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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Siesta&Smeagol&Atk » 【求助】吸附的分子又分解了，而且还不收敛，郁闷了，到底哪里错了
南方科技大学公共卫生及应急管理学院2025级博士研究生招生报考通知
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fanchen021

铁杆木虫 (正式写手)
★
ice_rain(金币+1):谢谢分享 1-27 18:28
给你简单生成了个VASP的POSCAR格式的坐标，你可以稍微改下。另外你这个分子比较大，3×3的表面可能有点小，lateral interaction 影响会比较大。
Au C N C H C H C H C H C N O
   1.000000000000000
   7.492315513494470  -4.325690378569650   0.000000000000001
   0.000000000000000   8.651380757139290   0.000000000000000
  -0.000000000000000   0.000000000000000  14.354607602836101
   18   1   1   1   1   1   1   2   1   1   1   1   1   2
Selective dynamics
Direct
   0.222074071569498   0.111037035784749   0.000000000000000   T   T   T
   0.333185182680609   0.333259258006971   0.164031485080153   T   T   T
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   0.666518516013942   0.333259258006971   0.164031485080153   T   T   T
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   0.999851849347275   0.333259258006971   0.164031485080153   T   T   T
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   0.666518516013942   0.666592591340304   0.164031485080153   T   T   T
   0.888740738236165   0.444370369118082   0.000000000000000   T   T   T
   0.999851849347275   0.666592591340304   0.164031485080153   T   T   T
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   0.555407404902831   0.777703702451416  -0.000000000000000   T   T   T
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   0.664903131083540   0.894343030402537   0.309300780959424   T   T   T
   0.676771031510386   0.651546923623279   0.309284982668288   T   T   T
   0.820831391286255   0.719450129928511   0.309836898562867   T   T   T
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   0.391295558854277   0.376766522746398   0.308146388321157   T   T   T
   0.315134421487918   0.232698231750831   0.307822160129361   T   T   T
   0.303269720279069   0.475494097167495   0.307844639715022   T   T   T
   0.159206174090524   0.407591145132435   0.307286040924886   T   T   T
   0.401999974129583   0.662250183259506   0.308255045526763   T   T   T
   0.672992630817064   0.358304159781186   0.309192890934224   T   T   T
   0.587651430980534   0.196889254717610   0.308829959865763   T   T   T
   0.834397114682275   0.434368304899188   0.309820443162921   T   T   T
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11楼2010-01-27 16:08:03
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minmin_0082003

金虫 (正式写手)

莫愁莫愁
引用回帖:
Originally posted by fanchen021 at 2010-01-27 16:02:02:
分子构型没错的话，根据化学直觉，你这个分子吸附的时候应该平躺在表面，就是六元环和表面平行，而且O原子和表面形成化学键的可能性比较大

这个我没试过，这个已经有人做过了，的确是竖着的。我只是修改了一下对位的取代基...
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12楼2010-01-28 09:30:05
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minmin_0082003

金虫 (正式写手)

莫愁莫愁
引用回帖:
Originally posted by fanchen021 at 2010-01-27 16:08:03:
给你简单生成了个VASP的POSCAR格式的坐标，你可以稍微改下。另外你这个分子比较大，3×3的表面可能有点小，lateral interaction 影响会比较大。
Au C N C H C H C H C H C N O
   1.000000000000000
   7.492 ...

非常感谢你，但是有点看不懂，我试试用4X4的做做看看。
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13楼2010-01-28 09:31:22
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minmin_0082003

金虫 (正式写手)

莫愁莫愁
引用回帖:
Originally posted by fanchen021 at 2010-01-27 16:08:03:
给你简单生成了个VASP的POSCAR格式的坐标，你可以稍微改下。另外你这个分子比较大，3×3的表面可能有点小，lateral interaction 影响会比较大。
Au C N C H C H C H C H C N O
   1.000000000000000
   7.492 ...

Hi，请问，建立MS的时候会出现类似的一行
PBC 5.7676  2.8838   17.3576   90    90   120（P1）
该如何转换成lattice vector的形式呢？
我转换成
Lattice constant 2.8838 ang
Latticeparameters 2 1 6 90 90 120
前面有人回帖说可能是这个的错误。转换成vector会比较好？
请问该如何转换呢？不胜感激
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14楼2010-01-28 09:43:02
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minmin_0082003

金虫 (正式写手)

莫愁莫愁
引用回帖:
Originally posted by hyb99 at 2010-01-27 10:45:43:
这个问题有可能是晶格矢量的设置问题

我看你在输入文件中是用Latticeparameters，siesta会根据6个参数自动生成晶格，但是这个晶格可能与你想要的晶格不一样（有旋转）。这种情况下最好要用内坐标，这样不会搞错 ...

Hi，请问，建立MS的时候会出现类似的一行
PBC 5.7676  2.8838   17.3576   90    90   120（P1）
该如何转换成lattice vector的形式呢？
我转换成
Lattice constant 2.8838 ang
Latticeparameters 2 1 6 90 90 120

请问该如何转换成vector呢？不胜感激
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15楼2010-01-28 10:48:02
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hyb99

金虫 (初入文坛)
★ ★ ★ ★ ★
aylayl08(金币+5):谢谢指点 2010-01-28 14:29
引用回帖:
Originally posted by minmin_0082003 at 2010-01-28 09:43:02:

Hi，请问，建立MS的时候会出现类似的一行
PBC 5.7676  2.8838   17.3576   90    90   120（P1）
该如何转换成lattice vector的形式呢？
我转换成
Lattice constant 2.8838 ang
Latticeparameters 2 1 6  ...

有两个方法

1）你在ms中导出坐标是用res格式，这是一种内坐标。 然后在siesta里面
把AtomicCoordinatesFormat设成ScaledByLatticeVectors就行了。

2）你可以在ms中选中晶格，然后在属性栏里面的最底下可以找到三个晶格矢量
然后在siesta里面写成如下形式
LatticeConstant     4.0655 Ang
%block    LatticeVectors
     0.5000    0.50000   0.00000
     0.5000    0.00000   0.50000
     0.0000    0.50000   0.50000
%endblock LatticeVectors
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16楼2010-01-28 11:38:29
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minmin_0082003

金虫 (正式写手)

莫愁莫愁
引用回帖:
Originally posted by hyb99 at 2010-01-28 11:38:29:


有两个方法

1）你在ms中导出坐标是用res格式，这是一种内坐标。 然后在siesta里面
把AtomicCoordinatesFormat设成ScaledByLatticeVectors就行了。

2）你可以在ms中选中晶格，然后在属性栏里面的最底下 ...

谢谢你了，这两个法子我都用不了，我没有MS。额。用的话会被罚款18，000，000日元......
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17楼2010-01-28 12:45:56
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fanchen021

铁杆木虫 (正式写手)
minmin_0082003(金币+9):x谢谢，我距离解决问题又近了一步 2010-01-28 18:13
引用回帖:
Originally posted by minmin_0082003 at 2010-01-28 09:43:02:

Hi，请问，建立MS的时候会出现类似的一行
PBC 5.7676  2.8838   17.3576   90    90   120（P1）
该如何转换成lattice vector的形式呢？
我转换成
Lattice constant 2.8838 ang
Latticeparameters 2 1 6  ...

只根据a b c 和夹角，并不能确定lattice vector.
还跟你的原子位置有关系。
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18楼2010-01-28 14:52:38
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fanchen021

铁杆木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by minmin_0082003 at 2010-01-28 09:31:22:

非常感谢你，但是有点看不懂，我试试用4X4的做做看看。

1.000000000000000
   7.492315513494470  -4.325690378569650   0.000000000000001
   0.000000000000000   8.651380757139290   0.000000000000000
  -0.000000000000000   0.000000000000000  14.354607602836101
这部分就是lattice vector, 下面的是相对坐标 （fractional coordinates）

如果你确定是竖着的话，3×3应该也够了。
我做过苯的吸附，是平躺的。
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19楼2010-01-28 14:55:21
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minmin_0082003

金虫 (正式写手)

莫愁莫愁
引用回帖:
Originally posted by fanchen021 at 2010-01-28 14:55:21:

   1.000000000000000
   7.492315513494470  -4.325690378569650   0.000000000000001
   0.000000000000000   8.651380757139290   0.000000000000000
  -0.000000000000000   0.000000000000000  14.35 ...

额，我查看了我的输出文件，发现 晶矢竟然是
outcell: Unit cell vectors (Ang):
        8.651400    0.000000    0.000000
       -4.325700    7.492332    0.000000
        0.000000    0.000000   27.061579
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20楼2010-01-28 18:05:18
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