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04nylxb木虫 (正式写手)
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[交流]
【求助】请教如何用DMOL3计算有机分子的表面吸附过程？
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att，就比如乙醇在Pd表面的吸附过程。文献里面写着，逐渐少掉H原子，然后吸附构型发生变化，吸附能变化，因此构建出一条反应路径。 俺是新手，看了很多文献，大概有点明白了，但是目前卡壳在第一步，就是如何让一个分子吸附到固体表面？用DMOL3 看到有人说先优化吸附质，和吸附剂，然后将吸附质copy到吸附剂附近，在构建可能的吸附位……但是我优化好乙醇和pd，再将乙醇直接copy到pd.xsd时，位置根本就是不可调的呀…… 优化好表面后，如何加入吸附质？主要是有机氧化物，乙醇、苯酚之类。 还有些反应过程的中间体，如CH3CH3O*这样的，如何和表面连接呢？ 望高人指点一二，不胜感激！ |
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lidaoyong
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04nylxb(金币+5):非常感谢 2010-02-02 08:01
ice_rain(金币+3):谢谢指导 2010-02-02 11:34
04nylxb(金币+5):非常感谢 2010-02-02 08:01
ice_rain(金币+3):谢谢指导 2010-02-02 11:34
| 1 把被吸附原子或分子移到吸附原子的位置附近，注意二者之间的距离调节，优化后看结合能，找到最稳定的位置（能量最小），这步可能需要大量的计算（我们组做石墨烯吸附就是这样的，实验不同的吸附位置，主要找到吸附位置；然后根据成健情况判断是物理还是化学吸附）。2 你的情况很可能是化学吸附，你先去掉被吸附分子的H原子，然后和PD成健，你的问题大概是找哪个H空位的问题即吸附构型的确定。3关于你说的位置不可调的问题，你可以根据优化好的参数直接在吸附模型PD上添加被吸附的分子，注意放分子时的调节要细心。我不是太懂你的方向，可能说的不对，还希望高手指正。 |
2楼2010-02-02 04:32:53
04nylxb
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3楼2010-02-02 08:06:17
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4楼2010-02-02 15:41:10
lidaoyong
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04nylxb(金币+5):非常清楚，呵呵 2010-02-03 09:25
ice_rain(金币+3):谢谢指导 2010-02-03 09:38
04nylxb(金币+5):非常清楚，呵呵 2010-02-03 09:25
ice_rain(金币+3):谢谢指导 2010-02-03 09:38
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1操作过程：选中增加原子按钮，选择元素，弹出一个对话框，输入坐标即可。但是此方法需要精确定位，需要事先计算每个原子的位置，但是此法是比较精确的方法； 2方法二：点击工具栏中的原子按钮，然后点击你吸附位置的原子，按住鼠标左键向上拉，这需要精细调节，很难控制，但是可以在左边的工具栏里进行微调，方法是点击类似小手的按钮，里面有上下左右，旋转的调节按钮。这个方法比较快，关键是细心 不知道说的是否清楚，上网的电脑没安装ms，无法截图，抱歉了，其实摸索几下就能找到窍门。 |
5楼2010-02-02 19:25:05
04nylxb
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ice_rain(金币+1):奖励积极提问 2010-02-07 19:08
ice_rain(金币+1):奖励积极提问 2010-02-07 19:08
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嗯，很清楚，非常感谢，呵呵。 我想一个一个手动加原子是否是适合于小分子的化合物，如CO、H2、NO等，因为第一个原子相对于表面的位置好添加，但是第二个原子以上是否就很难添加了？不仅涉及到长度，还有角度，尤其是角度，该如何添加？因为有时候吸附的都是乙醇、丙酮等稍微大一些的分子。是否有这样的操作：先在一个.xsd文档中构建好吸附质分子，然后拖到构建好的表面上，再调节相对位置？如果这样该如何操作？ 另外一处是，比如吸附质的位置放好了，然后怎么设置，软件才会知道进行吸附计算呢？进而给出优化的吸附位，吸附能？ 非常感谢 |
6楼2010-02-06 11:54:31
04nylxb
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