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neweroica

木虫 (著名写手)

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[资源] 【neweroica个人文集】原创程序 vaspmo (v0.0) ――可视化VASP的分子轨道

注意：

程序在转换坐标时会有错误！这个bug已经在即将发布的新版本v0.1里更正。

最新消息：

明后天将推出vaspmo v0.1版，届时大家可以又任何轨道可视化软件来绘制VASP计算的轨道。

我先把Chemcraft和GaussView可视化VASP轨道的效果图贴上来（见附件中新添的两张图片。）

终于弄成功了！！！

现在我们可以用Molekel来绘制VASP计算的分子轨道了！

这个想法是我不久前产生的（详见  http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=1787325 ）：

VASP可以把波函数分解成中心在各个原子的原子轨道（在INCAR中使用LORBIT =2或LORBIT =12），于是我们就能得到近似的分子轨道。轨道系数保存在PROCAR文件中。于是我就有了一个想法：将PROCAR文件转化成Molekel能读的文件格式，这样我们就能可视化VASP投影出的分子轨道了！

现在，我终于写好了整个程序，取名为vaspmo。目前适用于周期表中原子序数从1到83的元素（La系元素除外）。可将任何K点的所有能带对应的晶体轨道全部转换出来。

在Linux下编译使用如下命令：
gcc -o vaspmo -lm vaspmo.c

在Windows下可以使用任何C或C++编译器编译（因为我用标准C编写的）。
当然，附件中也附带了我在Windows下编译好来的vaspmo.exe可执行文件。

使用方法，在VASP计算输出的目录下（必须有PROCAR和CONTCAR文件）执行Ñ
./vaspmo
然后按照程序提示输入第几个K点即可。

程序输出示例如下：

vaspmo v0.0 --  Written by ...

Use "vaspmo -h" for help and more information.

Information obtained from CONTCAR:
There are 54 atoms, 4 ion types:
      6 C atoms
      4 H atoms
      4 S atoms
      40 Cu atoms
Lattice vectors (Cartesian, in Angstrom):
         5.147560          0.000000          0.000000
         0.000000          12.868895          0.000000
         0.000000          0.000000          30.000000

Cartesian coordinates have been written into VASPMO.g03.

Basis sets information has been written into VASPMO.g03.

Information obtained from PROCAR:
There are 5 k-points and 320 bands.

Please choose k-point # (1-5):1

Reading phase factors from PROCAR...
################################################################
Done.

程序结束后就生成VASPMO.g03文件，用Molekel打开就能可视化分子轨道。

具体注意事项见README.txt或源文件的开头部分。

如果你在发表文章或做报告时用到了我的这个vaspmo程序，敬请注明。

有任何建议或bug，请email我（地址在程序里）。

附图是我用Molekel画的VASP计算得到的分子轨道：
1. 苯分子的HOMO和LUMO
2. 吸附在金属表面的分子与金属的一条成键轨道。

[ Last edited by yjcmwgk on 2010-6-16 at 21:41 ]

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