling on
temperature scaling interval          100

equilibration included in overall averages

structure optimisation requested
convergence to minimum force selected
tolerance for structure optimisation      1.0000E+01         

data stacking interval                100

statistics file interval               10

trajectory file option on  
trajectory file start                 100
trajectory file interval              100
trajectory file info key                2


radial distribution functions on
g(r) collection interval               10
g(r) bin width                   5.0000E-02

simulation timestep              1.0000E-03

primary neighbour cut off        9.0000E+00

real space cut off               1.2000E+01

border width of Verlet shell     1.0000E+00

real space cut off (vdw)         9.0000E+00

Ewald sum  precision             1.0000E-05

Electrostatics : Ewald sum  

Ewald convergence parameter      2.3464E-01
Ewald kmax1 kmax2 kmax3         6   42   83

force capping :                  1.0000E+04 kT/A


short-range potential terms off

tolerance for Quaternions        1.0000E-05


Z density profile requested
zdensity collection interval           10
zdensity bin width               1.0000E-01
zdensity range                   1.2800E+01

g(r) printing option on      

user allocated job time (s)      1.0000E+04

job closure time        (s)      1.0000E+03


SYSTEM SPECIFICATION

energy units=kcal/ mol


number of molecular types               1

molecular species type                  1


name of species:             SUCCINONITRILE                          

number of molecules                  7200

number of atoms/sites                   6


atomic characteristics:

                      site     name          mass        charge    repeat    freeze

                         1     C_1         12.01100     0.00000         1         0
                         2     C_1         12.01100     0.00000         1         0
                         3     C_1         12.01100     0.00000         1         0
                         4     C_1         12.01100     0.00000         1         0
                         5     N_1         14.00670     0.00000         1         0
                         6     N_1         14.00670     0.00000         1         0
            
  
DL_POLY terminated due to error    12


error - unknown molecule directive in FIELD file
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周化光
5楼2010-03-08 22:24:21
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shaozheng

新虫 (初入文坛)
不知道问题出在那里？
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周化光
6楼2010-03-08 22:24:49
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老虎大王

木虫 (著名写手)
★ ★
ghcacj(金币+2):谢谢 2010-03-09 09:14
晕。你的FIELD中关键词写的是“BOND"，但应该是”BONDS“。你查手册。另外此行下面最好不要空行。
你的OUTPUT停在这一步，应该是这个问题。但我没有试。我的DLPOLY程序不在这台电脑上。你先改了这个试试。
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7楼2010-03-09 08:52:43
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shaozheng

新虫 (初入文坛)
不是这个问题，应该是field文件里的
ATOMS 6
C_1          12.01100000        0.00000000
C_1          12.01100000        0.00000000
C_1          12.01100000        0.00000000
C_1          12.01100000        0.00000000
N_1          14.00670000        0.00000000
N_1          14.00670000        0.00000000
这部分有问题
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周化光
8楼2010-03-09 09:11:53
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shaozheng

新虫 (初入文坛)
我改成bonds还是一样出错
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周化光
9楼2010-03-09 09:12:41
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shaozheng

新虫 (初入文坛)
我修改了一下control文件，发现那个问题不见了，又有新问题出现了，估计是几个文件不匹配造成的
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周化光
10楼2010-03-09 09:43:36
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