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vigaryang

木虫 (正式写手)

[交流] 【求助】请教如何理解这句话中的概念

我看文献时发现有如下一句话：
The value of the electrostatic potential at the donor H nuclear position
(excluding the H‘s own infinite nuclear contribution), EPNUC , gives markedly superior fit statistics to any of the above charge and multipole models.
请问这里所说的EPNUC的含义是什么，它的值是怎样得到的呢？在gview中打开chk文件只能绘制得到一个笼统的静电势分布图，并没有给出空间某点处的静电势数值啊。谢谢！

[ Last edited by vigaryang on 2010-3-7 at 04:05 ]
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1楼 2010-03-07 04:02:48
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zhou2009

版主 (著名写手)
★ ★ ★
yjcmwgk(金币+3): 2010-03-08 15:56
你需要“给出空间某点处的静电势数值”，我想还是应该通过cubegen命令或cube关键词先得到cube数据文件，这个三维数据文件就是点处的静电势数值，但没有直接给出坐标值，它的前面就是坐标展开的数据，当然读起来不便。

这时可以将这个cube数据文件读入GsGrid程序，它将输出一个为每一个静电势数值配齐坐标的文件：前三列为空间某点处的x、y、z坐标，后一列为该坐标点处的静电势数值。
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2楼2010-03-07 14:28:29
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sobereva

至尊木虫 (著名写手)

本人已永久离开小木虫
★ ★
yjcmwgk(金币+2): 2010-03-08 15:56
EPNUC的意思就是指在原子核位置的静电势（不包括原子核对静电势的贡献，否则静电势是无限的），这并不是通用的缩写。

你可以生成静电势格点文件后用gsgrid的功能1提取每个格点位置的静电势然后找到相近的格点（或者直接手动指定网格设置计算某处静电势），也可以用multiwfn计算指定位置的静电势。
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3楼2010-03-07 14:33:05
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vigaryang

木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by sobereva at 2010-03-07 14:33:05:
EPNUC的意思就是指在原子核位置的静电势（不包括原子核对静电势的贡献，否则静电势是无限的），这并不是通用的缩写。

你可以生成静电势格点文件后用gsgrid的功能1提取每个格点位置的静电势然后找到相近的格点（ ...

非常感谢两位专家的帮助。我想请问一下，对于这个EPNUC，是否就是在gsgrid输出的output文件中寻找与Gaussian log 文件中该原子的笛卡尔坐标相近的一组X、Y、Z、Potential值？我发现并没有和该原子坐标完全吻合的点。如果如您所说进行指定计算某点处的静电势，该如何进行呢？是在gaussian的输入文件中就要指定么？
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4楼2010-03-08 23:42:06
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sobereva

至尊木虫 (著名写手)

本人已永久离开小木虫
★ ★ ★
yjcmwgk(金币+3): 2010-03-09 12:48
我在当前gsgrid版本的readme里面最后写了如何自定义网格。文中的EPNUC是指扣除了原子核贡献的静电势（仅由电子云提供），但高斯输出的是完整的静电势，原子核处为无限大。

我可能不久后会在multiwfn 1.3里面加上计算电子云对某点静电势贡献的功能，届时这个问题就很容易了。
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5楼2010-03-09 01:20:59
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vigaryang

木虫 (正式写手)
那再烦问前辈一下，既然gaussian给出的是总静电势，那么在当前条件下，有办法得到这个仅由电子云贡献的静电势值么？在我所看的那篇文献中，他只是说用gaussian 98计算了静电势，并没再描述如何扣掉原子核贡献的。
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6楼2010-03-09 01:53:23
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sobereva

至尊木虫 (著名写手)

本人已永久离开小木虫
★
yjcmwgk(金币+1): 2010-03-12 13:22
引用回帖:
Originally posted by vigaryang at 2010-03-09 01:53:23:
那再烦问前辈一下，既然gaussian给出的是总静电势，那么在当前条件下，有办法得到这个仅由电子云贡献的静电势值么？在我所看的那篇文献中，他只是说用gaussian 98计算了静电势，并没再描述如何扣掉原子核贡献的。

在源代码里找到计算静电势的部分，把计算核贡献的段落注释掉并重新编译即可。
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7楼2010-03-09 19:41:20
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vigaryang

木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by sobereva at 2010-03-09 19:41:20:


在源代码里找到计算静电势的部分，把计算核贡献的段落注释掉并重新编译即可。

万分感谢！但能否再麻烦前辈告诉一下具体该怎么弄呢？我接触量化才两三个月时间，对很多东西几乎一无所知。这个内容对我很重要，也很急，因此只能恳求前辈都指点指点。
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8楼2010-03-10 20:13:51
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