| 查看: 8571 | 回复: 20 | |||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | |||
neweroica木虫 (著名写手)
|
[交流]
【求助】如何固定某几个原子不动？ 已有3人参与
|
||
|
刚接触LAMMPS，有一个问题想请教大家： 我想在整个MD模拟过程中，固定某几个原子始终不动，请问该如何实现？ 具体用什么命令和关键词？ 谢谢！！！ |
回复此楼» 猜你喜欢
中科院杭州医学所招收博士生一名（生物分析化学、药物递送）
已经有4人回复
-
求个博导看看
已经有18人回复
-
自荐读博
已经有6人回复
-
投稿Elsevier的杂志（返修），总是在选择OA和subscription界面被踢皮球
已经有5人回复
-
青基代表作，AAAI之类的A会的special track在国内认可度高吗？还是归为workshop之流？
已经有3人回复
-
上海工程技术大学【激光智能制造】课题组招收硕士
已经有6人回复
-
上海工程技术大学张培磊教授团队招收博士生
已经有4人回复
-
临港实验室与上科大联培博士招生1名
已经有9人回复
-
写了一篇“相变储能技术在冷库中应用”的论文，论文内容以实验为主，投什么期刊合适？
已经有6人回复
jiangtao9571
新虫 (正式写手)
- 应助: 4 (幼儿园)
- 金币: 232.4
- 散金: 1046
- 红花: 1
- 帖子: 452
- 在线: 236.2小时
- 虫号: 706996
- 注册: 2009-02-23
- 专业: 高分子材料结构与性能
21楼2010-06-30 12:44:01
老虎大王
木虫 (著名写手)
- 模拟EPI: 17
- 应助: 26 (小学生)
- 贵宾: 0.17
- 金币: 4774.1
- 散金: 8
- 红花: 42
- 帖子: 1361
- 在线: 215.2小时
- 虫号: 659094
- 注册: 2008-11-21
- 专业: 金属结构材料
★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lei0736(金币+5,VIP+0):谢谢 12-15 09:19
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lei0736(金币+5,VIP+0):谢谢 12-15 09:19
|
这个有多种方法可以实现。 首先你把这几个原子放在一个group里面（比如group1），把其它原子放在另外的group（比如group2)里面。然后，你至少可以选择如下几种方法： 1. 运动方程不对这几个原子积分, 只对group2积分（但我不能确定这个时候group1里面的原子对其它原子的力的作用是否还存在（你可以作一个测试，对于一个构型手工计算一下这几个原子旁边的某一原子的势能，和程序输出的该原子的势能比较一下——用computer pe/atom命令） 2. 运动方程对所有原子积分，但是对group1里面的原子，每一步都标定它的速度，让它们的速度（或温度）为零。 3. 运动方程对所有原子积分，令group1里面的原子的初速度为零，然后用 fix setforce命令，把它们的受力搞成零。 [ Last edited by 老虎大王 on 2009-12-15 at 09:03 ] |
2楼2009-12-15 09:01:58
老虎大王
木虫 (著名写手)
- 模拟EPI: 17
- 应助: 26 (小学生)
- 贵宾: 0.17
- 金币: 4774.1
- 散金: 8
- 红花: 42
- 帖子: 1361
- 在线: 215.2小时
- 虫号: 659094
- 注册: 2008-11-21
- 专业: 金属结构材料
3楼2009-12-15 09:12:48
neweroica
木虫 (著名写手)
- 模拟EPI: 1
- 应助: 53 (初中生)
- 金币: 5037.5
- 散金: 301
- 红花: 31
- 帖子: 2479
- 在线: 216.9小时
- 虫号: 36775
- 注册: 2004-02-11
- 专业: 理论和计算化学
|
非常感谢老虎大王！！！ 1. setforce好像不管用。在run之后，原子位置还是随着timestep发生变化。 2. run 100000 every 1 set group s vx 0 vy 0 vz 0管用。 但我还有个问题： 因为我将每个分子都是为一个刚体，但同时又想对系统施加NVT，所以我用了两个fix来实现： fix 1 all nvt 300.0 300.0 100.0 fix 2 all rigid group 2 mol1 mol2 但是运行后却出现警告： WARNING: One or more atoms are time integrated more than once 请问这个问题该怎么解决？ |
4楼2009-12-15 19:31:25