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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » 【求助】VASP中 原子能级问题
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【有奖交流】积极回复本帖子，参与交流，就有机会分得作者 阿勇 的 4 个金币

阿勇

铜虫 (小有名气)

[交流] 【求助】VASP中 原子能级问题

想用VASP计算得到H，O，Zn各个原子轨道能级，想用他们的轨道能级来分析他们的成键.
   首先，我分别在20*20*20 的大的supecell里 放入了单个原子，k点选G点，计算得到他们的轨道能量分别是:
  H:           k-point   1 :       0.0000    0.0000    0.0000
                band No.  band energies     occupation
                  1      -6.3540      1.00000    (H: 1s)
                  2      -0.0494      0.00000
                  3       0.2821      0.00000
                  4       0.2918      0.00000

O:            k-point   1 :       0.0000    0.0000    0.0000
                band No.  band energies     occupation
                1     -23.7275      2.00000       (O:2s)
                2      -9.1859      1.33333       (O:2p)
                3      -9.1859      1.33333       (O:2p)
                4      -9.1859      1.33333        O:2p)
                5      -0.1450      0.00000
                6       0.1190      0.00000
                7       0.3438      0.00000
                8       0.3443      0.00000
Zn:      
                k-point   1 :       0.0000    0.0000    0.0000
               band No.  band energies     occupation
               1     -10.4277      2.00000      (Zn:3d)
               2     -10.4277      2.00000      (Zn:3d)
               3     -10.4277      2.00000      (Zn:3d)              
               4     -10.4277      2.00000      (Zn:3d)
               5     -10.4277      2.00000      (Zn:3d)
               6      -6.1993      2.00000       (Zn:4s)
                7      -1.2219      0.00000
                8      -1.2219      0.00000
               9      -1.2219      0.00000
    我想问的是把H，O,Zn 的各个能级放在一起比较可不可行，也就是说，由VASP计算得到的各个原子对应的能量他们的参考零点是否相同？
  
我还把O,Zn原子放在同一个supercell 里计算，O Zn之间的距离大概有17A，认为这样得到的轨道能级能反映出他们各自的原子轨道能级，而其他们轨道能量的参考标准应该相同。但计算完后的结果有些不可思议：
    O, Zn   : k-point   1 :       0.0000    0.0000    0.0000
  band No.  band energies     occupation
      1     -21.6514      2.00000    (O:2s)
      2     -11.7000      2.00000    (Zn:3d)
      3     -11.7000      2.00000    (Zn:3d)
      4     -11.6998      2.00000    (Zn:3d)     
      5     -11.6998      2.00000    (Zn:3d)      
      6     -11.6998      2.00000    (Zn:3d)      
     7      -7.2443      1.829140    (Zn:4s)
      8      -7.1836      1.39029      (O:2p)
      9      -7.1836      1.39029      (O:2p)
     10      -7.1836      1.39029    (O:2p)     
     11      -2.0005      0.00000
     12      -2.0005      0.00000
     13      -2.0005      0.00000
        ....
结果发现 Zn 4s 与O 2p之间有电荷转移, 两个原子相隔这么远还能有电荷转移？
后来我把胞扩大到30*30*30 后发现还是只不过转移量小了一些而已
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1楼2010-01-11 11:05:17
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westmonster

金虫 (正式写手)
★ ★ ★
阿勇(金币+2,VIP+0):谢谢 1-11 13:14
aylayl08(金币+1,VIP+0):谢谢解答 1-11 19:24
第一个问题，分别看一下三个原子所在真空区的静电势，得到真空能级，并以此为尺度。
第二个问题，不知道，仔细查一下坐标文件。

[ Last edited by westmonster on 2010-1-11 at 11:40 ]
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蝉，于其脱壳展翅，则蛰居地下，似无声无息，实则以备有所为。
2楼2010-01-11 11:38:57
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happyjwx

木虫 (小有名气)
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
阿勇(金币+2,VIP+0):先谢谢了 1-11 13:15
aylayl08(金币+5,VIP+0):谢谢详细解释 1-11 19:22
我认为你的计算是有问题的！
首先，VASP是采用平面波基组而非LCAO，所以根本不要去考虑什么mulliken布居分布，根本不存在。电荷转移只能表征在空间上，而不能说是在哪个原子上面。空间上的转移可以通过计算电荷密度差来研究，原子布居分部目前只能用bader势来看。
然后，你看到的所谓电荷转移，其实是出现了轨道分数占据态。能带中不应该出现分数占据，出现分数坐标说明你的计算中使用了smearing方法来加速SCF收敛，比如说ISMEAR=2，这个时候虽然收敛的很好很速度，但是得到的结果根本不是能量最低。结构已然不对怎么能算对电子结构呢？要算能带结构，ISMEAR要设置为-5才行！
最后，你的原子距离调整到很大，体系的总轨道就是两原子轨道的简单叠加，可以分别算一个各个原子的能级，分开来看比较好。

[ Last edited by happyjwx on 2010-1-11 at 12:30 ]
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夜半追忆往昔
3楼2010-01-11 12:27:58
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阿勇

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by westmonster at 2010-1-11 11:38:
第一个问题，分别看一下三个原子所在真空区的静电势，得到真空能级，并以此为尺度。
第二个问题，不知道，仔细查一下坐标文件。

[ Last edited by westmonster on 2010-1-11 at 11:40 ]

不好意思，请问怎么看“三个原子所在真空区的静电势，得到真空能级，并以此为尺度”啊？vasp 输出文件中哪个有这个静电势啊？
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4楼2010-01-11 13:18:10
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happyjwx

木虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by 阿勇 at 2010-1-11 13:18:

不好意思，请问怎么看“三个原子所在真空区的静电势，得到真空能级，并以此为尺度”啊？vasp 输出文件中哪个有这个静电势啊？

静电势？LOCPOT文件里面有
但是求静点势有什么意义？
我觉得楼上的意思应该是取一个相同大小的晶胞，不放原子，直接计算真空能，再从总能里面减去。不过好像没什么意义嘛。
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夜半追忆往昔
5楼2010-01-11 13:21:22
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阿勇

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by happyjwx at 2010-1-11 12:27:
我认为你的计算是有问题的！
首先，VASP是采用平面波基组而非LCAO，所以根本不要去考虑什么mulliken布居分布，根本不存在。电荷转移只能表征在空间上，而不能说是在哪个原子上面。空间上的转移可以通过计算电荷密 ...

我用的是ISMEAR=0算的，我其实也不是想算能带，只是想看看各个原子轨道的相对位置，以为在同一个胞里，他们的参考标准会一样，就不用做真空能级的修正了（其实是我不知道怎么做）
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6楼2010-01-11 13:22:24
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happyjwx

木虫 (小有名气)
★ ★ ★ ★
aylayl08(金币+4,VIP+0):谢谢指点 1-11 19:23
就算是不算能带的话，你的结构本身可能也有问题。
如果要比较好的收敛，那么ISMEAR=-3
这样的话可以多设置一些SMEAR能量值，从大到小，一直到收敛为止
比如说0.05 0.04 0.03 0.02 0.01 0.00
这样从0.05到0.00达到真正的收敛
可能有些麻烦，如果感兴趣的话你可以试一下
同一个胞里面一般是认为一样的，这一点一般没有人去怀疑吧
如果这都不一样的话，就没什么比较的办法了
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夜半追忆往昔
7楼2010-01-11 13:38:26
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阿勇

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by happyjwx at 2010-1-11 13:38:
就算是不算能带的话，你的结构本身可能也有问题。
如果要比较好的收敛，那么ISMEAR=-3
这样的话可以多设置一些SMEAR能量值，从大到小，一直到收敛为止
比如说0.05 0.04 0.03 0.02 0.01 0.00
这样从0.05到0.00 ...

好的，我先试试,谢谢了...
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8楼2010-01-11 15:46:36
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阿勇

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by happyjwx at 2010-1-11 13:38:
就算是不算能带的话，你的结构本身可能也有问题。
如果要比较好的收敛，那么ISMEAR=-3
这样的话可以多设置一些SMEAR能量值，从大到小，一直到收敛为止
比如说0.05 0.04 0.03 0.02 0.01 0.00
这样从0.05到0.00 ...

ISMEAR=-3 怎么设置SIGMA啊？ 在VASP手册上有：
“SMEARINGS= ismear1 sigma1 ismear2 sigma2 ...”
这是什么意思？
我用如下设置：
ISMEAR = -3
SIGMA = 0.05 0.04 0.03 0.02 0.01
出现错误如下：
internal error: XML_INCAR called with a vector, use XML_INCAR_V instead SIGMA
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9楼2010-01-11 18:17:10
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happyjwx

木虫 (小有名气)
★ ★ ★
阿勇(金币+2,VIP+0): 1-11 22:22
zxzj05(金币+1,VIP+0):给个红包，谢谢回帖交流 1-12 21:26
引用回帖:
Originally posted by 阿勇 at 2010-1-11 18:17:

ISMEAR=-3 怎么设置SIGMA啊？ 在VASP手册上有：
“SMEARINGS= ismear1 sigma1 ismear2 sigma2 ...”
这是什么意思？
我用如下设置：
ISMEAR = -3
SIGMA = 0.05 0.04 0.03 0.02 0.01
出现错误如下：
int ...

按照说明书上写啊
SMEARINGS=0 0.05 0 0.04 0 0.03 0 0.02 0 0.01 0 0.00
这样写。一个ISMEAR一个SIGMA值
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夜半追忆往昔
10楼2010-01-11 20:37:34
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