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wandong_1984木虫 (正式写手)
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[交流]
【求助】小分子双键电荷密度的模拟
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现在有几个结构类似的都带双键的化合物，想从电子结构这块加以解释。 不知道能否用模拟的方法计算一下电荷密度？ 万分感谢！ |
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zhou2009
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wandong_1984(金币+2,VIP+0): 1-7 19:07
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wandong_1984(金币+2,VIP+0): 1-7 19:07
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当然可以用模拟的方法计算一下电荷密度。如果要我作的话，我会进行如下操作： 1、如果几个结构类似的分子是A=B，可分别对它们进行优化。 然后将优化结构算单点能，并将双键相连的两个原子放在坐标的X轴方向，以便作图比较。 这时可以查看计算输出的out文件，找到第n个MO是要观察的π轨道。由于对称性不同、MO之间正交，π轨道是一个独立的轨道。如果分子中没有孤对电子，这π可能就是HOMO，如果有孤对电子，这π应在孤对电子之下。 2、算单点能时可用关键词cube=( Orbitals,cards)，指定算这第n个MO。关于它的使用本论坛多次讨论过，我还编过一个手册，可找来一读。 这样就会得到三维空间π-MO格点文件cube。 将这cube输入GsGrid程序中，对cube进行平方，再次输入GsGrid程序中乘以2（MO是单电子的，乘以2是这个π-MO有两个电子）。这样就得到了新的π的三维空间电子密度格点文件cube。 将这新的cube输入GsGrid程序中，对双键作截面，就可以得到这双键的电子密度等值线图了。设A=B所在的平面为xy，可以作出它的双键相连的两个原子的Pz轨道融合成的MO的电子密度ρ，并选择xz平面（y=0）作为截面，可作出π电子密度ρ的等值线图。 几个结构类似的分子可以比较它们的电子密度ρ的不同。 如果不易看出区别，还要作下面的工作。 3、进一步还可作出π电子密度差Δρ的等值线图。甚至对Δρ进一步定量看有多少电荷量。这样更有利于相互之间比较。 [ Last edited by zhou2009 on 2010-1-7 at 17:50 ] |
2楼2010-01-07 17:29:04