[交流] 【求助】Linux问题，奖励100金币，谢谢诸位高手

（1.4）
难道非要用Linux算高斯吗？Windows算高斯的缺陷是什么？
后续问题：听说Linux很难的。我是电脑小白，在Windows上都不太懂，只会最基本的操作，看看电影听听歌而已。连Windows系统都是别人替我装的。Linux我能学会吗？
后续问题：为什么Linux那么难看？看见一行一行的命令，就一点研究它的兴趣也没有了。听说Linux也是有桌面的，为什么师兄师姐们从来不用Linux的桌面呢？你们所说的那个SSH又是个什么软件啊？头大ing……
[quote]暂时的最佳答案（提供者：密度泛函·小卒）
Linux做高斯计算比Windows优势大得多。Windows对并行处理、频繁存取、超大文件、海量运算，都是瓶颈，而这些都将是你运行高斯的大障碍。你现在算个水分子、算个甲烷分子，你用Windows觉得还挺不错的，但是你的计算量一旦变大，你将会对“Windows做计算”极为失望。

你可以用mem指定你希望能被高斯调用的最大内存。但是，Windows有自己的一套内存调用规则（高斯毕竟是一个应用软件，Windows则是操作系统。Windows能管着Gaussian）

好了，我形象化的说说这个事儿吧
Gaussian软件（以下简称高斯）说：“我要1G内存！”
Windows操作系统内核（以下简称系统）说：“行！如你所愿”
过了一会儿……
高斯：“你给我的1G内存，我咋觉得这么不对劲儿呢？”
系统：“咋就不对劲儿了？”
高斯：“就50多M的内存空间读写速度正常，另外950M的内存空间读写速度超慢！”
系统骗高斯：“哦，内存条质量不好，凑合着用吧！”
高斯：“NND，主人要做高斯计算，却买这么慢的内存条，我不干活了！我要怠工！”
于是高斯Link died。

真实情况是：Windows对内存使用的控制是非常苛刻的。高斯申请1G的内存，那么Windows也就拿出50M的真正的内存空间给高斯，剩下950M的都是用硬盘空间来“伪装”出来虚拟内存。每当有某软件要求巨大内存的时候，Windows都会用虚拟内存来应付，而软件就以为这是真内存，还用的不亦乐乎。说白了，Windows不是一个设计用来运行“海量数据频繁内存读写”的程序的操作系统，它为了勉强运行这种程序，他就用虚拟内存来欺骗，事实上是硬盘在起到内存的作用，而硬盘的读写速度不到内存的十分之一。这样造成的直接严重后果是：即使电脑资源一样大，在Windows和Linux下运行同样的任务，后者往往比前者快3到20倍。这也是我们一直推荐使用Linux的原因。

我给Windows和Linux分别打个比方：Windows是一辆精致的法拉利，很漂亮、很人性化、操作很简便（其实Windows也有自己的复杂和高明之处，只是你从没使用过它们），但是她终究是一辆小轿车。而Linux是一辆载重数十吨的斯太尔大卡车。搬运大量货物（大量数据的海量计算）还是要靠Linux。运送一个小箱子，法拉利和斯太尔没什么区别，但是如果运送一个集装箱呢？为了能顺利运送集装箱，请学习Linux
如果你既想享受法拉利的精致，也想得到斯太尔的强大工作能力，你就装一个SSH软件吧。【图5】SSH就像你的忠实信使，在Linux和Windows之间传达各种指令。你的师兄师姐会教给你如何用好SSH。
另外，不要总想着使用Linux的GUI。其实Linux有比Windows更绚丽的桌面系统，但是它对你的高斯计算毫无意义，而且会占用更多的服务器资源。把这些资源用在你的高斯计算上，比浪费在运行图形界面上更有意义。DIY是Linux很重要的宗旨之一：合适就选，不合适就不选。这比Windows强制安装“用户一辈子也不会需要的许多功能”强多了。
其实吧，现在作为初学者，你也没必要去管那些面目可憎的命令行，那还是你的师兄师姐的事儿。作为一个新手，你记住，服务器的维护管理自然有你的师兄师姐来完成，你仅仅是使用者，而且是非常初级的使用者——我这样说，并没有一点点轻视你的意思，请勿误解。因此，你所要知道的仅仅是最常用的命令即可：

ssh zzz                                       
进入zzz服务器

exit                                       
离开当前服务器

mkdir                                       
建立文件夹

rmdir                                       
删除空文件夹

rm -fr
删除非空文件夹

ls                                       
列出本文件夹下的所有文件和子文件夹

vi xxx.xxx                               
建立新文件xxx.xxx

top                                       
打开任务管理器

rm xxx.xxx                               
删除文件xxx.xxx

nohup g03 xxx.com xxx.log &               
运行高斯文件xxx.com进行计算

cd xxxx                                       
进入xxxx子文件夹

cd ..                                       
返回上层文件夹

formchk xxx.chk xxx.fchk               
用xxx.chk生成xxx.fchk

scp xxx.xxx nod:/aaa/bbb/xxx.xxx       
将xxx.xxx复制到nod下的/aaa/bbb/文件夹下

cubman                                       
使用高斯的cubman命令

cubegen                                       
使用高斯的cubegen命令

sh xxxx.in
运行批处理命令xxxx.in

ps 某个进程的进程号
查看某个进程的状态

adduser 账户名
增加一个账户

passwd 账户名
账户改密码

userdel 账户名
删除某个账户

su 账户名
转换当前账户

du -sh
查询该文件夹大小

env
列出全部环境变量

export 变量名 变量值
增加环境变量

unset 变量名
删除环境变量

chmod -R 770 g03
赋予g03使用/tmp文件夹的权限

vi下的命令

　　　i                                       
　　　进入修改状态

　　　ESC                               
　　　退出修改状态

　　　:wq                               
　　　保存退出

　　　:q!                               
　　　不保存退出

　　　:set nu                               
　　　显示行号

　　　/某个字符串                       
　　　查找某个字符串

top下的命令

　　　先按u再输入高斯用户名再回车       
　　　查看高斯所属的进程

　　　先按u再输入超级用户名再回车       
　　　查看系统所属的进程

　　　先按u再输入空格再回车               
　　　查看全部进程

　　　q                                       
　　　退出任务管理器

　　　先按k再输某个进程对应的pid，然后输入yes               
　　　强制结束某个进程

关于解压

　　　解压FileName.tar
　　　tar xvf FileName.tar

　　　解压FileName.gz
　　　解压1：gunzip FileName.gz
　　　解压2：gzip -d FileName.gz

　　　解压FileName.tar.gz 和 .tgz
　　　tar zxvf FileName.tar.gz

　　　解压FileName.bz2
　　　解压1：bzip2 -d FileName.bz2
　　　解压2：bunzip2 FileName.bz2

　　　解压FileName.tar.bz2
　　　tar jxvf FileName.tar.bz2

　　　解压FileName.bz
　　　解压1：bzip2 -d FileName.bz
　　　解压2：bunzip2 FileName.bz

　　　解压FileName.tar.bz
　　　tar jxvf FileName.tar.bz

　　　解压FileName.Z
　　　uncompress FileName.Z

　　　解压FileName.tar.Z
　　　tar Zxvf FileName.tar.Z

　　　解压FileName.zip
　　　unzip FileName.zip

　　　解压FileName.rar
　　　rar x FileName.rar

多说一句：其实Windows也有这种命令行操作模式【图6】，名叫DOS（不是态密度的缩写，而是Disk operation system的缩写。Microsoft的MS-DOS已经发展到7.1版了，当然你装的WindowsXP SP3自带的MS-DOS不是真正的DOS，是用XP模拟的命令行操作5.1，不过对于初学者学习dos已经足够了。Vista我没用过，我个人从心理上比较排斥它，哪位熟悉Vista的人给个补充，谢谢）有闲时间，在你上网玩游戏听歌聊天之余，如果能学学DOS，对你加深对电脑的了解，很有益处的

暂时的最佳答案（提供者：密度泛函·小卒）
其实高斯在Linux下安装非常容易：

建立用户gau
useradd gau

以gau登录
su gau

在/home/gau目录下解压缩G03包:
gunzip g03.tar.gz
tar xvf g03.tar

在g03目录下,执行bsd/install

在/home/gau/.bashrc这个文件中加入两行:
g03root=/home/gau
. /home/gau/g03/bsd/g03.profile

现在可以运行g03了

暂时的最佳答案（提供者：密度泛函·小卒）
如果你有三个文件分别进行计算
这三个文件叫做a.gjf,b.gjf和c.gjf
那么可以进行的批处理方法是：

1)Linux下
写一个文件x.in,内容如下
==文件开始==
nohup g03 a.gjf a.log &
wait
nohup g03 b.gjf b.log &
wait
nohup g03 c.gjf c.log &
==文件结束==
然后提交这个文件，命令为sh x.in &

2)Window下
写一个文件x.bcf,内容如下
==文件开始==
!start=1
a.gjf , a.out
b.gjf , b.out
c.gjf , c.out
==文件结束==
然后用G03运行这个文件

3)Linux和Windows通用
把三个gjf文件写成一个gjf，内容如下
==文件开始==
a.gjf的全部内容（原封不动照抄）
（空行）
--link1--
b.gjf的全部内容（原封不动照抄）
（空行）
--link1--
c.gjf的全部内容（原封不动照抄）
==文件结束==

Originally posted by tjyl at 2010-1-10 20:44:
要同一代的CPU才有可比性，服务器CPU一般是缓存相对大很多。
你这样跑跑普通的计算其实同一代的普通的台式机CPU不会比服务器CPU慢什么的。
对于计算而言，使用的编译器和库函数才是更为重要的。
你说的编译性能 ...