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【求助/交流】获得基因全长方法咨询
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已知一段植物DNA序列，请根据自己所掌握的知识查阅相关资料，回答如何通过分子生物学的方法获得该序列所在的基因全长（包括启动子、外显子、内含子和终止子）？(600字内) 回答时注意以下几个问题： 1. 不同物种的基因克隆方法存在的差异。 2. 该DNA序列所位于完整基因中的位置。 3. 基因组DNA和cDNA的区别和联系。 4. 内含子和终止子序列的特点。 时间紧急，请大家帮忙，bb可再开贴增加。 |
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gyesang
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伊人笑(金币+5,VIP+0):多谢这位gg了，这是一个分子遗传学实验课的作业，老师的原题就是这样子的，回答600字以内就可以，麻烦您有时间再帮帮忙吧，呵呵，多谢了。 1-5 10:58
伊人笑(金币+5,VIP+0):多谢这位gg了，这是一个分子遗传学实验课的作业，老师的原题就是这样子的，回答600字以内就可以，麻烦您有时间再帮帮忙吧，呵呵，多谢了。 1-5 10:58
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请问楼主你这是一篇作业吗？ 已知一段植物DNA序列，请根据自己所掌握的知识查阅相关资料，回答如何通过分子生物学的方法获得该序列所在的基因全长（包括启动子、外显子、内含子和终止子） 答：从这一段已知的DNA序列入手，你可以登录NCBI进行一下Blast检索看是否有匹配的结果，如果你该植物物种全基因组测序已经完成的话，是可以搜到匹配序列的，如果全基因组测序还没有完成，是否有匹配搜索结果就不知道了，下面就分这两种情况进行讨论： 1. 你植物物种的全基因组测序已经完成，加入你手上捏的这段序列是cDNA序列的一部分，会有搜索结果的，可能是断裂的结果也可能是连续的结果，你可以大致确定你的这段序列在染色体上的位置，位于哪一条染色体上，如果有你cDNA的全长序列的参考序列，你就可只用做生物信息学分析了，如果不巧没有你序列的全长cDNA的参考序列。。。。。。。 sorry，时间有限，你这问题太复杂了，你的问题太泛了，考虑的问题比较多，写起来特别困难，没有那么多时间啊， 之所以说你的问题太泛了是因为： 你的已知一段植物DNA序列，不知道你的这段DNA序列是在cDNA序列的外显子中还是在内含子中，如果在外显子中还好，你克隆全长cDNA就只需要做5‘和3’ RACE就可以了，可万一是在内含子中，天呐，问题的解决可就太复杂了。。。。 |
3楼2010-01-04 20:55:23
fungixx
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amisking(金币+3,VIP+0): 1-4 20:23
伊人笑(金币+5,VIP+0):多谢这位朋友，这是老师留得一个选修课程作业，我对这方面不大懂，而且最近在线忙于整理其他材料，所以请帮忙，感谢。 1-5 11:01
amisking(金币+3,VIP+0): 1-4 20:23
伊人笑(金币+5,VIP+0):多谢这位朋友，这是老师留得一个选修课程作业，我对这方面不大懂，而且最近在线忙于整理其他材料，所以请帮忙，感谢。 1-5 11:01
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问题不太清楚 ，你的已知学列是这个基因的一部分吗？如果是的话建议用RACE法，简要介绍一过程 ： 建议从cDNA入手，首先提取RNA,反转率，根据已知序列，设计几个基因特异性引物，然后做3‘RACE（引物用polyTn和基因特异性引物做PCR，通常要做tail-pcr）,得到基因的3’端。得到3‘端后，然后做5’RACE(引物用基因特异性引物和6-8碱基随机引物)，通常要通过不断pcr和测序，才有可能拿到全长。得到全长后，设计引物以基因组为模板做PCR得到一个序列。通过与cDNA得到的序列，比较就能知道那是内含子那是外显子。 至于内含子与外显子的特点，你可以去blast,看看已有的基因的外显子与内含子特点，然后推断自己的。 呵呵，希望能对你有帮助--- |
2楼2010-01-04 17:43:14
匿名
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4楼2010-01-05 06:02:19
