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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » 【讨论】编辑脚本，批量处理文件
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zhangwc5020

银虫 (小有名气)

[交流] 【讨论】编辑脚本，批量处理文件

我们经常用脚本投作业，可以不用操心机器空着，而浪费机时；
当然，我们也可以用脚本来统计能量：比如有100个out文件，你想统计他们的HF能量，一个一个的打开，必定很费劲，如果能编辑一个脚本，来批量的读取文件的特定行，那麽可以不打开文件，就能导出能量值。
还有，linux的批量处理功能应该不错吧，可以开发一下，大家一起，呵呵
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1楼 2009-12-09 19:58:45
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
★ ★ ★ ★
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yjcmwgk(金币+3,VIP+0): 12-9 20:23
记得我在下面的帖子中发过这类问题,
http://www.mdbbs.org/viewthread.php?tid=11162
今晚暂不能访问
CODE:
#!/bin/bash
dir=get_energy
mkdir ${dir}

for i in *.out
do
en=`more ${i} | grep 'Energy'| tail -n 1 | cut -c 13-20`
cp -- ${i} ${dir}/${en}_${i}
echo "${i} ${en}" >> get_energy.log
done

此脚本可以把out文件的能量提取出来,存储到get_energy.log 中，同时生成以能量值为文件名的out文件，便于排序筛选。

解析
en=`more ${i} | grep 'Energy'| tail -n 1 | cut -c 13-20`
获取能量值。
grep 'Energy': 对不同的文件，能量的表达不同，am1用”Energy”, hf 用E(RHF),可以根据实际选择。
Tail –n 1 : 对于opt 任务，此处可以选择最后一个能量值
cut -c 13-20: 截取能量值，13-20个字符，未必就是这么多，可以通过试用得到。注意前面不要有空格和减号。

cp ${i} ${dir}/${en}_${i}
复制文件到新的目录，并命名为 能量_原文件名

echo "${i} ${en}" >> get_energy.log
统计能量到新的文件。

[ Last edited by bay__gulf on 2009-12-9 at 20:25 ]
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2楼2009-12-09 20:18:10
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zhangwc5020

银虫 (小有名气)

讨论

高手啊，提前都想到了，而且还搞定了，佩服
还有个想法：如果能编个脚本，不断的查看我正在计算的作业，如果作业结束，就给我hotmail信箱里发个信息，那麽投作业这一块，又会自动一点了
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3楼2009-12-09 21:18:11
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coolrainbow

木虫 (著名写手)

未来国家冻凉
★
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引用回帖:
Originally posted by zhangwc5020 at 2009-12-9 21:18:
高手啊，提前都想到了，而且还搞定了，佩服
还有个想法：如果能编个脚本，不断的查看我正在计算的作业，如果作业结束，就给我hotmail信箱里发个信息，那麽投作业这一块，又会自动一点了

你说了半天还不如用torque呢，100个作业排队去吧

至于发邮件吗，可以在torque的epilogue文件里加一个python脚本来发邮件

[ Last edited by coolrainbow on 2009-12-10 at 08:19 ]
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技术博客：http://hi.baidu.com/coolrainbow/blog
4楼2009-12-10 08:17:15
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abbott

金虫 (著名写手)

不要用QQ问我东西
★ ★ ★
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yjcmwgk(金币+2,VIP+0): 12-10 10:11
你可以把作业监控情况发送到电话短信息。

可以参考fetion机器人处理。

我就用这个处理的。
随时监控！
现在只能做到作业是否完成，是否加载， 作业是否正常结束。
还不能通过短信息发送指令控制机器。

只是一个提醒，或者作业出错警告！
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Chemistry[]==[]Chem[]is[]try!!!
5楼2009-12-10 09:37:21
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erylingjet
:ciya:
6楼2009-12-26 20:31:56
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abbott

金虫 (著名写手)

不要用QQ问我东西
引用回帖:
Originally posted by coolrainbow at 2009-12-10 08:17:


你说了半天还不如用torque呢，100个作业排队去吧

至于发邮件吗，可以在torque的epilogue文件里加一个python脚本来发邮件

[ Last edited by coolrainbow on 2009-12-10 at 08:19 ]

说的对！

如果资源比较OK。
建议使用别的资源管理软件来加载作业。
如果你有8以上CPU， 16GiB以上内存，推荐使用一些调度程序来管理作业，
比较方便。
你可能需要一周学习使用这个管理器，但是会用了，就是一劳永逸。
比如使用SGE openbps 还有楼上提到的！

如果你计算量不大（作业数目)
资源有限，就么有必要了。
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Chemistry[]==[]Chem[]is[]try!!!
7楼2009-12-26 22:20:43
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