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【neweroica个人文集】最新版vaspmo (v0.1) ――可视化VASP分子轨道
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可视化效果图，请参见旧贴： http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=1818606 程序名称： vaspmo 版本： v0.1 作者： Yang Wang ( yangwang2008@gmail.com ) 发布时间： 2010年2月3日 版权声明： 本程序的算法和设计思路，以及代码编写都是Yang Wang的原创。任何个人 或团体不得将此程序用于任何商业用途。如果你在发表论文或学术报告中 用到该程序，请务必转引来源和作者。 任何疑问或反馈，请联系作者：yangwang2008@gmail.com 用途： 读入VASP计算得到的PROCAR和CONTCAR文件，输出Gaussian结果文件。该 文件能够被常用的量子化学可视化软件（如Molekel、Chemcraft、Gabedit 和Molden等）读取，进而绘制和观看体系的分子轨道。有些软件还能导出 cube文件（如Chemcraft和Molden等），从而又能被很多支持cube格式文件 的可视化软件所识别。 目前本程序适用于元素周期表中从氢到铋的元素（但不包括除了镧之外的镧 系其他元素），共69种元素。 新版本信息： 目前的v0.1版本纠正了v0.0版本的一些bug： 1) 坐标转换错误。 2) "Ta"和"Bi"元素名称错误。 新添功能： 1) 支持Chemcraft、Molden和Gabedit可识别的格式。 2) 隐藏或缩放指定某些原子的轨道。 3) 根据指定k点和输出格式自动命名输出文件。 4) 用户可以自定义输出文件名。 编译方法： 本程序只包含一个源文件：vaspmo.c，是用标准C语言编写的，因此任何标 准C编译器或C++编译器都能够编译。例如，在Linux下可使用如下命令编译： gcc -o vaspmo -lm vaspmo.c 使用方法： 1. VASP计算 1) PROCAR文件 VASP.3.2以上版本可以将体系波函数投影到以各个原子为中心的球谐函 数上去，从而得到各个原子轨道的相系数。但在VASP.3.X版本中，输出 文件的格式只能是PROOUT，而不是PROCAR文件。目前vaspmo程序不能处 理PROOUT文件，只能识别PROCAR文件。 VASP.4.X以上版本都可以计算输出PROCAR文件，具体方法是需要在INCAR 输入文件中添加并设置关键词LORBIT和/或RWIGS。 如果你使用VASP.4.6以上版本，一个最简单的方法就是在INCAR中添加： LORBIT = 12 如果你设置LORBIT = 2，则还需要设置各个离子类型的RWIGS大小。如果 注意，在VASP.4.X以上VASP.4.2以下的版本中，只能设置LORBIT = 2，因 此要计算轨道就必须要设置RWIGS。 更具体的说明请参见VASP使用手册： http://cms.mpi.univie.ac.at/vasp/vasp/node127.html 2) CONTCAR文件 i. 为了使用方便，必须使用新的CONTCAR文件格式来运行vaspmo程序。如 果你的CONTCAR文件格式是旧的，只需要手工添加一行元素类型信息即可。 具体方法见下。 CONTCAR文件的格式因VASP版本而略有不用。在VASP.5.X以上的版本中， CONTCAR文件多增加了一行，提供了元素类型信息。 下面是新版本的CONTCAR文件示例： ------------------------------------------------------------- Title 1.00000000000000000 5.1475600000000000 0.0000000000000000 0.0000000000000000 0.0000000000000000 12.8688950000000000 0.0000000000000000 0.0000000000000000 0.0000000000000000 30.0000000000000000 C H S Cu 6 4 4 40 Selective dynamics Direct ...... ...... ------------------------------------------------------------- 和旧格式相比，仅仅多出了"C H S Cu"一行。所以，如果你 使用VASP.4.X计算得到的CONTCAR文件，只需手工添加这一行信息即可。 ii. 目前的vaspmo程序要求CONTCAR文件中的坐标格式是分数坐标形式， 即“Direct”。 2. vaspmo使用方法 1) 程序运行的当前目录下必须要有CONTCAR和PROCAR文件。 2) 在命令行运行的命令是： vaspmo [ -o 输出文件名 ] [ -c | --chemcraft ] [ -m | --molekel ] [ -k 正整数|all ] [ -l 原子列表文件名 ] [ -h | --help ] 选项说明： -o 输出文件名 指定输出文件名。默认是VASPMO_K***.g03（当输出Molekel 可识别的格式时），或VASPMO_K***.out（当输出其他软件 可识别的格式时）。 -c --chemcraft 输出Chemcraft、Molden和Gabedit可识别的格式，这也是程序 的默认输出格式。 -m --molekel 输出Molekel可识别的格式。 -k 正整数 指定输出的哪一个K点的所有能级轨道。 -k all 输出所有K点的所有能级轨道。 -l 原子列表文件名 去掉或缩放某些原子的轨道。这些原子和相应的缩放系数是在 一个“原子列表文件”中定义的。 -h --help 显示帮助，然后退出程序。 3) 关于原子列表文件： 有时候我们需要缩放或隐藏（缩放系数为零）个别原子的轨道。为此， 我们首先需要建立一个原子列表文件，在这个文件中我们定义原子的序号 和相应的缩放系数。分行书写，每一行只能包含一次定义，一次定义可以 是如下三种形式中的一种： 原子序号 原子序号 缩放因子 原子序号1 原子序号2 缩放因子 其中原子序号是一个正整数，是该原子在CONTCAR中出现的顺序数。原子序号1 和原子序号2定义的是一群原子，即范围从原子序号1到和原子序号2。因此， 原子序号1必须小于等于原子序号2。缩放因子可以是任何一个数值，取零则意味 着隐藏轨道，去负值则意味着反相。 以上三种定义中，第一种形式是隐藏一个原子的所有轨道，第二种形式是缩放 一个原子的所有轨道，第三种形式是缩放一群原子的所有轨道。 注意事项： 本程序vaspmo导出的分子轨道属于相当*定性*的结果，只提供比较粗糙的物理或 化学图像，不能用于进一步的定量分析或计算。 反馈和建议： 欢迎任何bug报告和改进建议，请发电子邮件至：yangwang2008@gmail.com 你也可以将你的CONTCAR或PROCAR作为附件发送给我。 特别注意：如果你的求助，在你自己仔细阅读在上述的使用说明后都能得到解决， 请恕我拒绝回复。 [ Last edited by yjcmwgk on 2010-6-16 at 21:41 ] FAQ: Q: 为什么在linux下不能编译？执行 gcc -o vaspmo -lm vaspmo.c 的报错如下： ... In function `main': vaspmo.c  .text+0x1130c): undefined reference to `strcmpi'A: 编译出错原因是因为你的编译器没有strcmpi函数。解决方法是，在Linux下先执行： cp vaspmo.c vaspmo.c_0 sed 's/strcmpi/strcmp/g' vaspmo.c_0 > vaspmo.c 然后编译：gcc -o vaspmo -lm vaspmo.c [ Last edited by neweroica on 2012-4-18 at 20:04 ] 版本更新：vaspmo v0.3 请到此贴下载： http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=7641098 [ Last edited by neweroica on 2014-7-10 at 19:11 ] |
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2楼2010-02-04 16:30:37
3楼2010-02-04 17:51:54
4楼2010-02-04 18:21:03
5楼2010-02-04 18:46:50
6楼2010-02-04 21:02:51
7楼2010-02-05 10:58:47
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其实GaussView就有这个功能，见http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=1818606&fpage=0&view=&highlight=&page=1的最后一幅图 |
8楼2010-02-05 17:02:29
10楼2010-04-12 22:33:39
11楼2010-04-13 13:17:09
12楼2010-04-15 13:13:01
13楼2010-04-15 14:37:52
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18楼2010-07-05 22:04:43
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24楼2011-10-18 11:26:29
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27楼2011-11-14 09:23:21
31楼2012-03-26 15:11:25
32楼2012-03-27 09:54:18
38楼2012-08-22 17:22:11
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2010-03-23 09:22
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爱飞雪19楼
2011-03-30 15:39
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