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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » 【求助】linux gaussian 运算
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yyx19840628

木虫 (著名写手)

鹰的眼睛，狼的耳朵，豹的速 ...

[交流] 【求助】linux gaussian 运算

请问我机子两个CPU，装的时候没有安装并行的，
要怎么安装呢？
我运行的时候提示说超出了内存，但我只设置了880MW，
我内存12G呢。
提示是
[root@localhost g03]# galloc:  could not allocate memory.: Cannot allocate memory
后来设置成2000mb能算了，但估计给的内存很小，不够。
请问并行的怎么安装啊？
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人生的最大遗憾莫过于错误地坚持了不该坚持的，轻易地放弃了不该放弃的……
1楼2010-01-06 09:43:28
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yyx19840628

木虫 (著名写手)

鹰的眼睛，狼的耳朵，豹的速 ...
我装的是小红帽企业版5.1，有界面，
电脑是2个CPU8核，12G内存，
高斯装上去了，但是设置内存稍微大一点就提示[root@localhost g03]# galloc:  could not allocate memory.: Cannot allocate memory。
我想并行计算，不知道怎么设置。
还有高斯和系统都是32位的。
解压后的高斯有linda文件夹。
下面是具体的信息：
[root@localhost g03]# cat /proc/meminfo
MemTotal:     12474732 kB
MemFree:       1825536 kB
Buffers:        168596 kB
Cached:        8064836 kB
SwapCached:          0 kB
Active:        5797876 kB
Inactive:      4656248 kB
HighTotal:    11664960 kB
HighFree:      1358640 kB
LowTotal:       809772 kB
LowFree:        466896 kB
SwapTotal:     5668856 kB
SwapFree:      5668856 kB
Dirty:          562500 kB
Writeback:           0 kB
AnonPages:     2220692 kB
Mapped:          52328 kB
Slab:           169040 kB
PageTables:      10176 kB
NFS_Unstable:        0 kB
Bounce:              0 kB
CommitLimit:  11906220 kB
Committed_AS:  2798164 kB
VmallocTotal:   116728 kB
VmallocUsed:      6576 kB
VmallocChunk:   109940 kB
HugePages_Total:     0
HugePages_Free:      0
HugePages_Rsvd:      0
Hugepagesize:     2048 kB


[root@localhost g03]# cat /proc/cpuinfo
processor       : 0
vendor_id       : GenuineIntel
cpu family      : 6
model           : 23
model name      : Intel(R) Xeon(R) CPU           E5405  @ 2.00GHz
stepping        : 10
cpu MHz         : 1995.094
cache size      : 6144 KB
physical id     : 0
siblings        : 4
core id         : 0
cpu cores       : 4
apicid          : 0
fdiv_bug        : no
hlt_bug         : no
f00f_bug        : no
coma_bug        : no
fpu             : yes
fpu_exception   : yes
cpuid level     : 13
wp              : yes
flags           : fpu vme de pse tsc msr pae mce cx8 apic sep mtrr pge mca cmov pat pse36 clflush dts acpi mmx fxsr sse sse2 ss ht tm pbe nx lm constant_tsc pni monitor ds_cpl vmx tm2 cx16 xtpr lahf_lm
bogomips        : 3991.70
processor       : 1
vendor_id       : GenuineIntel
cpu family      : 6
model           : 23
model name      : Intel(R) Xeon(R) CPU           E5405  @ 2.00GHz
stepping        : 10
cpu MHz         : 1995.094
cache size      : 6144 KB
physical id     : 0
siblings        : 4
core id         : 1
cpu cores       : 4
apicid          : 1
fdiv_bug        : no
hlt_bug         : no
f00f_bug        : no
coma_bug        : no
fpu             : yes
fpu_exception   : yes
cpuid level     : 13
wp              : yes
flags           : fpu vme de pse tsc msr pae mce cx8 apic sep mtrr pge mca cmov pat pse36 clflush dts acpi mmx fxsr sse sse2 ss ht tm pbe nx lm constant_tsc pni monitor ds_cpl vmx tm2 cx16 xtpr lahf_lm
bogomips        : 3989.43
processor       : 2
vendor_id       : GenuineIntel
cpu family      : 6
model           : 23
model name      : Intel(R) Xeon(R) CPU           E5405  @ 2.00GHz
stepping        : 10
cpu MHz         : 1995.094
cache size      : 6144 KB
physical id     : 0
siblings        : 4
core id         : 2
cpu cores       : 4
apicid          : 2
fdiv_bug        : no
hlt_bug         : no
f00f_bug        : no
coma_bug        : no
fpu             : yes
fpu_exception   : yes
cpuid level     : 13
wp              : yes
flags           : fpu vme de pse tsc msr pae mce cx8 apic sep mtrr pge mca cmov pat pse36 clflush dts acpi mmx fxsr sse sse2 ss ht tm pbe nx lm constant_tsc pni monitor ds_cpl vmx tm2 cx16 xtpr lahf_lm
bogomips        : 3989.45
processor       : 3
vendor_id       : GenuineIntel
cpu family      : 6
model           : 23
model name      : Intel(R) Xeon(R) CPU           E5405  @ 2.00GHz
stepping        : 10
cpu MHz         : 1995.094
cache size      : 6144 KB
physical id     : 0
siblings        : 4
core id         : 3
cpu cores       : 4
apicid          : 3
fdiv_bug        : no
hlt_bug         : no
f00f_bug        : no
coma_bug        : no
fpu             : yes
fpu_exception   : yes
cpuid level     : 13
wp              : yes
flags           : fpu vme de pse tsc msr pae mce cx8 apic sep mtrr pge mca cmov pat pse36 clflush dts acpi mmx fxsr sse sse2 ss ht tm pbe nx lm constant_tsc pni monitor ds_cpl vmx tm2 cx16 xtpr lahf_lm
bogomips        : 3989.45
processor       : 4
vendor_id       : GenuineIntel
cpu family      : 6
model           : 23
model name      : Intel(R) Xeon(R) CPU           E5405  @ 2.00GHz
stepping        : 10
cpu MHz         : 1995.094
cache size      : 6144 KB
physical id     : 1
siblings        : 4
core id         : 0
cpu cores       : 4
apicid          : 4
fdiv_bug        : no
hlt_bug         : no
f00f_bug        : no
coma_bug        : no
fpu             : yes
fpu_exception   : yes
cpuid level     : 13
wp              : yes
flags           : fpu vme de pse tsc msr pae mce cx8 apic sep mtrr pge mca cmov pat pse36 clflush dts acpi mmx fxsr sse sse2 ss ht tm pbe nx lm constant_tsc pni monitor ds_cpl vmx tm2 cx16 xtpr lahf_lm
bogomips        : 3989.46
processor       : 5
vendor_id       : GenuineIntel
cpu family      : 6
model           : 23
model name      : Intel(R) Xeon(R) CPU           E5405  @ 2.00GHz
stepping        : 10
cpu MHz         : 1995.094
cache size      : 6144 KB
physical id     : 1
siblings        : 4
core id         : 1
cpu cores       : 4
apicid          : 5
fdiv_bug        : no
hlt_bug         : no
f00f_bug        : no
coma_bug        : no
fpu             : yes
fpu_exception   : yes
cpuid level     : 13
wp              : yes
flags           : fpu vme de pse tsc msr pae mce cx8 apic sep mtrr pge mca cmov pat pse36 clflush dts acpi mmx fxsr sse sse2 ss ht tm pbe nx lm constant_tsc pni monitor ds_cpl vmx tm2 cx16 xtpr lahf_lm
bogomips        : 3989.46
processor       : 6
vendor_id       : GenuineIntel
cpu family      : 6
model           : 23
model name      : Intel(R) Xeon(R) CPU           E5405  @ 2.00GHz
stepping        : 10
cpu MHz         : 1995.094
cache size      : 6144 KB
physical id     : 1
siblings        : 4
core id         : 2
cpu cores       : 4
apicid          : 6
fdiv_bug        : no
hlt_bug         : no
f00f_bug        : no
coma_bug        : no
fpu             : yes
fpu_exception   : yes
cpuid level     : 13
wp              : yes
flags           : fpu vme de pse tsc msr pae mce cx8 apic sep mtrr pge mca cmov pat pse36 clflush dts acpi mmx fxsr sse sse2 ss ht tm pbe nx lm constant_tsc pni monitor ds_cpl vmx tm2 cx16 xtpr lahf_lm
bogomips        : 3989.46
processor       : 7
vendor_id       : GenuineIntel
cpu family      : 6
model           : 23
model name      : Intel(R) Xeon(R) CPU           E5405  @ 2.00GHz
stepping        : 10
cpu MHz         : 1995.094
cache size      : 6144 KB
physical id     : 1
siblings        : 4
core id         : 3
cpu cores       : 4
apicid          : 7
fdiv_bug        : no
hlt_bug         : no
f00f_bug        : no
coma_bug        : no
fpu             : yes
fpu_exception   : yes
cpuid level     : 13
wp              : yes
flags           : fpu vme de pse tsc msr pae mce cx8 apic sep mtrr pge mca cmov pat pse36 clflush dts acpi mmx fxsr sse sse2 ss ht tm pbe nx lm constant_tsc pni monitor ds_cpl vmx tm2 cx16 xtpr lahf_lm
bogomips        : 3989.46


Linux localhost.localdomain 2.6.18-128.el5PAE #1 SMP Wed Dec 17 12:02:33 EST 2008 i686 i686 i386 GNU/Linux
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2楼2010-01-06 13:34:02
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coolrainbow

木虫 (著名写手)

未来国家冻凉
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
如果你的Gaussian是c版本，只能用2000MB一下的内存，除非用linda
赞一下(1人) 回复此楼
技术博客：http://hi.baidu.com/coolrainbow/blog
3楼2010-01-06 14:17:18
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pwzhou

铁杆木虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
yjcmwgk(金币+5,VIP+0): 1-8 13:41
如果解压后的有linda文件夹，你在安装的时候需要按照这样的步骤，先把Gaussian 03解压，然后在g03的上一级目录（在这个目录下ls可以看到g03），export g03root=$PWD
cd $g03root/g03
bsd/install

然后在.bashrc里加入Gaussian的环境变量，这里假设你把g03目录放在了/home/username下，
export g03root=/home/username
export GAUSS_SCRDIR=/tmp
source $g03root/g03/bsd/g03.profile

并行设置，用linda并行并且是在4核双路的机器上，你需要首先设置rsh登陆无密码，具体的设置过程如下，注意以下操作是在root用户下操作：
which rsh 假设输出是：/usr/kerberos/bin/rsh 则需要先卸载掉这个
卸载步骤：
rpm -qf /usr/kerberos/bin/rsh
假设输出：krb5-workstation-1.6.1-31.el5 （这个是rhel 5.4，5.1的应该与此不同）
则用命令 rpm -e krb5-workstation-1.6.1-31.el5 卸载掉此rsh
如果which rsh输出的是/usr/bin/rsh则不需要上面的步骤。

然后打开 /etc/securetty这个文件，在后面加上两行：
rsh
rlogin
保存退出。

然后输入命令：
chkconfig rsh on
chkconfig rlogin on
开启rsh和rlogin。

接着在自己的用户目录下（/home/username）下建一个.rhosts文件（注意此文件必须是用root身份来建立的），在文件里写上你机器的主机名即可，主机名可以通过hostname命令得到。

然后如果你想需要用8核运算，请在Gaussian的输入文件里写上
%lindaworker=主机名:2
%nproc=4
即可。示例：
%lindaworker=ln-node1:2
%Nproc=4
这里的ln-node1即是机器的主机名。
引用回帖:
Originally posted by yyx19840628 at 2010-1-6 13:34:
我装的是小红帽企业版5.1，有界面，
电脑是2个CPU8核，12G内存，
高斯装上去了，但是设置内存稍微大一点就提示[root@localhost g03]# galloc:  could not allocate memory.: Cannot allocate memory。
我想并行 ...

[ Last edited by pwzhou on 2010-1-6 at 14:24 ]
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4楼2010-01-06 14:21:14
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yyx19840628

木虫 (著名写手)

鹰的眼睛，狼的耳朵，豹的速 ...
引用回帖:
Originally posted by pwzhou at 2010-1-6 14:21:
如果解压后的有linda文件夹，你在安装的时候需要按照这样的步骤，先把Gaussian 03解压，然后在g03的上一级目录（在这个目录下ls可以看到g03），export g03root=$PWD
cd $g03root/g03
bsd/install

然后在.bas ...

不管行不行都太谢谢你了，给你开了帖子给金币。http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=1778426&fpage=1

同时有个疑问，我的shell是bash ,要安装的话就要改掉吗？

[ Last edited by yyx19840628 on 2010-1-6 at 21:36 ]
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人生的最大遗憾莫过于错误地坚持了不该坚持的，轻易地放弃了不该放弃的……
5楼2010-01-06 21:16:00
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