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阿司

金虫 (小有名气)

[交流] 【求助】分子中含N,O,S甚至还有卤素原子,G03优化时该用什么的基组?

1、分子中含N,O,S甚至还有卤素原子,G03优化时该用什么的基组会比较准确?
2、本人是个刚入门之人,还想问一下:我看文献时,常见到说多次优化,大致说先用分子力场的方法,说可以节省优化时间,然后再用DFT之类的进行优化,在G03上,这是一个怎么样的操作过程?主要是我不太清楚,利用分子力场优化时是怎么样选择和操作的。
3、G-view操作面上有个扫帚(clean),我在画完一个分子里点击它时,结构在优化,这是一个什么优化?

期待高手的指点。。。
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简单而不忘努力就好
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sculhf

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★ ★
阿司(金币+2,VIP+0):谢谢 1-15 20:44
引用回帖:
Originally posted by 阿司 at 2010-1-15 15:19:

弱弱的问一句:DZP是什么?你说的我有点不太明白,低成本是不是说省时省力的方法,比如半经验方法,高成本就是DFT或HF这些从头计算。

就是你可以先用小机组优化
在用大的机组优化
DZP+给你个链接
https://bse.pnl.gov/bse/portal
谋事在人成事在天
6楼2010-01-15 19:46:42
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yjcmwgk

禁虫 (文坛精英)

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★ ★ ★ ★ ★
阿司(金币+5,VIP+0):非常感谢 1-15 15:02
引用回帖:
1、分子中含N,O,S甚至还有卤素原子,G03优化时该用什么的基组会比较准确?

方法:blyp或b3lyp,基组6-31g*或6-31+g*足够了。建议参考JPCA 2007 10439-10452。http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=1566146这个帖子的第二章第七节,以及第二章第十节第二部分第a条
引用回帖:
2、本人是个刚入门之人,还想问一下:我看文献时,常见到说多次优化,大致说先用分子力场的方法,说可以节省优化时间,然后再用DFT之类的进行优化,在G03上,这是一个怎么样的操作过程?主要是我不太清楚,利用分子力场优化时是怎么样选择和操作的。

用低精度的方法优化一次。得到的结果用高精度的方法再优化
引用回帖:
3、G-view操作面上有个扫帚(clean),我在画完一个分子里点击它时,结构在优化,这是一个什么优化?

使用MM2方法的优化

[ Last edited by yjcmwgk on 2010-1-15 at 15:00 ]
2楼2010-01-15 14:57:12
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sculhf

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★ ★
阿司(金币+2,VIP+0):谢谢指点 1-15 15:20
引用回帖:
Originally posted by 阿司 at 2010-1-15 14:16:
1、分子中含N,O,S甚至还有卤素原子,G03优化时该用什么的基组会比较准确?
2、本人是个刚入门之人,还想问一下:我看文献时,常见到说多次优化,大致说先用分子力场的方法,说可以节省优化时间,然后再用DFT之 ...

DZP+也不错
先用低成本做预优化 得到可能的较低能的结构
再用高成本去再次优化比较
谋事在人成事在天
3楼2010-01-15 15:10:06
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阿司

金虫 (小有名气)

引用回帖:
Originally posted by yjcmwgk at 年-月-日 14:57:

方法:blyp或b3lyp,基组6-31g*或6-31+g*足够了。建议参考JPCA 2007 10439-10452。http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=1566146这个帖子的第二章第七节,以及第二章第十节第二部分第a条

用低 ...

一个天然产物,40个原子左右,我能不能直接使用MM2方法的优化后,就直接进行能量计算?弱弱的再问一句MM2方法是不是分子力学方法,因为我以前都是这样认为的。
简单而不忘努力就好
4楼2010-01-15 15:12:08
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阿司

金虫 (小有名气)

引用回帖:
Originally posted by sculhf at 年-月-日 15:10:

DZP+也不错
先用低成本做预优化 得到可能的较低能的结构
再用高成本去再次优化比较

弱弱的问一句:DZP是什么?你说的我有点不太明白,低成本是不是说省时省力的方法,比如半经验方法,高成本就是DFT或HF这些从头计算。
简单而不忘努力就好
5楼2010-01-15 15:19:42
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yjcmwgk

禁虫 (文坛精英)

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引用回帖:
Originally posted by sculhf at 2010-1-15 19:46:

就是你可以先用小机组优化
在用大的机组优化
DZP+给你个链接
https://bse.pnl.gov/bse/portal

这个网站你还能打开吗?从前几个月的某一天开始,这个网站我再也不能打开了
7楼2010-01-15 20:09:49
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sculhf

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Originally posted by yjcmwgk at 2010-1-15 20:09:

这个网站你还能打开吗?从前几个月的某一天开始,这个网站我再也不能打开了

可以打开啊
现在就可以啊
谋事在人成事在天
8楼2010-01-15 20:24:11
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yjcmwgk

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Originally posted by sculhf at 2010-1-15 20:24:

可以打开啊
现在就可以啊

我们学校人品不好
9楼2010-01-15 20:24:41
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sculhf

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Originally posted by yjcmwgk at 2010-1-15 20:24:

我们学校人品不好

你可以用些代理
谋事在人成事在天
10楼2010-01-15 20:25:35
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