24小时热门版块排行榜    

查看: 1391  |  回复: 12
当前主题已经存档。

阿司

金虫 (小有名气)

[交流] 【求助】分子中含N,O,S甚至还有卤素原子,G03优化时该用什么的基组?

1、分子中含N,O,S甚至还有卤素原子,G03优化时该用什么的基组会比较准确?
2、本人是个刚入门之人,还想问一下:我看文献时,常见到说多次优化,大致说先用分子力场的方法,说可以节省优化时间,然后再用DFT之类的进行优化,在G03上,这是一个怎么样的操作过程?主要是我不太清楚,利用分子力场优化时是怎么样选择和操作的。
3、G-view操作面上有个扫帚(clean),我在画完一个分子里点击它时,结构在优化,这是一个什么优化?

期待高手的指点。。。
回复此楼
简单而不忘努力就好
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

sculhf

荣誉版主 (知名作家)

断翼天使

优秀版主优秀版主

★ ★
阿司(金币+2,VIP+0):谢谢 1-15 20:44
引用回帖:
Originally posted by 阿司 at 2010-1-15 15:19:

弱弱的问一句:DZP是什么?你说的我有点不太明白,低成本是不是说省时省力的方法,比如半经验方法,高成本就是DFT或HF这些从头计算。

就是你可以先用小机组优化
在用大的机组优化
DZP+给你个链接
https://bse.pnl.gov/bse/portal
谋事在人成事在天
6楼2010-01-15 19:46:42
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通回帖

yjcmwgk

禁虫 (文坛精英)

密度泛函·小卒

优秀版主

★ ★ ★ ★ ★
阿司(金币+5,VIP+0):非常感谢 1-15 15:02
引用回帖:
1、分子中含N,O,S甚至还有卤素原子,G03优化时该用什么的基组会比较准确?

方法:blyp或b3lyp,基组6-31g*或6-31+g*足够了。建议参考JPCA 2007 10439-10452。http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=1566146这个帖子的第二章第七节,以及第二章第十节第二部分第a条
引用回帖:
2、本人是个刚入门之人,还想问一下:我看文献时,常见到说多次优化,大致说先用分子力场的方法,说可以节省优化时间,然后再用DFT之类的进行优化,在G03上,这是一个怎么样的操作过程?主要是我不太清楚,利用分子力场优化时是怎么样选择和操作的。

用低精度的方法优化一次。得到的结果用高精度的方法再优化
引用回帖:
3、G-view操作面上有个扫帚(clean),我在画完一个分子里点击它时,结构在优化,这是一个什么优化?

使用MM2方法的优化

[ Last edited by yjcmwgk on 2010-1-15 at 15:00 ]
2楼2010-01-15 14:57:12
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

sculhf

荣誉版主 (知名作家)

断翼天使

优秀版主优秀版主

★ ★
阿司(金币+2,VIP+0):谢谢指点 1-15 15:20
引用回帖:
Originally posted by 阿司 at 2010-1-15 14:16:
1、分子中含N,O,S甚至还有卤素原子,G03优化时该用什么的基组会比较准确?
2、本人是个刚入门之人,还想问一下:我看文献时,常见到说多次优化,大致说先用分子力场的方法,说可以节省优化时间,然后再用DFT之 ...

DZP+也不错
先用低成本做预优化 得到可能的较低能的结构
再用高成本去再次优化比较
谋事在人成事在天
3楼2010-01-15 15:10:06
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

阿司

金虫 (小有名气)

引用回帖:
Originally posted by yjcmwgk at 年-月-日 14:57:

方法:blyp或b3lyp,基组6-31g*或6-31+g*足够了。建议参考JPCA 2007 10439-10452。http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=1566146这个帖子的第二章第七节,以及第二章第十节第二部分第a条

用低 ...

一个天然产物,40个原子左右,我能不能直接使用MM2方法的优化后,就直接进行能量计算?弱弱的再问一句MM2方法是不是分子力学方法,因为我以前都是这样认为的。
简单而不忘努力就好
4楼2010-01-15 15:12:08
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

阿司

金虫 (小有名气)

引用回帖:
Originally posted by sculhf at 年-月-日 15:10:

DZP+也不错
先用低成本做预优化 得到可能的较低能的结构
再用高成本去再次优化比较

弱弱的问一句:DZP是什么?你说的我有点不太明白,低成本是不是说省时省力的方法,比如半经验方法,高成本就是DFT或HF这些从头计算。
简单而不忘努力就好
5楼2010-01-15 15:19:42
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yjcmwgk

禁虫 (文坛精英)

密度泛函·小卒

优秀版主

引用回帖:
Originally posted by sculhf at 2010-1-15 19:46:

就是你可以先用小机组优化
在用大的机组优化
DZP+给你个链接
https://bse.pnl.gov/bse/portal

这个网站你还能打开吗?从前几个月的某一天开始,这个网站我再也不能打开了
7楼2010-01-15 20:09:49
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

sculhf

荣誉版主 (知名作家)

断翼天使

优秀版主优秀版主

引用回帖:
Originally posted by yjcmwgk at 2010-1-15 20:09:

这个网站你还能打开吗?从前几个月的某一天开始,这个网站我再也不能打开了

可以打开啊
现在就可以啊
谋事在人成事在天
8楼2010-01-15 20:24:11
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yjcmwgk

禁虫 (文坛精英)

密度泛函·小卒

优秀版主

引用回帖:
Originally posted by sculhf at 2010-1-15 20:24:

可以打开啊
现在就可以啊

我们学校人品不好
9楼2010-01-15 20:24:41
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

sculhf

荣誉版主 (知名作家)

断翼天使

优秀版主优秀版主

引用回帖:
Originally posted by yjcmwgk at 2010-1-15 20:24:

我们学校人品不好

你可以用些代理
谋事在人成事在天
10楼2010-01-15 20:25:35
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 阿司 的主题更新
普通表情 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 售T0P一区SCI文章,我:8O5.51.O.54,科目齐全,可+急 +3 9skg9htng1 2026-06-20 3/150 2026-06-21 19:18 by q1p9ixelzp
[公派出国] 售T0P一区SCI文章,我:8O5.51.O.54,科目齐全,可+急 +3 9skg9htng1 2026-06-20 3/150 2026-06-21 18:00 by q1p9ixelzp
[考研] 售T0P一区SCI文章,我:8O5.51.O.54,科目齐全,可+急 +3 9skg9htng1 2026-06-20 4/200 2026-06-21 17:45 by q1p9ixelzp
[论文投稿] 售T0P一区SCI文章,我:8O5.51.O.54,科目齐全,可+急 +3 9skg9htng1 2026-06-20 3/150 2026-06-21 17:40 by q1p9ixelzp
[论文投稿] 售T0P一区SCI文章,我:8O5.51.O.54,科目齐全,可+急 +3 9skg9htng1 2026-06-20 3/150 2026-06-21 17:37 by q1p9ixelzp
[公派出国] 售T0P一区SCI文章,我:8O5.51.O.54,科目齐全,可+急 +4 vlfdw50o0u 2026-06-20 4/200 2026-06-21 17:25 by ky8v3skvft
[考博] 售T0P一区SCI文章,我:8O5.51.O.54,科目齐全,可+急 +4 vlfdw50o0u 2026-06-20 5/250 2026-06-21 17:20 by ky8v3skvft
[博后之家] 售T0P一区SCI文章,我:8O5.51.O.54,科目齐全,可+急 +4 vlfdw50o0u 2026-06-20 6/300 2026-06-21 17:05 by ky8v3skvft
[公派出国] 售T0P一区SCI文章,我:8O5.51.O.54,科目齐全,可+急 +4 vlfdw50o0u 2026-06-20 5/250 2026-06-21 17:00 by ky8v3skvft
[教师之家] 售T0P一区SCI文章,我:8O5.51.O.54,科目齐全,可+急 +5 vlfdw50o0u 2026-06-20 7/350 2026-06-21 16:57 by ky8v3skvft
[论文投稿] 售T0P一区SCI文章,我:8O5.51.O.54,科目齐全,可+急 +3 vlfdw50o0u 2026-06-20 5/250 2026-06-21 16:45 by ky8v3skvft
[教师之家] 售T0P一区SCI文章,我:8O5.51.O.54,科目齐全,可+急 +4 vlfdw50o0u 2026-06-20 7/350 2026-06-21 16:40 by ky8v3skvft
[论文投稿] 售T0P一区SCI文章,我:8O5.51.O.54,科目齐全,可+急 +4 vlfdw50o0u 2026-06-20 9/450 2026-06-21 16:37 by ky8v3skvft
[基金申请] E0414, 我的本子有没有希望? +7 布布和一二 2026-06-17 8/400 2026-06-21 15:44 by lwliwei1989
[基金申请] 青A35岁以下通知答辩了吗 +3 暨阳一只柴 2026-06-17 3/150 2026-06-21 09:39 by kudofaye
[考博] 【全奖博士/科研助理/博后招生】新加坡南洋理工大学机械与航空航天学院 +3 robohaha 2026-06-15 4/200 2026-06-21 00:36 by lanbing1
[硕博家园] 一篇论文同时出现在两个期刊,一模一样,这算不算学术不端,请各位老师斧正。 +11 mahl005 2026-06-14 12/600 2026-06-18 17:01 by 770904134
[基金申请] 希望面上有个好结果 +7 碧水00 2026-06-16 7/350 2026-06-18 12:18 by wuke100666
[论文投稿] 三区计算机方向期刊推荐 +5 1457340941 2026-06-15 5/250 2026-06-17 13:16 by 会议编辑
[论文投稿] sci论文二审求助 +5 潘倍倍 2026-06-15 5/250 2026-06-16 10:15 by xs74101122
信息提示
请填处理意见