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tomhy

铜虫 (初入文坛)

[交流] 【求助】计算过渡态时如何考虑溶剂的影响

过渡态计算和IRC计算在气相介质中已经完成。但是计算结果没法直接解释实验现象。现在想进一步把计算结果向实验现象靠拢，把溶剂因素考虑进去，采用iefpcm model直接对气态过渡态进行优化，但是计算无法进行并且返回错误（运行时间仅有12秒）。一共有四个输入文件对应四个过渡态，其中两个可以计算，但是另外两个一直都出现这样的错误。
不知大家有何意见，谢谢。
这两个一直返回错误的文件对应键的断裂和新键的生成。
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1楼 2010-02-18 22:46:34
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galaxyqtm

金虫 (小有名气)
★
yjcmwgk(金币+1): 2010-02-21 00:09
try CPCM
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2楼2010-02-18 23:40:56
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tomhy

铜虫 (初入文坛)
谢谢，马上试试
引用回帖:
Originally posted by galaxyqtm at 2010-02-18 23:40:56:
try CPCM

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3楼2010-02-19 04:00:01
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tomhy

铜虫 (初入文坛)
还是不行，我觉得不是model的问题，是我结构有点问题。
引用回帖:
Originally posted by galaxyqtm at 2010-02-18 23:40:56:
try CPCM

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4楼2010-02-19 06:07:26
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coolrainbow

木虫 (著名写手)

未来国家冻凉
★ ★ ★ ★
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yjcmwgk(金币+3): 2010-02-19 09:29
Jorgenson做过SN2反应的溶剂过渡态，若有兴趣就试试，那是个qm/mm的东西
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技术博客：http://hi.baidu.com/coolrainbow/blog
5楼2010-02-19 09:23:18
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tomhy

铜虫 (初入文坛)
谢谢，考虑溶剂自由能的影响是不是就是把气相的计算结果降低呢？
那应该所有的趋势还是一样的吧？
引用回帖:
Originally posted by coolrainbow at 2010-02-19 09:23:18:
Jorgenson做过SN2反应的溶剂过渡态，若有兴趣就试试，那是个qm/mm的东西

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6楼2010-02-20 00:09:38
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galaxyqtm

金虫 (小有名气)
★
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引用回帖:
Originally posted by tomhy at 2010-02-19 06:07:26:
还是不行，我觉得不是model的问题，是我结构有点问题。

Can you send me your input file? I cannot see your attachment
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7楼2010-02-20 00:56:36
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yjcmwgk

禁虫 (文坛精英)

密度泛函·小卒

优秀版主
★
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楼主看输出文件不仔细啊。输出文件中已经提示了
United Atom Topological Model (UA0  parameters set).
UA0: Hydrogen   35 has 2 bonds.
看看第35号氢原子，这个原子不合理
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8楼2010-02-20 07:59:44
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Jasminer

铁杆木虫 (著名写手)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
yjcmwgk(金币+1): 2010-02-21 00:09
没错
应该将UA0换成UFF
引用回帖:
Originally posted by yjcmwgk at 2010-02-20 07:59:44:
楼主看输出文件不仔细啊。输出文件中已经提示了
United Atom Topological Model (UA0  parameters set).
UA0: Hydrogen   35 has 2 bonds.
看看第35号氢原子，这个原子不合理

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9楼2010-02-20 08:45:07
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tomhy

铜虫 (初入文坛)
恩，我看到了，这个是在气态的过渡态构型，程序有时候会说这个H有三个bond，有时候会说有两个。在gview输入文件中，我已经调整了这个H原子的相对位置，可是还是出错。
引用回帖:
Originally posted by yjcmwgk at 2010-02-20 07:59:44:
楼主看输出文件不仔细啊。输出文件中已经提示了
United Atom Topological Model (UA0  parameters set).
UA0: Hydrogen   35 has 2 bonds.
看看第35号氢原子，这个原子不合理

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10楼2010-02-21 06:44:16
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