24小时热门版块排行榜    

查看: 1422  |  回复: 12
当前主题已经存档。

阿司

金虫 (小有名气)

[交流] 【求助】分子中含N,O,S甚至还有卤素原子,G03优化时该用什么的基组?

1、分子中含N,O,S甚至还有卤素原子,G03优化时该用什么的基组会比较准确?
2、本人是个刚入门之人,还想问一下:我看文献时,常见到说多次优化,大致说先用分子力场的方法,说可以节省优化时间,然后再用DFT之类的进行优化,在G03上,这是一个怎么样的操作过程?主要是我不太清楚,利用分子力场优化时是怎么样选择和操作的。
3、G-view操作面上有个扫帚(clean),我在画完一个分子里点击它时,结构在优化,这是一个什么优化?

期待高手的指点。。。
回复此楼
简单而不忘努力就好
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

sculhf

荣誉版主 (知名作家)

断翼天使

优秀版主优秀版主

★ ★
阿司(金币+2,VIP+0):谢谢 1-15 20:44
引用回帖:
Originally posted by 阿司 at 2010-1-15 15:19:

弱弱的问一句:DZP是什么?你说的我有点不太明白,低成本是不是说省时省力的方法,比如半经验方法,高成本就是DFT或HF这些从头计算。

就是你可以先用小机组优化
在用大的机组优化
DZP+给你个链接
https://bse.pnl.gov/bse/portal
谋事在人成事在天
6楼2010-01-15 19:46:42
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通回帖

yjcmwgk

禁虫 (文坛精英)

密度泛函·小卒

优秀版主

★ ★ ★ ★ ★
阿司(金币+5,VIP+0):非常感谢 1-15 15:02
引用回帖:
1、分子中含N,O,S甚至还有卤素原子,G03优化时该用什么的基组会比较准确?

方法:blyp或b3lyp,基组6-31g*或6-31+g*足够了。建议参考JPCA 2007 10439-10452。http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=1566146这个帖子的第二章第七节,以及第二章第十节第二部分第a条
引用回帖:
2、本人是个刚入门之人,还想问一下:我看文献时,常见到说多次优化,大致说先用分子力场的方法,说可以节省优化时间,然后再用DFT之类的进行优化,在G03上,这是一个怎么样的操作过程?主要是我不太清楚,利用分子力场优化时是怎么样选择和操作的。

用低精度的方法优化一次。得到的结果用高精度的方法再优化
引用回帖:
3、G-view操作面上有个扫帚(clean),我在画完一个分子里点击它时,结构在优化,这是一个什么优化?

使用MM2方法的优化

[ Last edited by yjcmwgk on 2010-1-15 at 15:00 ]
2楼2010-01-15 14:57:12
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

sculhf

荣誉版主 (知名作家)

断翼天使

优秀版主优秀版主

★ ★
阿司(金币+2,VIP+0):谢谢指点 1-15 15:20
引用回帖:
Originally posted by 阿司 at 2010-1-15 14:16:
1、分子中含N,O,S甚至还有卤素原子,G03优化时该用什么的基组会比较准确?
2、本人是个刚入门之人,还想问一下:我看文献时,常见到说多次优化,大致说先用分子力场的方法,说可以节省优化时间,然后再用DFT之 ...

DZP+也不错
先用低成本做预优化 得到可能的较低能的结构
再用高成本去再次优化比较
谋事在人成事在天
3楼2010-01-15 15:10:06
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

阿司

金虫 (小有名气)

引用回帖:
Originally posted by yjcmwgk at 年-月-日 14:57:

方法:blyp或b3lyp,基组6-31g*或6-31+g*足够了。建议参考JPCA 2007 10439-10452。http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=1566146这个帖子的第二章第七节,以及第二章第十节第二部分第a条

用低 ...

一个天然产物,40个原子左右,我能不能直接使用MM2方法的优化后,就直接进行能量计算?弱弱的再问一句MM2方法是不是分子力学方法,因为我以前都是这样认为的。
简单而不忘努力就好
4楼2010-01-15 15:12:08
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

阿司

金虫 (小有名气)

引用回帖:
Originally posted by sculhf at 年-月-日 15:10:

DZP+也不错
先用低成本做预优化 得到可能的较低能的结构
再用高成本去再次优化比较

弱弱的问一句:DZP是什么?你说的我有点不太明白,低成本是不是说省时省力的方法,比如半经验方法,高成本就是DFT或HF这些从头计算。
简单而不忘努力就好
5楼2010-01-15 15:19:42
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yjcmwgk

禁虫 (文坛精英)

密度泛函·小卒

优秀版主

引用回帖:
Originally posted by sculhf at 2010-1-15 19:46:

就是你可以先用小机组优化
在用大的机组优化
DZP+给你个链接
https://bse.pnl.gov/bse/portal

这个网站你还能打开吗?从前几个月的某一天开始,这个网站我再也不能打开了
7楼2010-01-15 20:09:49
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

sculhf

荣誉版主 (知名作家)

断翼天使

优秀版主优秀版主

引用回帖:
Originally posted by yjcmwgk at 2010-1-15 20:09:

这个网站你还能打开吗?从前几个月的某一天开始,这个网站我再也不能打开了

可以打开啊
现在就可以啊
谋事在人成事在天
8楼2010-01-15 20:24:11
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yjcmwgk

禁虫 (文坛精英)

密度泛函·小卒

优秀版主

引用回帖:
Originally posted by sculhf at 2010-1-15 20:24:

可以打开啊
现在就可以啊

我们学校人品不好
9楼2010-01-15 20:24:41
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

sculhf

荣誉版主 (知名作家)

断翼天使

优秀版主优秀版主

引用回帖:
Originally posted by yjcmwgk at 2010-1-15 20:24:

我们学校人品不好

你可以用些代理
谋事在人成事在天
10楼2010-01-15 20:25:35
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 阿司 的主题更新
普通表情 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[教师之家] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +3 CyTWnZiM0cS6 2026-08-02 3/150 2026-08-02 20:51 by 3VGOm6paSgqv
[教师之家] 售SCI一区T0P文章,我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +3 CyTWnZiM0cS6 2026-08-02 5/250 2026-08-02 20:43 by 3VGOm6paSgqv
[考研] 售SCI一区文章,我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +3 CyTWnZiM0cS6 2026-08-02 3/150 2026-08-02 20:43 by 3VGOm6paSgqv
[找工作] 售SCI一区文章,我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +4 AS6fX1tr1on4 2026-08-02 5/250 2026-08-02 20:31 by 3VGOm6paSgqv
[公派出国] 售SCI文章,我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 AS6fX1tr1on4 2026-08-02 7/350 2026-08-02 20:24 by 3VGOm6paSgqv
[论文投稿] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 AS6fX1tr1on4 2026-08-02 8/400 2026-08-02 20:24 by 3VGOm6paSgqv
[基金申请] 这种情况还有戏吗 +5 drbart 2026-07-27 12/600 2026-08-02 20:21 by drbart
[公派出国] 售一区SCI文章T0P,我:8O.551.O54,科目全,可十急 +3 AS6fX1tr1on4 2026-08-02 6/300 2026-08-02 20:14 by 3VGOm6paSgqv
[考博] 售SCI一区T0P文章,我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +4 AS6fX1tr1on4 2026-08-02 10/500 2026-08-02 20:12 by 3VGOm6paSgqv
[教师之家] 售SCI一区文章,我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +4 AS6fX1tr1on4 2026-08-02 11/550 2026-08-02 20:11 by 3VGOm6paSgqv
[找工作] 售SCI-T0P文章,我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 cBGhfJFuNMca 2026-08-02 13/650 2026-08-02 20:04 by 3VGOm6paSgqv
[考博] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +5 cBGhfJFuNMca 2026-08-02 17/850 2026-08-02 20:03 by 3VGOm6paSgqv
[考博] 售SCI-T0P文章,我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +5 cBGhfJFuNMca 2026-08-02 21/1050 2026-08-02 19:52 by 3VGOm6paSgqv
[博后之家] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +3 AS6fX1tr1on4 2026-08-02 8/400 2026-08-02 18:44 by ca3DVAx4OB19
[考研] 售SCI一区文章,我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +3 AS6fX1tr1on4 2026-08-02 9/450 2026-08-02 18:27 by ca3DVAx4OB19
[公派出国] 售SCI一区T0P文章,我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 cBGhfJFuNMca 2026-08-02 15/750 2026-08-02 16:23 by jHcrHMhbKCFV
[基金申请] 面上再次挂了,太难了,躺也躺不了,倦也卷不过,小学校之殇! +18 低垂的野花 2026-07-31 24/1200 2026-08-02 16:03 by swallowwh
[教师之家] 基础研究怎么拉横向,学校到款任务越来越多,难以完成 拉横向,都有哪些途径啊 +8 锦衣卫寒战 2026-07-28 10/500 2026-08-02 10:00 by 锦衣卫寒战
[考博] 2027年申博 50+3 射雕英雄胜 2026-07-30 3/150 2026-08-02 09:36 by lfy8008
[高分子] HXDI做水性聚氨酯乳液,是不是特别容易出渣 15+3 yuyusuv 2026-07-29 3/150 2026-07-31 09:21 by huizingga
信息提示
请填处理意见