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【求助】MS中怎样打开Linux下的轨迹文件
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我在Linux下做过渡态和frequencies,把完成后所有的文件传输到window下的MS中，我怎样才能打开轨迹文件？怎样才能分析频率？还有做过渡态时我若在MS里编辑好input文件，直接run可以正常计算，若是files,在linux下做过渡态，为什么不生成*.xcd和*_hist.xtd文件哪位大侠指点一下，不胜感激 [ Last edited by luyongan12 on 2009-12-14 at 10:02 ] |
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Joannaouc
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aylayl08(金币+2,VIP+0):谢谢指点 12-12 19:52
luyongan12(金币+1,VIP+0):好 12-14 09:44
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你是用dmol算的不？打开*.outmol，再打开*.xsd，然后点dmol->analyse->frequency就可以了。其他的类似 ---------------------------------------------------------- 抱歉  回答的时候凭印象了。我自己又重新做了一遍，确实是需要在tools->vibrational analysis->calculate里面打开，可以看到各个频率及其强度。 在standalone模式下面就是你说的用linux算是不会生成*.xcd之类的分析文件的，需要用*.outmol，然后使用dmol->analysis来生成。 举个例子如果想生成* Energies.xcd和* Convergence.xcd（这个在你机器上跑的时候是自动生成的），就需要先打开*.outmol，再打开*.xsd,dmol->analysis->Energy evolution->file就可以了。 ----------------------------------------------------------- 再加一点，如果是standalone模式跑出来的结果，需要生成*.xcd后手动导入相关的hessian，才能够分析频率。 导入的方法如下：edit->insert from->*.hessian 然后再打开vibrational analysis就可以calculate了 P.S.算energy得到的hessian不可以用来做频率分析，只有算frequency得到的单点能才可以。 [ Last edited by Joannaouc on 2009-12-18 at 09:43 ] |
3楼2009-12-12 11:20:53
goodtimega
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