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maomao1210

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[交流] 【讨论】编译器，数学库安装。已有1人参与

经常遇到编译器的安装，以及各种数学库的安装，还有一些常用软件的安装，最基本的能力。呵呵
如果能有个高手把这个总结一下的话，岂不是很好？让大家都来学习一下。
编译器：pgi, ifort,等等
数学库： blas, lapack, atlas, mkl 等等
常用软件就很多了，分子轨道理论方面的，密度泛函方面的，呵呵
希望能有高手给总结一下。让我们都来学习操作操作。
可惜我是一个linux盲，所以只能在这里呼吁了。呵呵。
为了此个项目，我决定拿出我全部的金币做为资助。
pgi 的安装过程，100 金币
ifort 的安装过程，100金币
mpich 的安装过程，100金币
blas+lapack的安装过程，160金币
atlas的安装过程，100金币
mkl的安装过程，100金币
共660金币。
呵呵。总结后，大家都可以来学习一下。
金币就这么多了，所以常用软件的安装就没有金币贡献了，呵呵，等赚了钱再继续来求贤，呵呵。

[ Last edited by maomao1210 on 2010-1-28 at 10:45 ]

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1楼2010-01-28 10:43:18

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zyz1981

至尊木虫 (文坛精英)

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MPICH的安装和配置

MPICH是MPI的一种具体实现。下面以1.2.4版本为例，介绍如何在Linux上安装和配置MPICH，此处采用的操作系统为Red Hat 7.3。

1.下载MPICH软件包

根据需要及机器配置的不同，可从http://www.mcs.anl.gov/mpi/mpich/download.html下载相应的MPICH软件包。此处采用的软件包是mpich-1.2.4.tar.gz。

$ tar xzvf mpich-1.2.4.tar.gz
$ cd mpich-1.2.4

$ ./configure --prefix=/usr/local
$ make

4.测试编译的正确性

$ cd examples/basic/
$ make cpi
$ ../../bin/mpirun -np 4 cpi

若该程序能正确运行，则表明整个MPI软件包的编译是正确的。注意，若在运行测试程序时出现“Permission denied.”的错误信息，可以试着以其它用户或重新登录后再运行该测试程序。

5.安装MPICH软件包

如果测试程序能够正确运行，则表明整个编译过程是正确的，此时就可以通过以下命令的执行来安装MPICH软件 $ cd ../../
$ su -c “make install”

6.权限设置

为了能够在多个不同的机器上运行MPI程序，首先需要其它机器对启动MPI程序的机器放权，即允许启动MPI程序的机器访问其它机器。权限的设置主要有两种方法，一种是在其它所有机器的/etc/hosts.equiv文件中加入启动MPI程序的机器名。例如要在node1这台机器上启动MPI进程，而计算过程中要用到node2和node3两台计算机，则需要在node2和node3机器的/etc/hosts.equiv文件中加入如下一行：

node1

这样就使得node2和node3都允许node1通过rlogin、rsh等命令进行访问。为了使一台机器能够同时运行多个 node1

如果/etc/hosts.equiv文件不存在，则需要先创建该文件。

设置权限的另外一种方法是通过.rhosts文件来实现。具体的做法是对MPI程序运行过程中要用到的所有计算机，在运行该程序账户的Home目录下创建一个.rhosts文件，并在该文件中标明允许哪些机器的哪些账户进行访问。

例如，在node1、node2和node3机器上都有gary这一账号，若要允许node1机器上的gary账号能够分别对nod node1 gary

为了简便起见，最好在每个机器上都建立相同的账户名，使得MPI程序能够在相同的账户下运行。以上的配置都是基于R系列命令的（包括rlogin、rsh、rexec等），这种配置对于一般应用来说已经足够了。但如果并行计算环境要求有相当高的安全性，则应该考虑用SSH来代替R系列命令，具体的做法请参考MPICH的相关文档。

7.主机设置

要使MPI程序启动后能够在多个主机上并行执行，还必须对可用的主机进行设置，相应的配置文件为/usr/local/share/machines.LINUX。编辑该文件，在每一行写上可用的机器名。例如，只要在该文件中添加以下几行：

node1
node2
node3

就可以有3台计算机供MPI使用。

至此，MPICH在一台机器上的安装和配置过程就基本结束。将相同的步骤应用于并行计算环境中其它的计算机后，就可以构造出一个基于MPICH的并行计算平台。

转自：http://www.cnblogs.com/twh/articles/446871.html

[ Last edited by zyz1981 on 2010-1-29 at 14:27 ]