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beefly

专家顾问 (职业作家)

[资源] 【beefly个人文集】MOLBO——MOLPRO和NBO的接口程序（2.1版）

MOLPRO是当今计算速度最快的从头量子化学程序之一，但是其NBO模块的开发过于缓慢，功能也极其有限，故自己动手写了MOLBO这个程序。MOLBO从MOLPRO输出文件提取有用的信息，构造用于NBO分析的*.47文件。

MOLBO 2.1版能够提取NBO程序所需的所有数据。MOLBO 2.1版能自动进行Mayer键级分析。

1. 用法：

第一步，在MOLPRO计算中打印基组、重叠矩阵、密度矩阵、Fock矩阵等信息（参见输入模板）；

第二步，鼠标双击MOLBO程序，指定要进行转化的MOLPRO输出文件（扩展名.out或*.output可省略）。如果正常，MOLBO产生*.47文件。

第三步，用GENNBO程序打开*.47文件，进行NBO分析。GENNBO 4.0以上版本是商业软件，需要购买。GENNBO 3.0是免费的，可以从CCL网站下载源代码自己编译：
http://www.ccl.net/cca/software/SOURCES/FORTRAN/nbo/index.shtml
也可以从这里下载编译好的GENNBO 3.0 for Windows
http://cqb.fc.ul.pt/intheochem/nuno/index.html

GENNBO 3.0的$CONTRACT数据区不支持g函数。在基组含有g函数的情况下，为了产生正确的.31文件用于绘图，MOLBO可以自动产生.31文件，用来替换GENNBO 3.0产生的.31文件。

2. 限制和可能存在的问题（一定要读完这一部分！！！）

对称性。对于使用了对称性的计算，若存在对称等价原子，MOLPRO会把重叠矩阵做分块对角化处理，导致对角元不为1.0，无法用于NBO分析。对于这种情况，需要降低分子对称性直到所有原子不等价，并重新运行MOLPRO计算。例如，中心对称的线型分子需要用C2v群，而不能用D2h群；水分子要用Cs群而不能用C2v。对于各种偶极矩分析（$DIPOLE），不能使用对称性。

自定义NBO选项。*.47文件默认加入了键级分析选项（BNDIDX NLMO），还可以选择是否产生绘图文件。也可以自己加入其他选项，请仔细阅读NBO程序的使用手册。

重新开始计算。不能使用1号文件，否则在MOLPRO输出文件中找不到基组信息。

3. 测试过的MOLPRO版本：

2006，2008，2009

4. 测试过的计算类型：

SCF: RHF，ROHF，UHF，RDFT，RODFT，UDFT
Density Fitting: DF-HF, DF-KS (nosym)
Post-HF: MP2, MP3, CCSD, QCISD, QCISD(T), EOM-CCSD, Full CI
Local Post-HF: LMP2 (nosym)
MC/MR: MCSCF, CASVB, MRCI (including SRCI), CASPT2 (including SRMP2)

参见输入模板的例子，2006和2008格式。若用于2009，部分输入文件需要修改坐标部分。产生$DIPOLE的例子见rhf-dipole.inp。

5. 最后升级：
2010.1.26，2.1版。自动计算Mayer键级。

下载（此链接3个月内有效）：

https://webspace.utexas.edu/wz838/molbo.zip

[ Last edited by yjcmwgk on 2010-6-16 at 21:36 ]

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1楼2009-12-30 15:13:26

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beefly

专家顾问 (职业作家)

molpro计算结果可以下载到任何位置，molbo里面可以指定文件路径的。不过为了方便，molpro结果文件最好和molbo.exe位于同一目录，避免输入路径。

examples下面都是模板，根据所用的方法进行选择。未提供HF模板，请参照DFT模板进行修改。其他未列出的方法不能产生轨道和电子密度，因此无法用于NBO分析。或许以后版本的MOLPRO会支持。