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wonderflyer

木虫 (正式写手)

[交流] 【求助】单机多核微机上，设置那些才能使用多核运行VASP

想在一个多核微机上并行运算VASP，需要那些设置和命令。
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1楼 2009-12-11 12:01:05
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寻找8289

★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
你用的是什么系统？ vasp是什么版本的？是串行的还是并行的？
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2楼2009-12-11 14:41:22
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wonderflyer

木虫 (正式写手)
★
zdhlover(金币+1,VIP+0):谢谢，欢迎常来交流讨论 12-17 23:39
系统是RHEL5.0，VASP是4.6版，编译是按并行编译的。
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3楼2009-12-11 15:18:51
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hakuna

木虫 (知名作家)
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
aylayl08(金币+1,VIP+0):谢谢参与 12-12 20:28
zxzj05(金币+1,VIP+0):谢谢回帖交流 12-15 20:27
取决于你用的MPI，google一下就能找到答案的
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4楼2009-12-12 16:44:19
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cenwanglai

荣誉版主 (知名作家)

老和山猥琐派九段

优秀版主
★ ★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
qasd(金币+4,VIP+0):xiexie~ 12-14 18:36
呵呵,这个不是太简单的问题.我也碰到过.
(1)确保在linux上并行版本编译通过.
为了达到这个目的,需要安装mpich2.建议所有相关软件包都安装在你的vasp编译用户下.或者都编译在root帐户下,以后再调整权限问题,这个我还没有去弄.
(2)不用特别设置,先输入命令mpd.用mpdtrace检查一下,运行成功的话返回主机名称(你的电脑名)
要达到这个目的,要设置mpich2/bin的路径,加到PATH搜索路径当中.
然后就是在你的包含INCAR文件的目录下运行mpirun -np m vaspmpi.
m是你想运行的核数,我的是单CPU四核,所以我经常m=2/3,vaspmpi是我编译的并行版vasp的名字,你可以改成你自己命名的执行文件.

可以设置成mpd自动启动,修改启动文件就好了.这个我还没有弄,懒得折腾,反正机子我一个人用.呵呵.

我的OS: rhel 5.2 32位的.单CPU四核.

[ Last edited by cenwanglai on 2009-12-14 at 12:49 ]
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5楼2009-12-14 12:46:42
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wuchenwf

荣誉版主 (职业作家)
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
qasd(金币+2,VIP+0):xiexie~ 12-14 18:36
楼主安装mpich即可，单机一般就用mpich2。在这之前需要确定你已经打开了ssh服务。
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6楼2009-12-14 14:05:21
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wonderflyer

木虫 (正式写手)
谢谢各位！根据大家的回答，我已经解决这个问题了。但是，用四核中的两个计算，提交任务大概十几分钟，就会死机。可能是我硬件问题，计算资源不够。我的微机配置是Q6600CPU，内存8G，计算96原子的超胞，自旋极化计算。用单核优化是占有内存大概不到4G，但一使用两核计算，就会在提交任务大概十几分钟后，死机。不知道是不是内存不够？
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7楼2009-12-14 15:48:37
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wuchenwf

荣誉版主 (职业作家)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
zxzj05(金币+1,VIP+0):谢谢回帖交流 12-15 20:27
应该是内存的问题，96个原子，还有自旋，K点只要不是1，基本上你的配置就很难跑了。
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8楼2009-12-14 20:13:36
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cenwanglai

荣誉版主 (知名作家)

老和山猥琐派九段

优秀版主
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
那怎么办呢?内存很贵呢.2G的不到400,4G的一条2700,性价比太低了.我的八核八G内存,能完成有意义的DFT任务呢?
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9楼2009-12-15 19:53:44
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