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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » 【求助】vasp 编译出错，请大家帮忙
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405963512

铜虫 (正式写手)

[交流] 【求助】vasp 编译出错，请大家帮忙

我在编译vasp是，出现下面的错误
/home/fyu/intel/cmkl/10.1.2.024/lib/em64t/libmkl_lapack.so: undefined reference to `mkl_serv_load_fun'
/home/fyu/intel/cmkl/10.1.2.024/lib/em64t/libmkl_lapack.so: undefined reference to `mkl_serv_load_dll'

我贴一下makefile的一部分，我现在编的是串行：
# mkl.5.2 requires also to -lguide library
# set -DRPROMU_DGEMV  -DRACCMU_DGEMV in the CPP lines
BLAS=-L/home/fyu/intel/cmkl/10.1.2.024/lib/em64t -lmkl_em64t -lguide -lpthread


# even faster Kazushige Goto's BLAS
# http://www.cs.utexas.edu/users/kgoto/signup_first.html
#BLAS= /home/fyu/GotoBLAS/libgoto_penrynp-r1.26.so

# LAPACK, simplest use vasp.4.lib/lapack_double
#LAPACK= ../vasp.4.lib/lapack_double.o

# use atlas optimized part of lapack
#LAPACK= ../vasp.4.lib/lapack_atlas.o  -llapack -lcblas

# use the mkl Intel lapack
LAPACK= -lmkl_lapack
有经验的请大家帮忙
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1楼2010-01-19 22:10:44
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veryman

木虫 (正式写手)

$_$
★ ★
405963512(金币+1,VIP+0): 1-20 08:51
ice_rain(金币+1,VIP+0):谢谢交流 1-20 13:25
感觉是你BLAS里面引用的mkl库不够全，推荐安装intel官方给出的来写makefile。
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2楼2010-01-20 08:14:52
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gleerat

木虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★ ★
ice_rain(金币+3,VIP+0):谢谢指导交流 1-20 13:26
405963512(金币+2,VIP+0): 1-20 22:06
405963512(金币+5): 2010-01-30 11:05
引用回帖:
Originally posted by 405963512 at 2010-1-19 22:10:
我在编译vasp是，出现下面的错误
/home/fyu/intel/cmkl/10.1.2.024/lib/em64t/libmkl_lapack.so: undefined reference to `mkl_serv_load_fun'
/home/fyu/intel/cmkl/10.1.2.024/lib/em64t/libmkl_lapack.so: u ...

你的是64位系统？你使用的是64位数学库。建议你把你的机器及系统配置贴出来让大家都看看（数学库对此要求很严格）。
引用回帖:
Originally posted by 405963512 at 2010-1-19 22:10:
BLAS=-L/home/fyu/intel/cmkl/10.1.2.024/lib/em64t -lmkl_em64t -lguide -lpthread
LAPACK= -lmkl_lapack

你的MKL库不对。如果你是Intel的CPU，建议你用MKL；如果是你是AMD的CPU，则不建议你用MKL。你应该先知道你的系统配置是什么，然后把不适合你系统的数学库的代码屏蔽掉，只剩下你用的那些代码。很明显，你没有对代码做合适的屏蔽或选择，更没有根据你的机器配置合理选择库文件。
建议你先花上一天或者半天，好好看看代码、好好看看官方说明，这样可以避免很多无用功：http://cms.mpi.univie.ac.at/vasp/vasp/node12.html
同时参考Intel官方的指导，http://software.intel.com/en-us/ ... -intel-mkl-in-vasp/
建议你参考Intel的指导时，比对着你的数学库一个一个库文件试试。我就是这样做的。
另外，我贴上我的数学库设置，希望对你有用。
CODE:
# Atlas based libraries
#ATLASHOME= /usr/lib/blas/threaded-atlas
#BLAS=   -L/usr/lib/blas/atlas -lblas
#BLAS=   -L$(ATLASHOME)  -lf77blas -latlas

# use specific libraries (default library path points to other libraries)
#BLAS= $(ATLASHOME)/libf77blas.a $(ATLASHOME)/libatlas.a

# use the mkl Intel libraries for p4 (www.intel.com)
BLAS= -L/opt/intel/mkl/10.2.2.025/lib/32 -lmkl_intel -lpthread -lmkl_sequential -lmkl_core

# LAPACK, simplest use vasp.4.lib/lapack_double
#LAPACK= ../vasp.4.lib/lapack_double.o

# use atlas optimized part of lapack
#LAPACK= ../vasp.4.lib/lapack_atlas.o  -llapack -lblas

# use the mkl Intel lapack
LAPACK= -L/opt/intel/mkl/10.2.2.025/lib/32 -lmkl_intel -lmkl_lapack -lmkl_sequential -lmkl_core

#LAPACK= -L/usr/lib/lapack/atlas -llapack

[ Last edited by gleerat on 2010-1-20 at 10:42 ]
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明察、慎思、笃行
3楼2010-01-20 10:19:35
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zhxd1028

禁虫 (小有名气)
★
ice_rain(金币+1,VIP+0):谢谢交流 1-20 13:26
本帖内容被屏蔽
4楼2010-01-20 10:40:56
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405963512

铜虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by gleerat at 2010-1-20 10:19:

你的是64位系统？你使用的是64位数学库。建议你把你的机器及系统配置贴出来让大家都看看（数学库对此要求很严格）。

你的MKL库不对。如果你是Intel的CPU，建议你用MKL；如果是你是AMD的CPU，则不建议你用MKL ...

你说的很好啊，但是真的是有几个地方对不上，可能对编译程序了解的太少，你能把注意的点帮我列下么，谢谢你！
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5楼2010-01-20 22:07:58
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gleerat

木虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ice_rain(金币+1,VIP+0):xiexie~ 1-21 11:17
aylayl08(金币+2,VIP+0):谢谢详细解答 1-21 14:31
引用回帖:
Originally posted by 405963512 at 2010-1-20 22:07:

你说的很好啊，但是真的是有几个地方对不上，可能对编译程序了解的太少，你能把注意的点帮我列下么，谢谢你！

最关键的地方当然就是数学库的设置了，可是你的机器环境到底是什么样我是一点都不知道啊。比如说CPU、系统版本。
你在设置数学库的时候，建议你先看看Makefile和官方的指导（安装部分），这样可以省很多无用功，如果你不看的话很多东西别人即使给你说你也是一头雾水。再参考Intel官方论坛对照你数学库中的库文件一个一个试试就好了，我就是这么试出来的。我的是Ubuntu9.10 x86、Intel P4、G++、GCC、GFortran、安装的是单机串行、你对照我的数学库看看思路就好了。数学库主要与CPU和系统位数（32/64）有关，其他的不是很关键。
祝你好运。
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明察、慎思、笃行
6楼2010-01-21 11:12:10
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405963512

铜虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by gleerat at 2010-1-21 11:12:

最关键的地方当然就是数学库的设置了，可是你的机器环境到底是什么样我是一点都不知道啊。比如说CPU、系统版本。
你在设置数学库的时候，建议你先看看Makefile和官方的指导（安装部分），这样可以省很多无用功 ...

大家好，我现在遇到了新的问题，希望大家帮忙。我按照上面朋友给的信息，适当修改，做了如下makefile：
BLAS=-L/home/fyu/intel/mkl/10.1.2.024/lib/em64t -lmkl_intel_lp64 -lmkl_sequential -lmkl_core -lpthread

# even faster Kazushige Goto's BLAS
# http://www.cs.utexas.edu/users/kgoto/signup_first.html
#BLAS=  /opt/libs/libgoto/libgoto_p4_512-r0.6.so

# LAPACK, simplest use vasp.4.lib/lapack_double
#LAPACK= ../vasp.4.lib/lapack_double.o

# use atlas optimized part of lapack
#LAPACK= ../vasp.4.lib/lapack_atlas.o  -llapack -lcblas

# use the mkl Intel lapack
LAPACK=-L/home/fyu/intel/mkl/10.1.2.024/lib/em64t -lmkl_intel_lp64 -lmkl_lapack -lmkl_sequential -lmkl_core
，make到最后，vasp出现，但是运行出错：
vasp: error while loading shared libraries: libmkl_intel_lp64.so: cannot open shared object file: No such file or directory
我现在编译的是串行。64位Intel xeon，8核机器
我到网上查了一下，说是把文件link到lib文件夹下：
ln -s /home/fyu/intel/mkl/10.1.2.024/lib/em64t/libmkl_intel_lp64.so /lib/libmkl_intel_lp64.so
然后ldd bin/vasp,还是找不到这个文件：
ibmkl_intel_lp64.so => not found

请问大家问题出现在在哪了？谢谢大家！
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7楼2010-01-21 21:46:15
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405963512

铜虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by gleerat at 2010-01-20 10:19:35:

你的是64位系统？你使用的是64位数学库。建议你把你的机器及系统配置贴出来让大家都看看（数学库对此要求很严格）。

你的MKL库不对。如果你是Intel的CPU，建议你用MKL；如果是你是AMD的CPU，则不建议你用MKL ...

谢谢你的帮助，现在串行的已经装好。如果你安装了并行的，希望得到交流！
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8楼2010-01-30 11:06:10
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lono75

铁杆木虫 (著名写手)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ice_rain(金币+1):谢谢指导 2010-02-03 09:31
[root..#]
cd /etc/ld.so.config.d
touch MKL
vi MKL
home/fyu/intel/mkl/10.1.2.024/lib/em64t/

:qw
[root..#]ldconfig
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由天命,成人事！
9楼2010-02-02 14:33:38
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