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【求助】能量最小化和弛豫
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模型建好，加载计算之前要使能量最小。 既然能量守恒 能量是怎么达到最小的？？？？ 我现在的理解 弛豫 就是使能量最小化，，有什么区别吗？？？ |
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2楼2009-12-16 14:58:01
bay__gulf
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lei0736(金币+5,VIP+0):详尽 12-16 15:47
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不清楚你在做软物质模拟还是硬物质模拟. 对前者, 我把流程跟你朴素地说一下 手工构建的模型是非常不合理的, 需要经过优化才能正式用于MD 计算. 这个优化最好的方法是在高温低密度小步长下进行较长时间的MD run, 这一步就是驰豫. 但很多时候, 即使这一步也是不容易进行下去的, 之中最严重的问题是bad connection, 就是有些原子间距离太近. 消除bad connection 的方法是能量最小化EM. EM 就像是量化计算中的opt 一样, 调整构像, 接近平衡态, 这不是一个动力学过程, 也就无所谓温度. 只是模拟体系的自由度远多于量化中的小分子, 单靠opt 不能找到平衡态, 就需要进行一段时间的驰豫, 越过各个local minima, 达到global minimum(这就是平衡态)附近. 驰豫过程如果不进行温度调节的话, 一定会有温度变化(势能成了动能). 此时需要将过剩的动能除去, 可以用langvein 控温, 也可以用简单的速度标定, 过程不重要, 我们只需要最终的那个结果. 弛豫 就是使能量最小化 ======= 可以这样理解, 但"能量最小化"这个名词有时候单指驰豫之前的, 基于数学模型的结构调整. 日后注意不要让自己混淆和使别人混淆 |
3楼2009-12-16 15:45:00
judy1931
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4楼2009-12-19 11:41:50
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老虎大王
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6楼2010-01-11 19:18:56