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maomao1210金虫 (正式写手)
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[交流]
【讨论】编译器，数学库安装。已有1人参与
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经常遇到编译器的安装，以及各种数学库的安装，还有一些常用软件的安装，最基本的能力。呵呵 如果能有个高手把这个总结一下的话，岂不是很好？让大家都来学习一下。 编译器：pgi, ifort,等等 数学库： blas, lapack, atlas, mkl 等等 常用软件就很多了，分子轨道理论方面的，密度泛函方面的，呵呵 希望能有高手给总结一下。让我们都来学习操作操作。 可惜我是一个linux盲，所以只能在这里呼吁了。呵呵。 为了此个项目，我决定拿出我全部的金币做为资助。 pgi 的安装过程，100 金币 ifort 的安装过程，100金币 mpich 的安装过程，100金币 blas+lapack的安装过程，160金币 atlas的安装过程，100金币 mkl的安装过程，100金币 共660金币。 呵呵。总结后，大家都可以来学习一下。 金币就这么多了，所以常用软件的安装就没有金币贡献了，呵呵，等赚了钱再继续来求贤，呵呵。 [ Last edited by maomao1210 on 2010-1-28 at 10:45 ] |
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wuchenwf
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余泽成(金币+5):替楼主谢谢wuchenwf斑斑！ 2010-01-29 13:42
余泽成(金币+5):替楼主谢谢wuchenwf斑斑！ 2010-01-29 13:42
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楼主为了大家散尽金币，太伟大了。 不过，网上教程很多的，为什么要单独散了这么多金币呢。 我转载了一个帖子http://lwg2001s.javaeye.com/blog/278945 这个是基于Ubuntu6.06写的帖子，其它系统基本上也适用。我实际做过，一般的集群组建、并行或者是单机按照这个帖子来完全没有问题。金币吗，楼主自己也没有多少了就不用给了，呵呵 Ubuntu 6.06安装MPICH（采用基于密钥的ssh认证） 关键字: ubuntu, ssh, authorized, rsa 1.linux安装 采用ubuntu 6.06.1 LTS 版本。 2.创建NFS服务 sudo apt-get install nfs-common nfs-kernel-server 在服务器节点/home目录下建立mpi目录，并将其设置成NFS服务器，在/etc/exports 文件中加入一行： /home/mpi node1(rw) node2(rw) 在客户端节点的/etc/fstab文件中增加一行： node1:/home/mpi /home/mpi nfs rw,bg,soft 0 0 将/home/mpi这个目录从服务器节点输出，并装载在各客户端的/home/mpi目录下，从而便于在各节点间分 发任务. 3.修改/etc/hosts文件，将所有节点名称极其ip地址填入。例如： 127.0.0.1 localhost.localdomain localhost 219.242.255.161 node1 219.242.255.162 node2 ...................... 每个节点都进行类似的设置。这样做的目的是使节点之间能够通过node1 ... noden的名 称相互访问。你能通过ping noden 或 ssh noden进行测试。 4.安装设置ssh sudo apt-get install openssh-client openssh-server 以设定的用于启动mpi计算的用户登录，运行 ssh-keygen -t rsa #对于所有提示直接回车即可 这将生成一个密钥对，分别存放在~/.ssh/id_rsa和~/.ssh/id_rsa.pub文件内。 然后进行访问授权，运行： cp ~/.ssh/id_rsa.pub ~/.ssh/authorized_keys chmod go-rwx ~/.ssh/authorized_keys ssh-agent $SHELL ssh-add 在每个节点重复一遍。收集所有节点下的authorized_keys文件，合并为一个authorized_keys，然后再分发到每个节点的$HOME/.ssh目录下去。 试着在某一节点上登录所有节点（包含自身），ssh noden，则在$HOME/.ssh/下生成一个名为known_hosts的文件，里面放着访问该主机的身份指纹，也在各个节点上将known_hosts文件作同样的拷贝。 以上的目的是使各节点相互之间访问无需输入密码。 5.开启各项必需的服务 ssh nfsd networking 6.在各节点编译、安装mpich2.(详情参考安装文件) ./configure --prefix=/usr/local make make install 7.设置 在$HOME目录下执行 touch ~/.mpd.conf 在里面输入 secretword= #为任意你所想填写的字符串，如"mysecret" 再执行 chmod 600 ~/.mpd.conf 编写一个mpd.hosts文件，内容如下： node1 #集群中各节点名,一行一个 node2 ...... 8.测试安装是否正确 mpdboot -n number -f mpd.hosts #number为要启动的节点数，mpd.hosts为包含机器名的文件 mpdtrace #查看已启动的节点 mpdallexit #所有节点退出 拷贝/usr/local/share/examples_graphics 下的用例到其他目录，编译cpi.c: mpicc -o cpi cpi.c 再执行： mpdboot -n 2 -f mpd.hosts mpiexec -n 2 cpi 将会获得如下信息 Process 0 on node1 Process 1 on node2 .................. 单机上模拟多节点能用如下方式： mpd& #启动mpi任务管理服务,只启动本节点的mpd mpiexec -n 2 cpi 如果都能正常运行即证实集群环境安装成功。 [ Last edited by wuchenwf on 2010-1-29 at 09:46 ] |
12楼2010-01-29 09:45:25
亲核取代
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