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【讨论】gaussian输入文件的生成方法
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学gaussian有日子了，老师开始让汇总了。几日思量，才猛然惊醒，自己对gaussian的输入文件到来除了用GV、Chem3D外就不知晓了。 特此发帖，请各位高人来讨教！ ps：能说下GV、chem3d的输入文件的优劣点更好。 |
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5楼2009-12-11 16:45:21
javacfish
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yjcmwgk(金币+1,VIP+0):谢谢转载 12-11 11:25
yjcmwgk(金币+1,VIP+0):谢谢转载 12-11 11:25
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GV是gauusian配套使用的,可以很好的调整对称性，运算的时候可以直接submit chem3d上面有和Gaussian的链接，可以直接从 Chem3D打开Gaussian运算，本身也带有分子力场计算功能，还可以和Mopac 链接 可以打开的文件主要有以下几种： *.gjf,*.fch,*.cub,这几种是Gaussian的输入、formcheck和cube文件 *.dat,*.mop,*.mpc,mopac的输入文件 *.zmt,这个是内坐标格式的分子构型文件，和HyperChem、mopac通用 *.pdb,*.ent,Protein DB格式，和HyperChem、AlChem等等通用，Gaussian 本身也可以用这两种格式来生成内坐标文件 *.mol,MDL的mol格式，和HyperChem稍微有点不兼容，但是如果用AlChem打开 在保存一下（仍然是*.mol），Chem3D和HyperChem都可以打开了 最有用的可能是*.zmt,*.mol,*.gjf,*.fch四种格式 比如用Gaussian优化以后，在Ultilities选项里面选formcheck，就可以吧 check文件*.chk转化成*.fch，而*.fch是可以直接用Chem3D打开的 *.zmt是一内坐标的分子结构文件，我这里有个小软件可以把这种格式的文件 转换成*.gjf，是Gaussian的分子内坐标文件，但没有route section等等 Chem3D除了生成Gaussian输入文件以外，还有许多不错的功能 比如可以手动地转动某一个键，可以用鼠标显示某个键长，键角和二面角等 地大小，等等，还可以显示所以内坐标 显示也有各种模型方式，比如球棍、stick等等，可以显示原子编号原子名称 但是没有GaussView和HyperChem以及AlChem，WinMopac等等漂亮 [ Last edited by javacfish on 2009-12-10 at 20:44 ] |
2楼2009-12-10 20:39:58
javacfish
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3楼2009-12-10 20:41:58
4楼2009-12-11 09:21:15