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caocaomu

[交流] 【求助/交流】如何判断这段ITS序列是否完整?请高手指点

下面是一段植物的ITS序列,如何判断是否是完整的ITS序列,其中ITS1,5.8S,ITS2分别是哪一段,我刚开始分子系统方面的工作,啥都不懂,请高手指点,非常感谢!
    1 gtgttcggat tgcggcgacg tgggcggttc gccgcccgcg acgtcgcaag aagtccactg
       61 aaccttatca tttagaggaa ggagaagtcg taacaaggtt tccgtaggtg aacctgcgga
      121 aggatcattg tcgaatcctg caaaccaccg cgaacacgtt ttcataaacc cgcggggtgc
      181 ggacggactc acgtctggcc gttcccccgc gcccaacaaa acttccggcg cggatagcgc
      241 caaggactac tcaaaaggat cgtccgcatc tcccggcggt ttccgctggg cgggtgcgac
      301 gtgactgaat cgtataacca atacgactct cggcaacgga tatctaggct ctcgcatcga
      361 tgaagaacgt agcgaaatgc gatacttggt gtgaattgca gaatcccgtg aaccatcgag
      421 tttttgaacg caagttgcgc ccgaagccat taggctgagg gcacgtctgc ctgggcgtca
      481 cgcatcgtcg ccaccccctc tcgcaatgcg aagcgcgggg tgacggaagt tggcctcccg
      541 tgtctccttg aagcgcggcc ggcctaaatc cgagacctcc gttcggagac gtcacgacta
      601 gtggtggttg aaaatctcat cccgatcgaa gccgtggctc ttgccgacgc ggggcgtgct
      661 caaagaccct ggagcctctc gaggccctcg accatgaccc caggtcaggc gggactaccc
      721 gctgagttta agcatatcaa taagcggagg aaaagaaact aacaaggatt cccttagtaa
      781 cg
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yiyiglad

应该去NCBI比对一下
2楼2009-12-14 23:31:41
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冼亮淀粉酶

专家顾问 (知名作家)

生物大分子降解酶


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
ITS1,5.8S,ITS2分别是哪一段是很难说的,曾经我拿一条序列去BLAST,出来很多同源性很高的序列,其中有些是标明了每个区域的界限的,有些是没有标明的,我发现即使是标明了每个区域的界限的那些序列,界限也是不一致的,这不可能是由于他们菌种自身演变造成的,而是他们自己人为界定造成的。有的人认为这个碱基属于5.8S,但有的人认为刚好不属于。于是我给NCBI写信说我不能界定,最后我提交的序列就没有界定的内容。
流星来时我许了个愿,愿我有吃有喝还有舒服的猪圈。讨厌发帖前不搜索论坛重复发帖和仅把论坛当解决问题工具,久不看论坛一来就提问者,宁弃EPI和VIP也不回帖。
3楼2009-12-14 23:32:24
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caocaomu

谢谢两位给我的回答。现在明白了,原来是这样啊。我做的这个种NCBI里有两条序列,其中一条是780bp的,他定了界,另一条是560bp的没定界。但他两都说自己的是complete sequence,同一个种是不可能差异这么大的,要么有一个人扩多了,或者另一个人扩少了。那怎么确定完整的ITS应该是多少呢?还是不管是多少,扩得越长越好呢?
4楼2009-12-15 18:48:02
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