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【分享】VASP第一原理分子动力学后的RMSD计算-VMD
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前两天发了个求助帖 http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=1816346&fpage=1， 有关vasp BOMD完成后RMSD的计算问题。根据虫友的提示以及网上检索，稍微修改了一个现成的script, print_rmsd_through_time.tcl （见附件），现分享一下，相信有些人还用得到。另外虫友提到了直接用自带插件不用脚本，本人不懂，但感觉即使好用但后续作图可能不方便，所以感觉用脚本还好。 使用方法： 1. 下载脚本后复制到vmd安装目录/scripts/vmd/ 下。（将后缀.txt 去掉，此文件夹下还有其他*.tcl 文件） 2. 运行VMD， VMD中调入XDATCAR 3. 打开 Extensions>Tk conslole，File>Load file >导入print_rmsd_through_time.tcl. 4. 输入命令print_rmsd_through_time 5. 正常结束后，在运行VMD的文件夹下会找到文件rmsd.dat里面含有每一步(frame)的RMSD数据，方便用gnuplot作图。 另外 script可以根据需要修改。尤其是 atomselect 0 all frame 0 一行，这里体系中所有原子都考虑在内（all）。 第一个 0 表示体系的标号（VMD界面中显示的）。 不足之处，还望指教！ |
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6楼2010-01-29 20:03:58