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maomao1210

金虫 (正式写手)

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[交流] 【讨论】编译器，数学库安装。已有1人参与

经常遇到编译器的安装，以及各种数学库的安装，还有一些常用软件的安装，最基本的能力。呵呵
如果能有个高手把这个总结一下的话，岂不是很好？让大家都来学习一下。
编译器：pgi, ifort,等等
数学库： blas, lapack, atlas, mkl 等等
常用软件就很多了，分子轨道理论方面的，密度泛函方面的，呵呵
希望能有高手给总结一下。让我们都来学习操作操作。
可惜我是一个linux盲，所以只能在这里呼吁了。呵呵。
为了此个项目，我决定拿出我全部的金币做为资助。
pgi 的安装过程，100 金币
ifort 的安装过程，100金币
mpich 的安装过程，100金币
blas+lapack的安装过程，160金币
atlas的安装过程，100金币
mkl的安装过程，100金币
共660金币。
呵呵。总结后，大家都可以来学习一下。
金币就这么多了，所以常用软件的安装就没有金币贡献了，呵呵，等赚了钱再继续来求贤，呵呵。

[ Last edited by maomao1210 on 2010-1-28 at 10:45 ]

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1楼 2010-01-28 10:43:18

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zyz1981

至尊木虫 (文坛精英)

医学物理

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GeoCluster 2.1和PGI的安装

　　说明：此套geocluster 2100软件来源于一个已经成功安装的拷贝，解压后需要修改一些文件名，以及一些文件中的参数。

一、准备工作：
　　建立新组geovect，组号为1000。
　　userdel cgg 删除建立有些问题的用户cgg
　　useradd -d /home/cgg/ -g 1000 -u 129 -s /bin/csh cgg
　　useradd -d /home/cgg/ -g 1000 -u 129 -s /bin/csh cgg
　　passwd cgg
　　参数来源于原来Unix系统。
　　之后，可以查看/etc/passwd和/etc/shadow。

二、解压压缩包：
　　此软件包以tar形式存在，文件名为/sw/cgg2100.tar
　　解压后产生两个文件：gct21.tar.Z和pgi4_zmtar.gz。分别为geovecteur软件和PGI集群并行处理管理软件。
　　分别解压：
　　tar xzvf gct21.tar.Z
　　gunzip pgi4_zm.tar
　　并把针对ibm01的许可文件cgg1.dat和pgi1.dat拷贝到相应目录并改名:
　　其中cgg1.dat拷贝为/cgg/license/license.dat。
　　其中pgi1.dat拷贝为/usr/local/flexlm72/license.dat。
　　许可文件中的mac地址与ifconfig命令显示的内容一致，而不是与hostid命令显示的内容一致。
三、安装PGI:
　　installcdk
　　accept
　　1
　　y
　　安装路径选择为 /usr/pgi （缺省设置）
　　之后，出现一个主机列表编辑环境，加入主机名ibm01。
　　在/etc/hosts.equiv中加入ibm01一行。
　　在/root/.rhosts中加入ibm01一行。
　　正常情况下，进入到/usr/pgi/linux86中可见mpirun。

四、调整和修改geovecteur的有关参数：
　　主要过程是要以cgg的身份执行的，但有些修改文件属性的操作等需要用root身份。
　　cd /sw/gct21
　　chgrp -R geovect /sw/gct21
　　ln -s /cgg/jobmgr /cgg/jobmgr_2100
　　cd /cgg/jobmgr/data
　　在此修改一些文件后缀为主机名ibm01。
　　gvr_tapedrives.ibm01
　　logd.acct.ibm01
　　logd.config.ibm01
　　logd.config.ibm01-15
　　logd.config.ibm01-30
　　logd.config.ibm01.ascii
　　logd.log.ibm01
　　修改一些文件的内容，修改前把要改的文件备份，建议备份文件名以old_开头。
　　1，修改clu30.descr，在其中加上ibm01  #rshmaster一行。
　　2，修改clu30_env，修改为如下内容：
　　3，setenv LM_LICENSE_FILE 2700@ibm01:7496@ibm01
　　 setenv CLUSTER_DESCR /cgg/jobmgr/data/clu30.descr
　　 setenv CLUSTER_SCR /scr
　　其中，第一行中的2700根据/cgg/license/license.dat中第一行得来；7496根据pgi1.dat中得来，称作断口号/通道号。
　　4，修改ddam.config为以下内容：
　　　　#
　　　　# This section gives info about the mag types as known by geovecteur
　　　　#
　　　　
　　　　*mag0  :  File　　 spool　　  STG1-format file
　　　　*mag40 :  Stg2_File  spool　　  STG2-format file
　　　　
　　　　*mag1  :  Mag800　　 spool　　  9-track round tape, density=800bpi
　　　　*mag2  :  Mag1600　　spool　　  9-track round tape, density=1600bpi
　　　　*mag3  :  Mag6200　　spool　　  9-track round tape, density=6250bpi

　　　　*mag4  :  Car200　　 spool　　  3480 cartridge, 200Mbyte capacity
　　　　*mag5  :  Exa2Gb nospool　　  Exabyte 8200 8mm cartridge, 2Gbyte capacity
　　　　*mag6  :  Exa5Gb nospool　　  Exabyte 8500 8mm cartridge, 5Gbyte capacity

　　　　*mag8  :  Car400　　 spool　　  3490 drive + 3480  media = 400Mbyte capacity
　　　　*mag9  :  Car800　　 spool　　  3490 drive + 3490  media = 800Mbyte capacity
　　　　*mag10 :  Car250　　 spool　　  3480 drive + 3480L media = 250Mbyte capacity
　　　　*mag11 :  Car500　　 spool　　  3490 drive + 3480L media = 500Mbyte capacity
　　　　*mag20 :  IBM30Gb　　spool　　  3590 cartridge, 30Gbyte capacity
　　　　*mag13 :  NTP10Gb  nospool　　  3590 cartridge, 10Gbyte capacity
　　　　*mag12 :  DLT20Gb  nospool　　  DLT4000 + DLTTapeIV, native = 20Gbyte capacity
　　　　*mag14 :  DLT35Gb  nospool　　  DLT7000 + DLTTapeIV, native = 35Gbyte capacity
　　　　*mag19 :  DLT40Gb  nospool　　  DLT8000 + DLTTapeIV, native = 40Gbyte capacity
　　　　*mag15 :  3590　　 spool　　  Gvt-segmented 3590;  10 x 0.8Gb segments = 10Gb
　　　　*mag16 :  3590　　 spool　　  Gvt-segmented 3590; 5 x 1.6Gb segments = 10Gb
　　　　*mag17 :  3590　　 spool　　  Gvt-segmented 3590E; 20 x 0.8Gb segments = 20Gb
　　　　*mag18 :  3590　　 spool　　  Gvt-segmented 3590E; 10 x 1.6Gb segments = 20Gb

　　　　#
　　　　# This section tells dscand what are the DataSources
　　　　#

　　　　dscand*source : Stage0　　ibm01　　 TY_STG ibm01　　 /stage0
　　　　dscand*source : Stage0F　　ibm01　　TY_FLE ibm01　　 /stage0

　　　　dscand*source : AVRdrives ibm01　　 TY_AVR ibm01　　/tmp

　　　　最后三行为修改后内容。
　　5，修改lin.env为以下内容：
　　　　setenv LM_LICENSE_FILE 2700@ibm01:7496@ibm01

　　6，修改Net_list为以下内容：
　　　　NODES　　  NETWORK  FMT
　　　　123456789012345678901234567890
　　　　LOCAL　　  LOCAL IEEE
　　　　ibm01　　  TCPIP IEEE
　　　　头三行为说明性文字，每列字符开始列数固定。
　　7，修改/cgg/jobmgr/init/gvt_login中的下列内容：
　　　　#================= SITE DEPENDANT PART 1  =========================#
　　　　#-----> Adapt the following variables to your own site :
　　　　setenv  gvr_root  /cgg　　　　 # Root for Geocluster installation  #
　　　　setenv  proj_root /proj　　　　# Project root directory　　　　　　#
　　　　setenv  LOGGER　　ibm01　　　　# Name of the logger machine　　　　#
　　　　setenv  SITE　　  JLWT　 # JobManager site name (no space allowed) #
　　　　setenv LM_LICENSE_FILE 7496@ibm01:/cgg/license/license.dat
　　　　其中，SITE可以通过查看/cgg/license/license.dat许可得来。
　　8,修改/cgg/license/license.dat中的VENDOR一行为：
　　　　VENDOR cggflexd /sw/gct21/others_2100/FLEXLM72_2100/i86_r6/cggflexd
　　9，创建链文件：
　　　　ln -s /usr/pgi /PGI 以匹配gvt_login中的setenv PGI /PGI一行。
　　10，把/cgg/jobmgr/init/下的gvt_cshrc和gvt_login分别拷贝为/home/cgg下的.cshrc和.login。
　　11，修改/usr/local/flexlm72/license.dat中的DAEMON一行为：
　　　　DAEMON pgroupd /PGI/linux86/bin/pgroupd
　　12，在/PGI/linux86/share中建立文件：machines.LINUX，在其中添加：
　　　　imb01:2
　　　　并行处理时使用，其中2为CPU的个数，也可以理解为线程的个数。
　　13，在/home下建一组目录：
　　　　spool1 local1 scr1
　　　　并把如下目录的主人改为geovect中的cgg。
　　　　chown -R cgg:geovect cgg local1 proj scr1 spool1 stage0
　　　　做链：
　　　　ln -s /home/scr1 /scr1
　　　　ln -s /home/spool1 /spool1
　　　　ln -s /home/local1 /local1
　　14，修改/etc/rc.local为：
　　　　#!/bin/sh
　　　　#
　　　　# This script will be executed *after* all the other init scripts.
　　　　# You can put your own initialization stuff in here if you don't
　　　　# want to do the full Sys V style init stuff.
　　　　  /usr/local/flexlm72/lmgrd -c /usr/local/flexlm72/license.dat >/tmp/pgi.err
　　　　  /sw/gct21/others_2100/FLEXLM72_2100/i86_r6/lmgrd -c
　　　　　　　　/cgg/license/license.dat >/tmp/cgg.err
　　　　  touch /var/lock/subsys/local
　　　　倒数第二三行为增加内容。
　　15，修改/cgg/jogmgr/admin/gvrsetaccess的属主为cgg:geovect，属性为777。
　　16，建/proj/9000/1006400，作为默认工区目录。
　　17，拷贝/tcl-2000/bin/.gvtProject到/proj/9000/1006400
　　　　修改其中的*Level一行为2100；
　　　　Geovecteur*Home一行为ibm01:/proj/9000/1006400
　　18，通过lmklog定义SITE等。
　　19，配置sysctl.conf文件。
　　　　增加如下一行：
　　　　set shmsys:shminfo-sharemem...
　

转自：http://zetabeta.bokee.com/2373343.html