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波澜不惊

铁虫 (初入文坛)

[交流] 【求助/交流】已知一段基因的保守序列，如何获得两端，而得到全长序列？请达人指教。�

那保守序列不是cDNA，不知道能不能用RACE的方法做？这个植物的全基因组的测序已经完成，能不能通过分析上下游一定长度的序列，确定启动子和终止子，来克隆这个基因呢？
我刚做，可能问题有点小白。见谅！呵呵
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1楼 2010-01-26 09:56:46
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jasco

木虫 (正式写手)
★ ★
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司马诸葛(金币+1): 1-26 10:58
首先明确你是要完整的cDNA序列，还是完整的ORF序列，
已知序列先blast就知道是基因组还是cDNA序列了，
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2楼2010-01-26 10:49:18
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yujiaping1

木虫 (著名写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
是这样的，你首先得到的是保守序列，那就和相关物种的该基因比对一下（cADN），确定这段序列是否包含于cDNA，或者获得包含于cDNA的一部分，就可以做RACE了，用包含于cDNA的保守序列设计3‘RACE和5’RACE引物，扩增片段是否重叠都不要紧，最后将三段拼接成cDNA全长，用ORF分析，即可获得开放阅读框

完成全基因组测序可以分析出启动子和终止子，但是无法剔除内含子，可以用核酸序列和蛋白质序列同时比对，分析剔除内含子，但是不保证完全正确，需要一些生物信息学知识，我也知道的不多
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3楼2010-01-26 12:53:28
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gastrodia

金虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
保守序列？你可以根据此保守序列设计引物以cDNA为模板进行扩增，将所得条带送去测序进行验证，如果是，根据扩出来的cDNA设计5‘和3'RACE的引物，或者分析上下游一定长度的序列，确定启动子和终止子，来克隆这个基因
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4楼2010-01-26 14:36:26
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grxx_wj

★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
以上大家 说得很好  但是楼主  我要说的是 如果你只做网上比对 拼接 是达不到目的的，因为电子拼接 是允许错误的 也就是 你能拼上 但不准确 只有实验 扩增全长 才可以算上一个结果 但是可以与网上做个比较  也就是说 你只是为了毕业 就电子拼接 想做点东西 就做实验  如果你是博士 老板有钱 建议还是送到公司 做 扩全长 （RACE）一条也就1000左右  省时间 我师弟就拿去公司做的 很方便
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5楼2010-01-27 09:39:46
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波澜不惊

铁虫 (初入文坛)
十分感谢各位的解答！
那我现在就是可以从两个方面着手。
一个是，分析下现在已有的序列中哪些包含于cDNA中，然后就可以设计引物通过3‘  5’RACE 来获得我要克隆的基因的cDNA.
另一个是，分析上下游序列，确定启动子和终止子，来克隆这个基因全长。包含内含子。
对吗？？
再请教一下4楼，如果送到公司做，我都需要提供什么？能拿到什么结果？
再次感谢!
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6楼2010-01-27 11:59:46
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我是懒人

铁虫 (初入文坛)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
我是小白，难道保守序列还有很多种么？
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7楼2010-01-28 02:31:11
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jAnmee

银虫 (正式写手)
各位达人真厉害…
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国荣，家驹，MJ，为什么我喜欢的恩都死了。。。。
8楼2010-01-28 03:44:55
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