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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » 其他 » 【求助】一个简单生物分子绘图
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yanggang-0

新虫 (小有名气)

[交流] 【求助】一个简单生物分子绘图

现在用ViewerPro 软件画一生物分子的原始构型，怎样尽可能的接近实际？ 有没有更好的能够画出分子构型的软件？简单介绍下  感谢！

[ Last edited by yanggang-0 on 2010-3-5 at 11:23 ]
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1楼 2010-03-05 10:54:28
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c111999

铜虫 (小有名气)
★
yanggang-0(金币+10): 2010-03-06 08:28
yjcmwgk(金币+1): 2010-03-06 21:19
实际=XRD，NMR 或者计算结果？
用上述结果（坐标）来花就应该八九不离十
画图软件都一样，viewpro化的应该跟vmd，搞斯韦尔，化学办公室……都一样才对
关键是坐标的准确度，而这又跟画图软件无关了
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2楼2010-03-05 22:33:23
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galaxyqtm

金虫 (小有名气)
★
yanggang-0(金币+5): 2010-03-06 08:29
yjcmwgk(金币+1): 2010-03-06 21:19
download coordinates from Protein data bank, then visualize it. It should be exact structure
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3楼2010-03-06 00:23:29
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yanggang-0

新虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by c111999 at 2010-03-05 22:33:23:
实际=XRD，NMR 或者计算结果？
用上述结果（坐标）来花就应该八九不离十
画图软件都一样，viewpro化的应该跟vmd，搞斯韦尔，化学办公室……都一样才对
关键是坐标的准确度，而这又跟画图软件无关了

现在遇到问题是没有这分子的计算结果，要对这分子进行优化，先要给它一个初始构型，给了两个，但都没优化好，呵呵，现在怎样能提高坐标的准确度类？麻烦指点下 呵呵
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4楼2010-03-06 08:40:38
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c111999

铜虫 (小有名气)
★ ★
yjcmwgk(金币+2): 2010-03-06 21:19
策略 一轮一轮碟带，收敛
从低精度开始优化结构
IF能得到优化好的结构
  提高精度
  碟带直至达到精度要求
Else 调整初始结构
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5楼2010-03-06 12:31:21
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
★ ★ ★ ★ ★
yjcmwgk(金币+5): 2010-03-06 21:20
yanggang-0(金币+5): 2010-03-07 17:00
预测结构不是画图软件的任务,而是一个现在都未完全解决的大问题

就拿c111999 所说的"一轮一轮碟带"而言,
怎么迭代?
case(一直找能量更小的点):掉进一个local minimum中出不来
// http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=1557782 三楼
case(遍历所有结构空间):运算量过大无法实现
// http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=1598118 六楼

前些天刚做过一个,费了很大力气结果并不令人满意
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=1847428
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6楼2010-03-06 13:48:10
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c111999

铜虫 (小有名气)
★
yjcmwgk(金币+1): 2010-03-07 14:02
bay_gulf 说的对
如果那么容易就找到最有结构（也许碰巧是化学性质相关极小值，也许是最小值）
那那么多研究生就没用了，这个领域也就没得混了。

"一轮一轮碟带"，就是要有献身科研的精神（你可以想象为研究生一周一周，一代一代，拿命来试）+ 科研的运气。

但是如果实在运气不好，找不到，那就拉出一个疑似极小值（可以来自实验值，化学常识排除……）来讨论讨论。

总之，你得给个说法，才能毕业、项目交差不是？

啰嗦一句：知难而退，如果mission impossible,那么还是换个体系吧。
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7楼2010-03-07 00:06:11
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