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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » MS » 【求助】求助怎么构建金纳米团簇
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tpp001

金虫 (著名写手)

[交流] 【求助】求助怎么构建金纳米团簇

看见文献中有这样的2种金纳米团簇，不知道如何构建，请大家帮忙
对于FIgure 1A 文献是这样描述的：has six atoms arranged in an octahedral morphology and the remaining two atoms located over two triangular faces of the octahedron, the structure possessing C2v symmetry.

对于Figure 1B：the 38-atom Au cluster，the core of our second particle, has been predicted to assume face-centered cubic structure with a truncated octahedral morphology,Two regions may be distinguished in the cluster, an inner region of six atoms assuming an octahedral arrangement and an outer, surface region of 32 atoms possessing eight (111) and six (100) faces.
我知道MS 中有build nanocluster，可是上面这2个cluster,我都没有建出来，请大家帮忙谢谢
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1楼 2010-01-18 09:21:37
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yjmaxpayne

木虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★ ★ ★
tpp001(金币+5,VIP+0):thanks,第一个已经构建成功，可是第2个仍然有难度。。。。 1-18 13:49
ice_rain(金币+1,VIP+0):谢谢交流 1-18 16:52
第一个：直接搭建。

第二个：弄清楚垂直于西北方向的原子层的堆垛情况。 然后一层一层的从一定大小的超胞中取出并且重新排列。或者是把超胞的周期性边界条件给去掉，然后通过删除原子的方法最后实现这一cluster的建立。
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2楼2010-01-18 09:42:46
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tpp001

金虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by yjmaxpayne at 2010-1-18 09:42:
第一个：直接搭建。

第二个：弄清楚垂直于西北方向的原子层的堆垛情况。 然后一层一层的从一定大小的超胞中取出并且重新排列。或者是把超胞的周期性边界条件给去掉，然后通过删除原子的方法最后实现这一cluste ...

对于第2个，文献中说，是一个去除了顶点的8面体，内部是由6个原子组成的8面体，外面是由8个（111）面和6个（100）面组成。你能不能说的详细一点怎么构建这样的。
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3楼2010-01-18 13:58:23
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acridine

木虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
tpp001(金币+1,VIP+0):8,谢谢,在你的帮助下,我也作出了Au38的cluster 1-20 11:25
tpp001(金币+7,VIP+0):thanks 1-20 11:27
一般对于这种情况我的做法是：按照2楼说的建立超胞再去掉对称性，之后切原子，你的这篇文献描述的很清楚了，沿着面心立方的八个（111）方向切可以得到八个面，沿着六个（100）方向切得到六个面，实际操作时，每个方向具体切掉多少层是值得注意的。

感觉光靠文字描述我已经词穷了，实在是不知道该怎么进一步解释。不过这个东西是个技术活，切几次就有心得了。

不过对于你的这个模型，如果只是想建立38个原子的这个小体系，我想我还是能描述清楚的。想象一下面心立方：
离立方体中心最近的是: 位于面心位置的6个原子，也就是模型中内层的6个原子；
次近的是: 位于顶点的8个原子
再近邻的是: 每个最近邻面心立方（共六个）中与这个结构单元最近的4个面心原子，也就是说共有4*6=24个。
合计6+8+24=38个原子，那么你要只建立个3*3*3的超胞，把多余原子删除就可以了。
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4楼2010-01-19 01:40:49
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lwei7336

木虫 (小有名气)
★ ★ ★
tpp001(金币+2,VIP+0):thanks,我已经做出来了,不过还是感谢你的帮忙 1-20 11:25
ice_rain(金币+1,VIP+0):谢谢指导 1-20 13:28
我有建好的Pd38这个结构(立方八面体)的xsd
你要的话我可以上传给你
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5楼2010-01-19 17:17:26
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tpp001

金虫 (著名写手)
谢谢,在大家的帮助下,我也作出来了
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6楼2010-01-20 11:26:49
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lei0736

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优秀版主
★
ice_rain(金币+1,VIP+0):谢谢讨论交流 1-20 22:39
截角八面体的好切
要二十面体 十面体等等的话 要自己编程吧
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7楼2010-01-20 15:49:35
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lene2359

铁虫 (初入文坛)
请问 TPP01
你的这篇文献是哪里的
我也正在找~~
谢谢
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8楼2010-01-22 15:36:03
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tpp001

金虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by acridine at 2010-1-19 01:40:
一般对于这种情况我的做法是：按照2楼说的建立超胞再去掉对称性，之后切原子，你的这篇文献描述的很清楚了，沿着面心立方的八个（111）方向切可以得到八个面，沿着六个（100）方向切得到六个面，实际操作时，每个 ...

我想问一下团簇建好以后,都是怎么优化结构的?我用ms中的dmol3来优化可以吗,文献中没有给出具体的方法,只是说用dft来优化
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9楼2010-01-24 15:58:52
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cmbr

金虫 (初入文坛)
引用回帖:
Originally posted by lwei7336 at 2010-01-19 17:17:26:
我有建好的Pd38这个结构(立方八面体)的xsd
你要的话我可以上传给你

给我发一个吧，多谢了
muwh@itp.ac.cn
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10楼2010-03-03 23:21:21
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