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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » MS » 【求助】已知结构中各原子位置，如何得到其立体结构图转化
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liangfh12

铜虫 (初入文坛)

[交流] 【求助】已知结构中各原子位置，如何得到其立体结构图转化

------------------------------
                                     Cell Contents
                           -------------------------------

            xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxx
            x  Element    Atom        Fractional coordinates of atoms  x
            x            Number           u          v          w      x
            x----------------------------------------------------------x
            x  B            1         0.333455   0.166727  -0.000070   x
            x  B            2         0.166817   0.333409   0.249930   x
            x  B            3         0.833455   0.166727  -0.000070   x
            x  B            4         0.666817   0.333409   0.249930   x
            x  B            5         0.333455   0.666727  -0.000070   x
            x  B            6         0.166817   0.833409   0.249930   x
            x  B            7         0.833455   0.666727  -0.000070   x
            x  B            8         0.666817   0.833409   0.249930   x
            x  B            9         0.333455   0.166727   0.499930   x
            x  B           10         0.166817   0.333409   0.749930   x
            x  B           11         0.833455   0.166727   0.499930   x
            x  B           12         0.666817   0.333409   0.749930   x
            x  B           13         0.333455   0.666727   0.499930   x
            x  B           14         0.166817   0.833409   0.749930   x
            x  B           15         0.833455   0.666727   0.499930   x
            x  B           16         0.666817   0.833409   0.749930   x
            x  N            1         0.333170   0.166585   0.187570   x
            x  N            2         0.166558   0.333279   0.437570   x
            x  N            3         0.833170   0.166585   0.187570   x
            x  N            4         0.666558   0.333279   0.437570   x
            x  N            5         0.333170   0.666585   0.187570   x
            x  N            6         0.166558   0.833279   0.437570   x
            x  N            7         0.833170   0.666585   0.187570   x
            x  N            8         0.666558   0.833279   0.437570   x
            x  N            9         0.333170   0.166585   0.687570   x
            x  N           10         0.166558   0.333279   0.937570   x
            x  N           11         0.833170   0.166585   0.687570   x
            x  N           12         0.666558   0.333279   0.937570   x
            x  N           13         0.333170   0.666585   0.687570   x
            x  N           14         0.166558   0.833279   0.937570   x
            x  N           15         0.833170   0.666585   0.687570   x
            x  N           16         0.666558   0.833279   0.937570   x
            xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxx
在一次意外关机时MS没来得及保存，结果再打开时castep的project栏中.xsd立体图就打不开了。现在我已知晶体结构中各原子的位置坐标如何在castep中建出.xsd格式的立体结构图呢？谢谢帮忙！
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1楼 2009-12-25 18:11:52
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xirainbow

木虫 (正式写手)
★
ice_rain(金币+1,VIP+0):谢谢交流 12-26 21:52
首先，你必须确定空间群，确定实空间的正格矢
然后一个个原子手工输入就行了

但是你给的文件中显然没有空间群，正格矢
如果你找不到这两个东西
那就废了；（
赞一下(6人) 回复此楼
2楼2009-12-26 12:09:06
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xillo

新虫 (初入文坛)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ice_rain(金币+1,VIP+0):奖励讨论 12-26 21:53
请教楼上，lz有单胞中的原子坐标，只要知道正格矢不是就可以确定位置了吗，可不可以最后再通过find symmetry找出对称性?谢谢
赞一下(7人) 回复此楼
3楼2009-12-26 15:31:29
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xirainbow

木虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
wuchenwf(金币+3,VIP+0):谢谢 12-27 01:01
引用回帖:
Originally posted by xillo at 2009-12-26 15:31:
请教楼上，lz有单胞中的原子坐标，只要知道正格矢不是就可以确定位置了吗，可不可以最后再通过find symmetry找出对称性?谢谢

如果lz的文件中包含了单胞中所有原子的坐标
当然可以了

我并不肯定MS一定会给出所有原子坐标，
如果不是.....

比如，cif文件中对于对称性关联的原子并不是给出所有的原子坐标
赞一下(11人) 回复此楼
4楼2009-12-26 23:24:55
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xillo

新虫 (初入文坛)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
谢谢楼上，说的很有道理。学习了
赞一下(1人) 回复此楼
5楼2009-12-28 12:19:36
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