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your2007至尊木虫 (著名写手)
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【求助/交流】已知蛋白质N端序列，要想扩增其全基因，怎样设计引物？
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your2007(金币+5,VIP+0):谢谢你！ 12-8 19:23
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楼主说“已知蛋白质N端序列，要想扩增其全基因”，那这应该是一个未知蛋白，就是一个新的蛋白，不知道你N端序列多长，进NCBI搜索不知道会不会有同源的蛋白，也不知道楼主的物种的全基因组序列有没有测完，当然首先先需要在电脑上模拟啦，用生物信息学方法尽量去挖掘相关信息，首先可以做protein blast，看看有没有同源的或者完全匹配的序列，如果找到同源的，把所有同源序列down下来，比对，然后做简并引物PCR，克隆基因；其次，可以做tblastn Search translated nucleotide database using a protein query ，看看用你蛋白的翻译序列搜索有没有高相似度的DNA序列，找出DNA序列再反过来翻译成蛋白质序列看看是不是跟你的蛋白序列一致 [ Last edited by gyesang on 2009-12-8 at 15:24 ] |
6楼2009-12-08 15:23:11
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