24小时热门版块排行榜    

查看: 427  |  回复: 8
当前主题已经存档。

雪狼790

木虫 (正式写手)

[交流] 【求助】关于Pd的计算问题

在一个涉及二价Pd的计算中,多次更改了初始构型设置,但每次算着算着就会有不该属于Pd上的原子跟Pd链接起来了。后来用Pd(OAc)2做模型试试,结果也是一样,会有原本无关的原子链接过去。请问我的gif文件设置哪儿错了啊?
多谢各位大侠了。

起始构型gif文件

%chk=PdOAc2.chk
%mem=180MW
%nproc=1
# opt=calcfc freq=noraman b3lyp geom=connectivity gen

Pd(OAc)2

0 1
Pd                -0.67961168    0.43689320    0.00000000
O                 -2.61961168    0.43689320    0.00000000
O                  1.26038832    0.43689320    0.00000000
C                  1.73773213    1.23132752   -1.08899816
C                 -3.09695549   -0.35754112    1.08899816
C                 -2.09448827   -1.04651952    2.03343887
H                 -1.47941354   -1.71837975    1.47202378
H                 -1.47941441   -0.30677657    2.50180252
H                 -2.62811776   -1.59310782    2.78269236
C                  0.73526491    1.92030438   -2.03343999
H                  0.12019223    1.18056054   -2.50180379
H                  0.12018899    2.59216419   -1.47202570
H                  1.26889439    2.46689292   -2.78269330
O                  2.97414205    1.36936953   -1.27822147
O                 -4.33336542   -0.49558189    1.27822238

1 2 1.0 3 1.0
2 5 1.0
3 4 1.0
4 10 1.0 14 2.0
5 6 1.0 15 2.0
6 7 1.0 8 1.0 9 1.0
7
8
9
10 11 1.0 12 1.0 13 1.0
11
12
13
14
15

C H O 0
6-31G
****
Pd 0
LanL2DZ
****


第七个点的构型
回复此楼
人生,郁闷是常态,我只是在每天力求变态而已
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

冬天里的骄阳

铁杆木虫 (正式写手)

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
yjcmwgk(金币+3,VIP+0):呵呵 1-10 21:09
雪狼790(金币+10,VIP+0):这位大侠又准确又及时,太热心了,万分感谢 1-11 08:58
这个错误很明显,因为你没有加赝势。输入改一下,如下:
# opt=calcfc freq=noraman b3lyp/gen  pseudo=read
geom=connectivity
当然,G03开始,可用genecp,等价于gen pseudo=read
,基组后加赝势,改为:
C H O 0
6-31G
****
Pd 0
LanL2DZ
****

Pd 0
Lanl2dz
2楼2010-01-10 18:59:58
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhanggao

金虫 (正式写手)

骄阳兄说的实在好!
3楼2010-01-10 19:42:37
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

雪狼790

木虫 (正式写手)

多谢骄阳大侠

又准确又及时,太热心了,万分感谢

再请教一下,如果是第四周期的过度金属,也会面临类似的问题么

以前做一个Ti的,没有出现类似的情况,但是不是那样的结果不可信呢
人生,郁闷是常态,我只是在每天力求变态而已
4楼2010-01-11 09:01:46
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

冬天里的骄阳

铁杆木虫 (正式写手)

★ ★ ★ ★ ★
雪狼790(金币+5,VIP+0): 1-11 17:16
Ti所在周期的过渡金属,也称为3d-TM,是可以用全电子基组计算的,你没出现类似情况是正常的。如果只有一个3d-TM,我见过文献都使用6-311+G*的基组,也可以使用相关一致性基组。但4d,5d-TM不行
5楼2010-01-11 09:45:09
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

雪狼790

木虫 (正式写手)

我当时也是用的6-31G**/LanL2DZ
人生,郁闷是常态,我只是在每天力求变态而已
6楼2010-01-11 10:33:28
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

雪狼790

木虫 (正式写手)

当然,我试了整个用6-31G**,也是可以计算的
人生,郁闷是常态,我只是在每天力求变态而已
7楼2010-01-11 10:34:32
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

冬天里的骄阳

铁杆木虫 (正式写手)

★ ★ ★ ★ ★
雪狼790(金币+5,VIP+0): 1-11 17:17
引用回帖:
Originally posted by 雪狼790 at 2010-1-11 10:33:
我当时也是用的6-31G**/LanL2DZ

Lanl2dz可以是赝势,也可以是基组,你当时做的应该是作为基组,未加赝势,也是可行的。
8楼2010-01-11 10:42:01
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

雪狼790

木虫 (正式写手)

多谢骄阳大侠指教
人生,郁闷是常态,我只是在每天力求变态而已
9楼2010-01-11 17:18:00
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 雪狼790 的主题更新
普通表情 高级回复 (可上传附件)
信息提示
请填处理意见