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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 【求助/交流】条带有时能出来有时不出来怎么办？
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小虫之老虫

新虫 (小有名气)

[交流] 【求助/交流】条带有时能出来有时不出来怎么办？

我验证特异性引物，用来做验证的菌有时候能扩出来，有时候扩不出来，而且是分离自不同产地同种产品的同一种菌，有的总能扩出来，有的总是扩不出来。
不知道怎么回事，请大家帮忙分析下，谢谢！
例如，我的图上，1为目的菌，2和3（做特异性验证的菌，不应扩出来）是分离自不同产地同种产品的同一种菌，2总是扩不出来，但3老能扩出来。
4是目的菌，5和6 也是分离自不同产地同种产品的同一种菌，5总能扩出来，6扩不出来。
请各位指点！
谢谢！
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1楼 2009-12-26 12:53:17
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hyde0706

木虫 (正式写手)
是不是菌种序列有变异？特异性引物是针对特定序列的吗？是不是设计在保守区？如果模板质量没有问题，引物设计也没问题，只能说明未扩增的菌种这一序列和你的引物不同。
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2楼2009-12-26 19:55:30
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小虫之老虫

新虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by hyde0706 at 2009-12-26 19:55:
是不是菌种序列有变异？特异性引物是针对特定序列的吗？是不是设计在保守区？如果模板质量没有问题，引物设计也没问题，只能说明未扩增的菌种这一序列和你的引物不同。

我的特异性引物是根据一个功能基因设计的，这个基因图上的2和3也是有的，它们序列和目的菌的同源性是57%，引物设计在它们的非保守区
设计的引物我拿到NCBI上BLAST，也没有看到有2和3出现。
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3楼2009-12-27 13:09:56
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