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【转帖】Materials-Studio 论坛问答全集（精选众多论坛讨论贴）2
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16、求助：黄色和蓝色的电子云代表什么问题 请教各位一个问题，在MS的Dmol3下计算能量，在分析里查看HOMO和LUMO轨道的电子云的计算结果时，有两种颜色，默认的是黄色和 蓝色。这种颜色的不同代表什么意思？ 还有一般用HOMO和LUMO轨道的电子云说明什么问题啊？我看很多文献说什么(π-π)派-派跃迁就是3.1415926所代表的那个希腊字母 ，这里不知道怎么输入。还有（σ-σ)西格玛-西格玛等等，学习化学的人应该能够了解，可以从这上面看出来吗？ 答：A、其实两种颜色的电子云不是代表homo和lumo的，只是说这个地方波函数是正号还是负号。因为对于电子云来说，其实是波函 数的平方，这个地方为了区别波函数的正负号，所以引进了两种颜色的电子云 B、在分子进行反应时，最高占据轨道（HOMO）和最低空轨道（LUMO）其有特别重要的作用。 分子轨道对称性守恒原理认为：在反应过程中，当有反应物分子轨道转变成产物的分子轨道时，其对称性始终保持不变，即始终都属 于同一个不可约表示。 如果反应物基态的分子轨道变成的是产物的基态的分子轨道，那么反应就是热允许的。（意即温和加热就可进行） 如果变成的是激发态的分子轨道，就是热禁阻的（意即不可能用温和加热的方法促其进行）。 如果反应物受光激发后由电子占据的分子轨道（激发态轨道）转变成产物的基态分子轨道，这一过程就是光允许的（意即用适当的光 照就可使其进行）。 若转变成产物的更高激发态分子轨道，就是光禁阻的（意即无法用光照促其进行）。 17、请问MS计算能带的问题 由CASTEP或DMol计算得到的能带，要看能带的带系宽度，是怎样看？ 是默认费米能级为0吗？那就是只看0附近的宽度吗？ 答：A、0两边的宽度，最高占据和最低未占据之间的宽度就是带隙 B、我没有仔细的看过castep的能带，但是看过课题组的人做过报告。 我印象中，对于非金属，castep的费米能级是在价带顶，找出价带顶最大的那个能量和导带底对应的最小的能量之差，就是带隙吧。 至于有的说dos看带隙，这个不大可靠，要看你取了多大的展宽因子，展宽因子大，非金属也变成金属了，没带隙。 另外对于dmol来说，何来什么能带 全部分子能级，不过可能有gap，要从homo-lumo的差值去算gap C、横轴是布里渊区的高对称点，与晶体的对称性有关 纵轴表示能带的能量。 带隙可以分成直接带隙和间接带隙 直接带隙就是0eV上下最高和最低两个能带在某个高对称点(如G，X、R点等)之间的能量差。 间接带隙就是0eV上能量最低的能带上的最低点的能量值减去0eV下能量最高的能带的最高点的能量值。 18、什么是Overlap populations？ 在一篇文章上看见 Table 2 Bond distances (A˚ ) and Overlap populations (/E/in brackets) TiO2 TiO2/Sn6c TiO2/Sn5c TiO2/Sn6-in TiO2/Sn5-in Ob–Me6c 1.831 (172) 1.963 (220) 1.83 (165) 1.831 (172) 1.832 (171) Op–Me6c 2.066 (86) 2.107 (32) 1.989 (64) 2.070 (84) 2.069 (83) Op–Me5c 1.938 (122) 1.912 (114) 1.995 (139) 1.988 (123) 1.933 (120) O1–Me6c 2.065 (86) 2.165 (86) 2.097 (117) 2.072 (115) 2.086 (119) O2–Me5c 1.853 (130) 1.854 (119) 2.006 (122) 1.865 (134) 1.890 (112) O1–Me6-in 1.936 (160) 1.950 (142) 1.983 (163) 2.056 (177) 1.968 (161) O2–Me5-in 1.968 (83) 1.961 (84) 1.950 (96) 1.976 (86) 2.047 (90) 请问Overlap populations 是什么？如何得到的？ 答：A、Overlap populations 重叠布居 CASTEP计算性质时的population选项可以算 B、重叠布居 相当于键级的概念 一般来说，正值表示成共价键，正值越大，共价性越强 0表示纯离子键。 负值表示反键。 主要用于定性分析。不同的赝势、泛函计算的结果可能有差别 19、请教一下 这些数据在那？ 您能把您算过的这部分给贴上来吗？ CASTEP计算性质时的population选项这个我已经算了 但是我找不到它在那 谢谢 答：CASTEP 中计算的时候选择properties里面的population analysis下面的 bond population 计算得到的结果除了有atomic population以外还有就是bond population 也可以叫overlap population 在.CST或者.CASTEP文件最后部分。 20、用MS需要什么样的配置？谢谢！ 老师打算买一台新的电脑做计算，我不知道一般需要什么样的配置就可以了！希望大家多提供点信息！谢谢了！ 答：A、双核 至少奔D 2.8GHz 1G内存 高分子结构 最好准备买服务器！！！！ B、楼上的，没那么夸张吧？ CPU好像用不太多啊，一般的30-60原子有个普通双核也够用了吧？我没感觉出来双核比P2.8快多少啊？ 你非要算蛋白质的话，那服务器也肯定不够。。。 内存大些倒是真是，应该需要2G也不嫌多的！ C、我觉得看你做什么体系 你如果做简单的分子体系 用demol可以解决的 谱图电脑夜可以的 如果算晶体 那必须是搞配置的机子 D、关键是cpu，内存，和硬盘 ms计算的结果还是蛮大的，我的硬盘都满了 要速度的话cpu双核可能没有单核快，因为并行效率在windows下好像不是很高 内存大是必须的，2G基本上可以，如果4G更好，反正现在内存也不是太贵 尽量多加点内存把，否则你想算一个稍大的体系，往往发现内存不够，确实够郁闷的。^_^ 21、问：模拟晶体表面吸附时，怎么样才能做到只允许垂直于表面方向弛豫，而平行表面的方向不允许呢？是用“Modify-- Constraints”实现的吗？如何实现？ 答：就是用“Modify--Constraints” 步骤：第一：选择要加限制的原子 第二：打开constrain对话框 第三：设置固定XY方向不考虑弛豫，实际上就是在x和y方向的笛卡儿或者分数坐标前打勾即可 22、问：与计算速度有关的都有什么因素，我计算的时候，CPU利用率约为百分之五十，刚开始出了几个点，可是后来好几天也没出 一个点，而且job explorer 显示是running,不知道怎么回事？ 答：与计算速度有关的因素：cpu速度，内存大小，缓存多少，硬盘和主板接口速度等。 不知道你是用winxp版本还是linux/unix版本 如果是winxp版本，可能cpu是双核/双线程的，你交作业的时候选择单cpu 没有选择用2个cpu，所以cpu利用率大概在50％ 23、请问我在CASTEP中计算掺杂后的模型，能用Reflex模块中XRD在计算吗？我直接将CASTEP中的.xsd文件激活后使用了Reflex结果 感觉很不对。 向各位请教！谢谢 我就是建立了一个结构.xsd，然后选了那个模块计算，出来的结果感觉是非常不合理的。你能给我举个例子吗？ 答：新建一个文件，导入数据库中的FeS2（pyrite） 在reflex里面选power diffraction 设置xrd谱图的范围，靶的种类等等 点caculate 就ok了 24、问：如何将MS的car文件装换为xyz文件， 坐标比较多。 答：利用MS的 Export 输出为mol 格式的文件 然后利用Hyperchem打开上面的输出文件 另存为xyz文件即可 25、Dmol计算的频率如何看明白啊？ 偶用Dmol3算体系的能量，算了其频率，输出文件中一大堆数据看不懂都是什么啊？哪里有详细说明吗？help里好象没有啊。不知道 有这方面的文献吗（中文最好）？请高手们指教啊！ 答：性质中频率是算声子的。 最后给出的振动模式 vibrational mode 输出文件主要看outmol文件，文件最后部分有振动频率的数据 如果不是周期体系，且假设体系有N个原子，则给出3N－6个振动频率 其中正值表示稳定振动，负值（虚频）表示不稳定振动，即振动将导致体系能量下降 如果是晶体则有3N个振动频率，其中有3个为刚性振动，频率接近0，表示所有原子沿着相同方向振动。除了振动频率的数值（振模频 率），还有振动的本征矢，每一个频率对应一组本征矢，本征矢表示原子的振动方向（x，y，Z）和幅度。 当发现晶体具有虚频的时候，那么原子按照本征矢方向振动，体系能量下降，会导致结构相变发生。 注意，dmol振动性质的计算并没有考虑电场和原子位移的耦合作用，没有考虑LO和TO分裂，而且对于晶体而言只能算布里渊区G点的 振动频率，而不能计算其他点的振动频率。 完毕 |
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