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小虫之老虫

新虫 (小有名气)

[交流] 【求助/交流】条带有时能出来有时不出来怎么办?

我验证特异性引物,用来做验证的菌有时候能扩出来,有时候扩不出来,而且是分离自不同产地同种产品的同一种菌,有的总能扩出来,有的总是扩不出来。
不知道怎么回事,请大家帮忙分析下,谢谢!
例如,我的图上,1为目的菌,2和3(做特异性验证的菌,不应扩出来)是分离自不同产地同种产品的同一种菌,2总是扩不出来,但3老能扩出来。
4是目的菌,5和6 也是分离自不同产地同种产品的同一种菌,5总能扩出来,6扩不出来。
请各位指点!
谢谢!
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hyde0706

木虫 (正式写手)

是不是菌种序列有变异?特异性引物是针对特定序列的吗?是不是设计在保守区?如果模板质量没有问题,引物设计也没问题,只能说明未扩增的菌种这一序列和你的引物不同。
2楼2009-12-26 19:55:30
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小虫之老虫

新虫 (小有名气)

引用回帖:
Originally posted by hyde0706 at 2009-12-26 19:55:
是不是菌种序列有变异?特异性引物是针对特定序列的吗?是不是设计在保守区?如果模板质量没有问题,引物设计也没问题,只能说明未扩增的菌种这一序列和你的引物不同。

我的特异性引物是根据一个功能基因设计的,这个基因图上的2和3也是有的,它们序列和目的菌的同源性是57%,引物设计在它们的非保守区
设计的引物我拿到NCBI上BLAST,也没有看到有2和3出现。
3楼2009-12-27 13:09:56
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