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maomao1210

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[交流] 【讨论】编译器，数学库安装。已有1人参与

经常遇到编译器的安装，以及各种数学库的安装，还有一些常用软件的安装，最基本的能力。呵呵
如果能有个高手把这个总结一下的话，岂不是很好？让大家都来学习一下。
编译器：pgi, ifort,等等
数学库： blas, lapack, atlas, mkl 等等
常用软件就很多了，分子轨道理论方面的，密度泛函方面的，呵呵
希望能有高手给总结一下。让我们都来学习操作操作。
可惜我是一个linux盲，所以只能在这里呼吁了。呵呵。
为了此个项目，我决定拿出我全部的金币做为资助。
pgi 的安装过程，100 金币
ifort 的安装过程，100金币
mpich 的安装过程，100金币
blas+lapack的安装过程，160金币
atlas的安装过程，100金币
mkl的安装过程，100金币
共660金币。
呵呵。总结后，大家都可以来学习一下。
金币就这么多了，所以常用软件的安装就没有金币贡献了，呵呵，等赚了钱再继续来求贤，呵呵。

[ Last edited by maomao1210 on 2010-1-28 at 10:45 ]

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1楼 2010-01-28 10:43:18

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zyz1981

至尊木虫 (文坛精英)

医学物理

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mpich2安装全过程

说明：本系统测试环境为centos4.3，并且以获得mpich2-1.0.5p4.tar.gz软件包。假设你的mpich2-1.0.5p4.tar.gz软件包已经下载到/root/目录下。以root用户登录。要求会使用vi文本编辑器修改文件。下面以四台pc为例。

准备工作：设置IP，更改主机名为node01,node02,node03,node04.

一、创建SSH信任连接（在root目录下）

1、更改/etc/hosts文件
#vi /etc/hosts 打开hosts文件，更改如下：

  127.0.0.1 localhost.localdomain localhost
  node01的IP scc-m(可以不做)
  node01的IP node01
  node02的IP node02
  node03的IP node03
  2、在node01生成SSH秘钥对.
#ssh-keygen -t rsa  一路回车即可
产生.ssh文件,
#ls -a 查看是否有.ssh文件夹

3、进入.ssh目录
#cd .ssh

4、生成authorized_keys文件
#cp id_rsa.pub authorized_keys

5、退出到root目录
#cd ..

6、建立本身的信任连接
#ssh node01    按提示输入yes（三个字母要打全）

7、设置node02（node02的root目录下）
#ssh-keygen -t rsa    生成.ssh文件夹
#scp node01的IP：/root/.ssh/* /root/.ssh 拷贝node01上的.ssh文件夹覆盖本地的
#scp node01的IP：/etc/hosts /etc/hosts    拷贝node01上的hosts文件覆盖本地的
#ssh node01  提示处输入yes回车

设置node03的方法与node02相同

8、确认3台机器的信任连接已建立
对每个节点执行：
#ssh node01
#ssh node02
#ssh node03
  在提示处输入yes回车，最后确定无需输入密码并且没有任何提示信息即可登陆（"Last login:时间日期"提示信息除外）

二、安装MPICH2(在节点root目录下)

1、解压缩
#tar -zxvf mpich2-1.0.1.tar.gz
或者 #gunzip -c mpich2-1.0.1.tar.gz|tar xf mpich2-1.0.1.tar

2、创建安装目录
#mkdir /usr/MPICH-instsll

3、进入mpich2解压目录
#cd mpich2-1.0.1

4、设置安装目录
#./configure --prefix=/usr/MPICH-install

5、编译
#make

6、安装
#make install

7、退出到root目录
#cd ..

8、通过编辑.bashrc文件修改环境变量
#vi .bashrc
修改后的.bashrc文件如下：

# .bashrc

# User specific aliases and functions
  PATH="$PATH:/usr/MPICH-install/bin" 新增加的

#Source .bashrc

9、测试环境变量设置
#which mpd
#which mpicc
#which mpiexec
#which mpirun

10、修改/etc/mpd.conf文件，内容为secretword=myword
#vi /etc/mpd.conf

设置文件读取权限和修改时间
#touch /etc/mpd.conf
#chmod 600 /etc/mpd.conf

11、创建主机名称集合文件/root/mpd.hosts
#vi mpd.hosts

文件内容如下：
node01
node02
node03
三、测试

1、本地测试
#mpd & 启动
#mpdtrace 观看启动机器
#mpdallexit 退出

2、通过mpd.hosts运行集群系统
#mpdboot -n number -f mpd.hosts       number为要起动的机器个数
#mpdtrace
#mpdallexit

3、测试运行MPICH的例子程序
#mpdboot -n 4 -f mpd.hosts 启动4台机器
#mpiexec -n number /usr/MPICH-install/examples/cpi    number为使用的进程数
#mpdallexit

4、如果测试不能通过，请进行第四步

四、问题解决

1、通过mpdcheck获得一写帮助信息
#mpdcheck -pc

2、查错
#mpdcheck -l

3、通过mpd.hosts文件查错
#mpdcheck -f mpd.hosts  如果无错误
#mpdcheck -f mpd.hosts  -ssh

4、如果上述无错误，可略过此步
对任意两台机器进行查错
m1: #mpdcheck -s  输出主机名host和端口port
m2: #mpdcheck -c host port

注意：以上四步都是在没有运行mpd的情况下进行的

5、mpd查错
m1: #mpd -e & 返回使用的端口
m2: #mpd -h m1 -p echoed_port_m1 &

转自：http://www.xxlinux.com/linux/art ... /20070514/8413.html