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sunzhiguo

金虫 (正式写手)

[交流] 【求助】请大侠进来看看高斯输入文件

我是从MS中构建分子筛模型，export成pdb格式文件，在Gview转换成gjf文件，用G03打开后如下，不能计算，请问是什么原因，怎么解决?
%chk=E:\8T.chk
# hf/3-21g geom=connectivity

8t

0 1
Si(PDBName=Si4,ResName=MOL,ResNum=2)                 12.45700000    8.69600000    6.33400000
Si(PDBName=Si5,ResName=MOL,ResNum=2)                 11.43800000    9.40800000    9.17400000
Si(PDBName=Si6,ResName=MOL,ResNum=2)                 13.74300000    8.77600000   11.08400000
Si(PDBName=Si11,ResName=MOL,ResNum=2)                11.42100000   12.54400000    9.12700000
O(PDBName=O16,ResName=MOL,ResNum=2)                  11.95100000    8.73400000    7.83700000
O(PDBName=O17,ResName=MOL,ResNum=2)                  12.31200000    8.87300000   10.38900000
O(PDBName=O26,ResName=MOL,ResNum=2)                  11.54900000   10.98200000    9.05900000
O(PDBName=O33,ResName=MOL,ResNum=2)                   9.93100000    9.10400000    9.47300000
Si(PDBName=Si1,ResName=MOL,ResNum=2)                  8.45700000    8.82500000    8.88700000
Si(PDBName=Si2,ResName=MOL,ResNum=2)                  6.15000000    9.39800000   10.85000000
O(PDBName=O13,ResName=MOL,ResNum=2)                   7.46000000    8.88700000   10.11500000
O(PDBName=O27,ResName=MOL,ResNum=2)                   8.33100000    7.41000000    8.16900000
O(PDBName=O28,ResName=MOL,ResNum=2)                   8.18100000    9.98300000    7.84800000
Si(PDBName=Si4,ResName=MOL,ResNum=2)                  7.56500000   11.20300000    7.04900000
Si(PDBName=Si10,ResName=MOL,ResNum=2)                 7.59700000    6.50500000    7.09000000
H(PDBName=H,ResName=MOL,ResNum=2)                    11.42300000    7.95800000    5.46300000
H(PDBName=H,ResName=MOL,ResNum=2)                    13.80700000    7.95800000    6.26500000
H(PDBName=H,ResName=MOL,ResNum=2)                    12.63100000   10.13600000    5.81500000
H(PDBName=H,ResName=MOL,ResNum=2)                    14.71300000    8.02000000   10.15600000
H(PDBName=H,ResName=MOL,ResNum=2)                    13.61600000    8.02000000   12.41900000
H(PDBName=H,ResName=MOL,ResNum=2)                    14.28400000   10.19400000   11.34600000
H(PDBName=H,ResName=MOL,ResNum=2)                    10.12400000   12.98400000    8.42400000
H(PDBName=H,ResName=MOL,ResNum=2)                    12.63000000   13.18900000    8.42400000
H(PDBName=H,ResName=MOL,ResNum=2)                    11.38500000   12.99200000   10.60000000
H(PDBName=H,ResName=MOL,ResNum=2)                     6.13700000    8.87600000   12.29800000
H(PDBName=H,ResName=MOL,ResNum=2)                     4.90700000    8.87600000   10.10500000
H(PDBName=H,ResName=MOL,ResNum=2)                     6.13400000   10.93800000   10.85900000
H(PDBName=H,ResName=MOL,ResNum=2)                     6.40800000   10.70400000    6.16300000
H(PDBName=H,ResName=MOL,ResNum=2)                     8.65300000   11.83800000    6.16300000
H(PDBName=H,ResName=MOL,ResNum=2)                     7.03500000   12.25300000    8.04300000
H(PDBName=H,ResName=MOL,ResNum=2)                     6.55300000    5.61600000    7.79100000
H(PDBName=H,ResName=MOL,ResNum=2)                     8.63200000    5.61600000    6.37600000
H(PDBName=H,ResName=MOL,ResNum=2)                     6.89400000    7.40500000    6.05700000

1 16 1.0 17 1.0 5 2.0 18 1.0
2 5 2.0 6 2.0 7 2.0 8 2.0
3 20 1.0 6 2.0 19 1.0 21 1.0
4 22 1.0 23 1.0 7 2.0 24 1.0
5
6
7
8 9 2.0
9 11 2.0 12 2.0 13 2.0
10 11 2.0 25 1.0 26 1.0 27 1.0
11
12 15 2.0
13 14 2.0
14 28 1.0 30 1.0 29 1.0
15 31 1.0 33 1.0 32 1.0
16
17
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1楼 2010-01-27 15:31:33
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jiewei

专家顾问 (著名写手)

小才
%chk=E:\8T.chk ？win 还是 linux ？ 如果linux的话这前面显然错了嘛
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我想做个科学家，可我又喜欢写诗；我想做一个诗人，可我却读的理工科..
2楼2010-01-27 16:45:10
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qzhaosdu

金虫 (著名写手)
sunzhiguo(金币+1): 2010-01-29 09:04
格式不对？元素符号后面括号里的内容是MS文件里带着的吗？你把那些括号全删了再试试看？
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Anewday,anewhour,anewminute,anewpeople.
3楼2010-01-27 16:54:39
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yjcmwgk

禁虫 (文坛精英)

密度泛函·小卒

优秀版主
(PDBName=Si4,ResName=MOL,ResNum=2)
这种标示全部删除
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4楼2010-01-27 21:44:03
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sunzhiguo

金虫 (正式写手)
是MS中带的，除了删除，有没有其他方法直接转化成标准的输入文件？
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5楼2010-01-29 09:06:15
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lwei7336

木虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
转成mol格式试试，再用gv打开
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6楼2010-02-05 10:06:48
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ybyygu

铁杆木虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
Si(PDBName=Si4,ResName=MOL,ResNum=2)
括号里的没见过, 是g09新加的吧. g03不认也正常
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7楼2010-02-05 17:37:01
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tsihu

捐助贵宾 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
可以用hyperchem画好结构，初步优化一下存为ent格式，再用Gaussianview转化成gjf格式，然后用Gaussian程序读入，就可以算了。
赞一下(1人) 回复此楼
我思故我为
8楼2010-02-12 13:53:01
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sandycug

金虫 (小有名气)
用molden直接存成xyz格式
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9楼2010-02-16 18:17:08
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