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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » 【求助】金属配位，为什么结构总是跑掉
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313588908

木虫 (正式写手)

[交流] 【求助】金属配位，为什么结构总是跑掉

S配位Ag，为什么最后优化到Ag-S很短很短了，是不是初始结构有误？
下面是输入和部分输出文件。
%mem=60MW
# opt b3lyp/gen pseudo=read

Title Card Required

1 1
C                  2.06002300   -0.16901900    0.51928100
C                  1.77675900    1.28586500    0.23651600
H                  1.76551800   -0.51969000    1.50377400
H                  2.51092900    1.83474000   -0.34043500
H                  1.34165200    1.87799500    1.03222900
S                  0.73027200    0.13991400   -0.62333200
H                  2.97407438   -0.60996682    0.18020124
Ag                -1.50483170   -0.09283415    0.06415600
O                 -3.59400592   -0.33021625    0.80705628
H                 -4.36051528   -0.86372240    0.58471738
H                 -3.78874008    0.20378078    1.58070075

C H  0
3-21G
************
S  0
6-31G+(d)
************
Ag 0
Lanl2dz
***********
输出
  Pseudopotential Parameters
=============================================
  Center     Atomic      Valence      Angular      Power                                                       Coordinates
  Number     Number     Electrons     Momentum     of R      Exponent        Coefficient                X           Y           Z
===============================================
    1          6                                                                                    5.036939  0.824875  1.550419
                                   No pseudopotential on this center.
    2          6                                                                                    4.977538  1.224997 -1.272216
                                   No pseudopotential on this center.
    3          1                                                                                    4.211615  2.330812  2.673375
                                   No pseudopotential on this center.
    4          1                                                                                    6.603558  0.602463 -2.348262
                                   No pseudopotential on this center.
    5          1                                                                                    4.194591  2.983575 -1.967628
                                   No pseudopotential on this center.
    6         16                                                                                    2.858965 -1.109961 -0.131962
                                   No pseudopotential on this center.
    7          1                                                                                    6.671309  0.010061  2.418420
                                   No pseudopotential on this center.
    8         47                                                                                   -1.487095 -0.202091 -0.038455
                                   No pseudopotential on this center.
    9          8                                                                                   -5.573152  0.812261  0.145325
                                   No pseudopotential on this center.
   10          1                                                                                   -7.110844  0.020828  0.693259
                                   No pseudopotential on this center.
   11          1                                                                                   -5.921848  2.512611 -0.382229
                                   No pseudopotential on this center.
=======================================
There are    74 symmetry adapted basis functions of A   symmetry.
Integral buffers will be    262144 words long.
Raffenetti 2 integral format.
Two-electron integral symmetry is turned on.
    74 basis functions,   159 primitive gaussians,    76 cartesian basis functions
    44 alpha electrons       44 beta electrons
       nuclear repulsion energy       528.2177437134 Hartrees.



Warning!  S  atom    6 may be hypervalent but has no d functions.
Warning!  Ag atom    8 has 47 valence electrons but only  22 basis functions.
This is less than a minimal basis set!



NAtoms=   11 NActive=   11 NUniq=   11 SFac= 7.50D-01 NAtFMM=   80 NAOKFM=F Big=F
One-electron integrals computed using PRISM.
   1 Symmetry operations used in ECPInt.
ECPInt:  NShTT=     561 NPrTT=    2552 LenC2=     527 LenP2D=    2014.
LDataN:  DoStor=F MaxTD1= 4 Len=   56
LDataN:  DoStor=T MaxTD1= 4 Len=   56
NBasis=    74 RedAO= T  NBF=    74
NBsUse=    74 1.00D-06 NBFU=    74
Defaulting to unpruned grid for atomic number  47.
Harris functional with IExCor=  402 diagonalized for initial guess.
ExpMin= 2.52D-02 ExpMax= 2.19D+04 ExpMxC= 3.30D+03 IAcc=3 IRadAn=         5 AccDes= 0.00D+00
HarFok:  IExCor= 402 AccDes= 0.00D+00 IRadAn=         5 IDoV=1
ScaDFX=  1.000000  1.000000  1.000000  1.000000
Defaulting to unpruned grid for atomic number  47.
Initial guess orbital symmetries:
       Occupied  (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
                 (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
                 (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
                 (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
       Virtual   (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
                 (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
                 (A) (A) (A) (A) (A) (A)
The electronic state of the initial guess is 1-A.
Requested convergence on RMS density matrix=1.00D-08 within 128 cycles.
Requested convergence on MAX density matrix=1.00D-06.
Requested convergence on             energy=1.00D-06.
No special actions if energy rises.
Keep R1 integrals in memory in canonical form, NReq=     6135976.
Defaulting to unpruned grid for atomic number  47.
EnCoef did     7 forward-backward iterations
EnCoef did   100 forward-backward iterations
EnCoef did     2 forward-backward iterations
EnCoef did     8 forward-backward iterations
EnCoef did   100 forward-backward iterations
EnCoef did     2 forward-backward iterations
EnCoef did    20 forward-backward iterations
Rare condition: small coef for last iteration:  0.555D-15
EnCoef did    19 forward-backward iterations
Restarting incremental Fock formation.
SCF Done:  E(RB+HF-LYP) =  -1418.89008804     A.U. after   27 cycles
             Convg  =    0.5583D-08             -V/T =  3.2077
             S**2   =   0.0000


   1 Symmetry operations used in ECPInt.
ECPInt:  NShTT=     561 NPrTT=    2552 LenC2=     527 LenP2D=    2014.
LDataN:  DoStor=F MaxTD1= 5 Len=  102
LDataN:  DoStor=T MaxTD1= 5 Len=  102
Defaulting to unpruned grid for atomic number  47.


         Item               Value     Threshold  Converged?
Maximum Force            ********     0.000450     NO
RMS     Force            2.079823     0.000300     NO
Maximum Displacement     0.273738     0.001800     NO
RMS     Displacement     0.097829     0.001200     NO
Predicted change in Energy=-3.939808D+00
GradGradGradGdGradGradGradGradGradGradGrad

  Stoichiometry    C2H6AgOS(1+)
Framework group  C1[X(C2H6AgOS)]
Deg. of freedom    27
Full point group                 C1
Largest Abelian subgroup         C1      NOp   1
Largest concise Abelian subgroup C1      NOp   1
                         Standard orientation:                        
---------------------------------------------------------------------
Center     Atomic     Atomic              Coordinates (Angstroms)
Number     Number      Type              X           Y           Z
---------------------------------------------------------------------
    1          6             0        2.542763    0.434575    0.826849
    2          6             0        2.512174    0.647129   -0.677042
    3          1             0        2.098956    1.229995    1.417046
    4          1             0        3.374254    0.324785   -1.247773
    5          1             0        2.091405    1.574893   -1.043792
    6         16             0        1.414621   -0.583145   -0.068172
    7          1             0        3.408249    0.010250    1.291217
    8         47             0       -0.730848   -0.107985   -0.022210
    9          8             0       -2.859416    0.428209    0.080814
   10          1             0       -3.677271    0.016126    0.371936
   11          1             0       -3.033979    1.333662   -0.199356
---------------------------------------------------------------------
Rotational constants (GHZ):     10.3927024      1.0536788      1.0372554
Basis read from rwf:  (5D, 7F)
Pseudo-potential data read from rwf file.
There are    74 symmetry adapted basis functions of A   symmetry.
Integral buffers will be    262144 words long.
Raffenetti 2 integral format.
Two-electron integral symmetry is turned on.
    74 basis functions,   159 primitive gaussians,    76 cartesian basis functions
    44 alpha electrons       44 beta electrons
       nuclear repulsion energy       548.4177370444 Hartrees.



Warning!  S  atom    6 may be hypervalent but has no d functions.
Warning!  Ag atom    8 has 47 valence electrons but only  22 basis functions.
This is less than a minimal basis set!



NAtoms=   11 NActive=   11 NUniq=   11 SFac= 7.50D-01 NAtFMM=   80 NAOKFM=F Big=F
One-electron integrals computed using PRISM.
   1 Symmetry operations used in ECPInt.
ECPInt:  NShTT=     561 NPrTT=    2552 LenC2=     530 LenP2D=    2039.
LDataN:  DoStor=F MaxTD1= 4 Len=   56
LDataN:  DoStor=T MaxTD1= 4 Len=   56
NBasis=    74 RedAO= T  NBF=    74
NBsUse=    74 1.00D-06 NBFU=    74
Defaulting to unpruned grid for atomic number  47.
Initial guess read from the read-write file:
Initial guess orbital symmetries:
       Occupied  (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
                 (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
                 (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
                 (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
       Virtual   (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
                 (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
                 (A) (A) (A) (A) (A) (A)
Harris functional with IExCor=  402 diagonalized for initial guess.
ExpMin= 2.52D-02 ExpMax= 2.19D+04 ExpMxC= 3.30D+03 IAcc=3 IRadAn=         5 AccDes= 0.00D+00
HarFok:  IExCor= 402 AccDes= 0.00D+00 IRadAn=         5 IDoV=1
ScaDFX=  1.000000  1.000000  1.000000  1.000000
Defaulting to unpruned grid for atomic number  47.
Requested convergence on RMS density matrix=1.00D-08 within 128 cycles.
Requested convergence on MAX density matrix=1.00D-06.
Requested convergence on             energy=1.00D-06.
No special actions if energy rises.
Keep R1 integrals in memory in canonical form, NReq=     6135976.
Defaulting to unpruned grid for atomic number  47.
Restarting incremental Fock formation.
SCF Done:  E(RB+HF-LYP) =  -1423.97794199     A.U. after   20 cycles
             Convg  =    0.3758D-08             -V/T =  3.2074
             S**2   =   0.0000
   1 Symmetry operations used in ECPInt.
ECPInt:  NShTT=     561 NPrTT=    2552 LenC2=     530 LenP2D=    2039.
LDataN:  DoStor=F MaxTD1= 5 Len=  102
LDataN:  DoStor=T MaxTD1= 5 Len=  102
Defaulting to unpruned grid for atomic number  47.
***** Axes restored to original set *****
-------------------------------------------------------------------
Center     Atomic                   Forces (Hartrees/Bohr)
Number     Number              X              Y              Z
-------------------------------------------------------------------
    1          6          -1.875684836   -1.427670063   -1.067220384
    2          6          -2.124501680    0.192549494   -1.232917970
    3          1           0.096289570    0.115270667   -0.046079021
    4          1           0.094173163   -0.027478282    0.131404112
    5          1           0.104251899   -0.063478803   -0.016390417
    6         16         -16.111498451   -1.151456308    7.527507379
    7          1           0.116096133    0.165574898    0.139544117
    8         47          16.154554015    2.004242491   -3.706122435
    9          8           3.204146632   -0.205825695   -1.971308278
   10          1          -0.055018314    0.035493422    0.029130750
   11          1           0.397191869    0.362778179    0.212452147
-------------------------------------------------------------------
Cartesian Forces:  Max    16.154554015 RMS     4.347480409


         Item               Value     Threshold  Converged?
Maximum Force            ********     0.000450     NO
RMS     Force            3.370126     0.000300     NO
Maximum Displacement     0.365043     0.001800     NO
RMS     Displacement     0.132480     0.001200     NO
Predicted change in Energy=-1.149627D+01
GradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGrad
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1楼 2009-12-26 12:33:55
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313588908

木虫 (正式写手)
一个师姐教的，她也没算过金属。太感谢了版主
赞一下 回复此楼
4楼2009-12-26 13:03:45
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
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yjcmwgk

禁虫 (文坛精英)

密度泛函·小卒

优秀版主
★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
erylingjet(金币+3,VIP+0):感谢交流 12-27 10:48
谁教你这么写的？
重写输入文件
==文件开始==
%mem=60MW
# opt b3lyp/genecp

Title Card Required

1 1
C                  2.06002300   -0.16901900    0.51928100
C                  1.77675900    1.28586500    0.23651600
H                  1.76551800   -0.51969000    1.50377400
H                  2.51092900    1.83474000   -0.34043500
H                  1.34165200    1.87799500    1.03222900
S                  0.73027200    0.13991400   -0.62333200
H                  2.97407438   -0.60996682    0.18020124
Ag                -1.50483170   -0.09283415    0.06415600
O                 -3.59400592   -0.33021625    0.80705628
H                 -4.36051528   -0.86372240    0.58471738
H                 -3.78874008    0.20378078    1.58070075

C H  0
3-21G
****
S  0
6-31+G(d)
****
Ag 0
Lanl2dz
****

Ag 0
Lanl2dz

==文件结束==
(注意不要丢掉最后一个空行)
请看http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=1566146这个帖子的第二章第六节
谁教你这么写的，你可以把他拖出去打死。高斯输入文件的格式是严格的。

*这个符号不是你随便写的
空行也不是随便空的

[ Last edited by yjcmwgk on 2009-12-26 at 12:58 ]
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2楼2009-12-26 12:52:04
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yjcmwgk

禁虫 (文坛精英)

密度泛函·小卒

优秀版主
★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
erylingjet(金币+3,VIP+0):感谢交流 12-27 10:48
你的8号原子是Ag，但是输出文件中写着你的八号原子的提示是No pseudopotential on this center。况且，输出文件中已经给你警告了：
Warning!  Ag atom    8 has 47 valence electrons but only  22 basis functions.
This is less than a minimal basis set!（这一句很重要，说明你没有把赝势电子输入进高斯中）
再看看这个警告Warning!  S  atom    6 may be hypervalent but has no d functions.谁教给你6-31g+(d)？改成6-31+g(d).
还有，你确定这个体系是带电荷的吗？

[ Last edited by yjcmwgk on 2009-12-26 at 12:58 ]
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3楼2009-12-26 12:57:31
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313588908

木虫 (正式写手)
我想让Ag+与硫杂环丙烷配位，在氨水溶液中，请问Ag+和水或氨是几配位？
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5楼2009-12-26 13:09:50
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