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木虫 (著名写手)


[资源] 【推荐】Multiplex SNaPshot-多重单碱基延伸SNP分型技术

Multiplex SNaPshot-多重单碱基延伸SNP分型技术

分型原理:该技术由美国应用生物公司(ABI)开发,主要针对中等通量的SNP分型项目。在一个含有测序酶,四种荧光标记的ddNTP,紧挨多态位点5’端的不同长度延伸引物和PCR产物模板的反应体系中,引物延伸一个碱基即终止,经ABI测序仪跑胶后,根据峰的颜色可知掺入的碱基种类,从而确定该样本的基因型,根据峰移动的胶位置确定该延伸产物对应的SNP位点。对于PCR产物模板可通过多重PCR反应体系来获得。整个技术的示意图如下:


该技术跟其它SNP分型技术(RFLP, Taqman, SNPstream)相比的优势:
1.        分型准确:该技术也称小测序技术,其准确度仅亚于直接测序。
2.        多位点同时检测:可以同时检测达12个位点,而RFLP及Taqman一次仅能检测一个。
3.        不受SNP位点多态特性限制:不管该位点是G/C, A/T, G/A, C/T还是插入/缺失多态,都可以放在一个体系中检测,而SNPstream则不适合这种组合。
4.        不受样本量的限制,而Taqman及SNPsteam对少量样本不适合。
5.        可以检测出受污染的样本:如果一个样本的分型峰谱偏离正常的分布,它可以提示该样本可能受到污染或浓度过低,而其它分型方法则不能做到这一点。
实例: 12个SNP位点的分型图

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