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las_vip086

木虫 (小有名气)

[交流] 【求助/交流】16s rRNA引物问题

样品为土壤和污水处理污泥样品,目的:16s rRNA测序,建克隆库,看微生物种类是什么。
需要选细菌通用引物,看了下发现27f 1492r用的较多,特别是在菌株鉴定方面,这个序列很长需要2个反应,准备每个样品挑200个测序,成本太高,不知有什么合适的细菌通用引物,1个序列1个反应就可以了?谢谢
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yujiaping1

木虫 (著名写手)


las_vip086(金币+1,VIP+0): 12-29 11:24
为什么不做DGGE,好像是两个PCR反应,测序一个反应
2楼2009-12-29 09:46:17
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las_vip086

木虫 (小有名气)

DGGE已经做了,从功能基因的角度,在做有些重复
3楼2009-12-29 11:24:42
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thinka

铜虫 (著名写手)


las_vip086(金币+1,VIP+0): 12-30 13:39
看微生物种类测两百实在是少了,片断大点也无所谓,你又不需要测通,两端测一下就得.现在都是测454了,一下就几十万条序列
4楼2009-12-29 17:23:45
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las_vip086

木虫 (小有名气)

200不少啊,反正本专业很多文章都是80个左右,454是什么东东没听过,我就是看看样品里微生物大概有哪几类,不是搞微生物的,提DNA和PCR都搞了一段时间才弄明白。
5楼2009-12-30 13:43:14
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