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shwu123

兑换贵宾

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[交流] 【求助/交流】ITS外群

请问做小型丝状真菌的分子鉴定, ITS的外群该如何选择,是不是选择对象不同,鉴定的结果就不同
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1楼 2010-02-03 15:52:31
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85715623

主管区长

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★
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是啊，关键是看相似度最大的是什么类群。
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2楼2010-02-03 21:00:30
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冼亮淀粉酶

无虫

生物大分子降解酶
★ ★
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amisking(金币+1): 2010-02-03 21:23
ITS的外群是什么意思？须知有用的只是转录间隔区。

单凭ITS是不能鉴定到种的，必要结合其它手段，比如生化生理，传统的微生物鉴定方法。
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流星来时我许了个愿，愿我有吃有喝还有舒服的猪圈。讨厌发帖前不搜索论坛重复发帖和仅把论坛当解决问题工具，久不看论坛一来就提问者，宁弃EPI和VIP也不回帖。
3楼2010-02-03 21:08:50
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shwu123

管理员

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不知道呀，是评委提出的
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4楼2010-02-03 21:13:40
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欣晴5832

兑换贵宾

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外类群的选择主要是找亲缘关系近的物种，当然在鉴定物种的时候单凭内转录间隔区是远不够的，需要把所有能用来比较鉴定的特征都用上，才能尽量的准确一点
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5楼2010-02-04 11:11:54
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qqsvery

管理员

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你是用mega做遗传进化分析吗？
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谎言和真实在河边洗澡，谎言先洗好，穿走了真实的衣服，真实却不肯穿谎言的衣服。后来人们眼里只有穿着真实衣服的谎言，却很难接受赤裸裸的真实。
6楼2010-02-05 11:14:44
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shwu123

专家顾问

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我是学化学的.刚开始接触分子生物,请问MEGA是什么,评委说ITS外群选择很重要,我不懂什么意思
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7楼2010-02-05 11:21:07
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shwu123

超级版主

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是的,用Mega3.1软件构建进化树
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8楼2010-02-05 11:22:34
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won7

专家顾问

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外群对构树的拓扑结构是有影响的，特别是对支持率不高的分支有较大影响。一般外群选择的原则是选用一个或几个（常用几个）与你研究的对象在进化或分类上最近的物种，如果没有这样的序列，就选用次远的，或自己测一些最近的物种的序列。你的真菌的分子鉴定，那肯定是要选用一些近缘的物种做外群，否则如何让人相信你做的是丝状真菌，而不是其它的真菌。外群的选择不会对结果鉴定结果产生大的影响，即使拓扑结构有变化。
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9楼2010-02-05 14:28:16
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shwu123

兑换贵宾

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是在哪一步选外群呢,我是外行啊
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10楼2010-02-05 16:06:08
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