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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Siesta&Smeagol&Atk » 【求助】用siesta做表面催化的时候，layer的选择有什么标准？
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minmin_0082003

金虫 (正式写手)

莫愁莫愁

[交流] 【求助】用siesta做表面催化的时候，layer的选择有什么标准？

看到有的文献上用6层或者9层。但是也有用一层的。请问有什么标准吗，或者该看什么书呢。以前学有机的，现在对这个不知道从何学起
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1楼 2009-12-11 10:36:56
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huijiany

铁杆木虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
做个测试吧,算算表面能在第几层原子开始收敛
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2楼2009-12-11 11:04:35
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minmin_0082003

金虫 (正式写手)

莫愁莫愁
引用回帖:
Originally posted by huijiany at 2009-12-11 11:04:
做个测试吧,算算表面能在第几层原子开始收敛

你的意思是用siesta来一层层的试吗。表面能收敛是什么意思，不是没做一个结构，只要步数够多就可以收敛吗。
而且做计算的时候我们需要测试k-point还有meshcutoff。是先应该测试layer还是先此时k-point呢？
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3楼2009-12-11 11:19:42
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fanchen021

铁杆木虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
最好的方法是请教周围做计算比较熟的人。多问
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4楼2009-12-11 11:19:44
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minmin_0082003

金虫 (正式写手)

莫愁莫愁
引用回帖:
Originally posted by fanchen021 at 2009-12-11 11:19:
最好的方法是请教周围做计算比较熟的人。多问

问题就在这里，我是我们实验室唯一用siesta，唯一做surface的，所以我才小木虫求救的
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5楼2009-12-11 11:25:10
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minmin_0082003

金虫 (正式写手)

莫愁莫愁
引用回帖:
Originally posted by fanchen021 at 2009-12-11 11:19:
最好的方法是请教周围做计算比较熟的人。多问

PS，我们实验室是化学系唯一的量子化学研究室
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6楼2009-12-11 11:27:24
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漂泊四方

金虫 (小有名气)
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
zdhlover(金币+2,VIP+0):谢谢，欢迎常来交流，鼓励新虫 12-11 01:05
选择多少层， 跟你做的体系关系比较大，跟你选择的方法也有一定关系。最好是参考下别人的计算。选择的层数如果是一个新体系，一般是需要做层数测试的。最后计算选择多少层，很大程度上是计算能力和计算精度的平衡。siesta比VASP，CASTEP都要快些，允许计算的体系也可以稍微大些。
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我与我纠缠久
7楼2009-12-11 12:30:36
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yzcluster

金虫 (著名写手)

小木虫扫盲人
★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
zdhlover(金币+3,VIP+0):谢谢，欢迎常来交流 12-11 01:05
表面选取的层数一定要小心。如果层数太多，就很难计算，但是，如果层数太少，就无法体现“体相”的效应，因为我们模拟表面既要考虑表面本身的性质也要考虑内部体相晶格对表面的影响和贡献。
根据我的经验，一般slab选取7-10层就可以了。如果想要简化计算，就固定住下面的几层，然后仅仅驰誉上面的几层。有时需要在slab下面加上赝氢用来排斥非物理的电荷转移。这样就得到了clean表面，然后跟已知实验或是理论数据比较，如果差别不大，就说明你的选取参数是合适的，可以进行下一步的计算。如果差别太大，就要具体问题具体分析了。
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8楼2009-12-11 12:56:05
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